Oligonukleotidok szint

1
Oligonukleotidok szintézise
2
Dezoxinukleinsav szintézis
Elv
( )
1. Kondenzáció (módszer) 5-OH H (3)2.
Vízmentes közeg3. Védocsoportok
( )
Módszerek
1. Karbodiimid Tood (Nobel díj 1968)
(1955) Khorana (Nobel díj 1975)Kapcsoló
szer DCC/PiridinVédocsoportok
Acetil (Ac)
6
4
DCC
Tritil(Tr)
Acetil (Ac)
3
Védocsoportokok eltávolítása
Ac
1. Lúg 2. Sav (80 AcOH)
Ac
Lúg

Láncnövekedés
Megjegyzések
1. Oldatban2. Ribonukleotid sor 3.
védelem (Bz)
Bz2
védelem (MMTr)
mono
4
2. Foszfit módszer Beaucage, Caruthers
Matteucci, Caruthers (szilárd hordozó)
2.1 Szilárd hordozó - szilika -
üveggyöngy - muanyag - cellulóz papir
1. borostyánkosavanhidrid2. védett nukleotid
H
DMTr
l 498 nm
DMTr
5
2.2 Védocsoportok
benzoil
N-6-benzoil adeninABzN-4-benzoli citozin
CBzN-2-isobutil guanin GIBu
4,4-dimetoxitritil
a) CH3-b) b-CN-CH2-CH2- (b-cianoetil)
N,N diizopropil
2.3 Aktiválás
Bz
Bz
Tetrazol
Diizopropilfoszforamidát
6
2.4 Kapcsolás
Bz
tetrazol
I2, H2Okollidin
2.6 Hasítás
1. CH3 eltávolítása (tiofenol)2. Oligonukleotid
hasítása a hordozóról (NH3)3. Nukleozid bázis
védocsoport (Bz, IBu) eltávolítása (NH4OH ho)
2.7 Tisztítás HPLC Elektroforézis
7
(No Transcript)
8
DNS/oligonukleotid chip (csip)
9
(No Transcript)
10
Expression levels of 50 genes most highly
correlated with the acute lymphoblastic leukemia
(ALL) and acute myeloid leukemia (AML).
Expressed in ALL
Expressed in AML
Expression levels greater than the mean red,
below the mean blue.
TR Golub et al Science 286 531 (1999)
11
Koenzimek
12
KOENZIMEK
Enzim apoenzim (fehérje) koenzim
(nem-fehérje) Szubsztrátspecifitás Reakciótípu
s
Típusai
Nukleotid Fémion (példa) Egyéb
Fe (citokróm oxidáz)
NAD Cu (aszkorbinsav oxidáz) B1
FAD Zn (alkohol dehidrogenáz) B6
ATP Mn (hisztidin ammónia-liáz) B12
koenzimA Co (glutamát mutáz) folsav
Ni (ureáz) pantoténsav
Mo (xantin oxidáz) biotin
V (nitrát reduktáz)
Se (glutation peroxidáz)
13
Nukleotid koenzimek

• Adenozin mono-, di- és trifoszfát
• felfedezés Lohmann, Fiske (1929)

észterkötés
ciklusos AMP
adenozin-monofoszfát (AMP)
b-N-glikozid
D-ribóz
ATP
ADP
foszforsav
DH -31 kJ/mol
14
2. NAD/NADH oxidáció
5
D-ribóz
nikotinamid
5
adenin
nikotinamid-adenin-dinukleotid (NAD)
Példa
ADH enzim
CH3-COH
CH3-CH2-OH
acetaldehid
NADH
NAD
ADH alkohol dehidrogenáz
Mechanizmus
2e- H
NAD
NADH
15
3. FAD/FADH2 oxidáció
/enzimkötodés/
Flavin-adenin-dinukleotid (FAD)
16
4. Koenzim-A (CoA) felfedezés Lipmann, 1946
észter kötés
adenozin-3,5-difoszfát
5
3
észter kötés
savamid kötés
2,4-dihidroxi-3,3-dimetil-vajsav
ciszteamin
b-alanin
savamid kötés
pantoténsav (vitamin)
S-acetil koenzim-A (Ac-CoA)
- NH (CH2)2 - SH
- NH (CH2)2 - S CO CH3
17
5. Koenzim-Q (ubikinon, CoQ)
szemikinon
Koenzim-Q, ubikinon
ubikinol
Koenzim Q4, n 4 Koenzim Q9, n 9 Koenzim
Q10, n 10