Title: Amino Asitler
1Amino Asitler
2Siklikla karsilasilan amino asitler için kisaltma
ve semboller
- Her amino asit ismi bir tane üç- harfli kisaltma
ve bir tane de tek harfli sembol vardir. - Tek harf kodlari asagidaki kurallara göre
saptanmistir.
3--- Tek ilk harf Eger sadece bir amino asit
belli bir harfle basliyorsa, bu harf onun sembolü
olarak kullanilir.
- Sistein (Cystein) Cys
C - Histidin (Histidine) His
H Izolösin (Isoleucine) Ile
I - Metyonin (Methionine) Met M
- Serin (Serine) Ser
S - Valin (Valine) Val
V
4En sik kullanilan amino asitler öncelige
sahiptir.Eger birden fazla amino asit ayni
harfle basliyorsa, bu harf amino asitlerden en
sik görülen sembolü olur.
- Alanin (Alanine) Ala A
- Glisin ( Glycine) Gly G
- Lösin (Leucine) Leu L
- Prolin ( Proline) Pro P
- Treonin (Treonine) Thr T
5Benzer isimler Bazi tek- harf sembolleri
temsil ettikleri amino asidin ismiyle benzerlik
gösterir
- Arginin (Arginine) Arg R
(aRginin) - Asparagin (Asparagine) Asn N (N
tasir) - Aspartat (Aspartate) Asp D
(aspar Dik) - Glutamat (Glutamine) Glu E
(glut Emate) - Glutamin (Glutamine) Gln Q
(Q-tamin) - Fenilalanin (Phenylalanine) Phe F
(Fenilalanin) - Trozin (Tryrosine) Tyr Y
(tYrosine) - Triptofan (Tryptophan) Trp W
(molekülde çift halka
6- Ilk Harfe Yakin Harf
- Geri kalan amino asitleri için,
alfabede amino asidin ilk harfine yakin olan harf
tek- harf sembolü olarak verilmistir. - Bundan baska, B hem aspartik asiti hem
de asparagini gösteren Asx için, Z hem glutamik
asiti hem de glutamini gösteren Gl x için ve X
belirlenmeyen bir amino asit için kullanilir.
7- Aspartat veya asparagin Asx B
- Glutamat veya glutamin Glx Z
- Lizin (Lysine) Lsy K
(lye yakin) - Bilinmeyen amino asit X
8Amino Asitlerin Optik Özellikleri
- Her amino asidin a-karbonu dört fakli kimyasal
gruba baglidir ve bu yüzden siral veya optikçe
aktif karbon olarak adlandirilir. Glisin bir
istisnadir, çünkü a-karbonuna iki hidrojen
baglidir ve bu yüzden inaktiftir. Bu iki forma
stereoizomerler, optik izomerler veya
enantiyomerlerdenir. - Proteinlerin yapisindaki bütün amino asitler
- L-konfigürasyonundadir.ancak, bazi
antibiyotiklerde ve bakteri hücre duvarlarinda D-
amino asitlere de rastlanir.
9Amino Asitlerin Asit/ Baz Özellikleri
- Sulu çözeltilerdeki amino asitler zayif asidik
a-karboksil ve zayif bazik a- amino gruplarina
sahiptirler. Ayrica, her asidik ve bazik amino
asidin yan zincirinde iyonize olabilen bir grup
vardir. Bu yüzden hem serbest amino asitler hem
de peptit baginda yer alan bazi amino asitler
potansiyel tamponlar olarak davranabilirler.
Zayif bir asitle (HA) onu konjuge bazi(A-)
arasindaki kantitatif iliski Henderson-Hasselbalch
denklemiyle açiklanir.
10Henderson- Hasselbalch denklemi
- Bir protonun HA olarak gösterilen zayif bir
asitten ayrildigini varsayalim
11 Tuz veya konjuge baz A- , zayif bir asidin
iyonize formudur. Asidin dissosiayon sabiti olan
Ka asagidaki gibi tanimlanir.
12- ( Ka ne kadar büyükse, HAnin çogu H ve
A-1 e çevrildiginden asit o kadar kuvvetlidir.
Tam tersine Ka ne kadar küçükse, daha az asit
dissosiye olmustur ve bu yüzden, asit daha
zayiftir).
13- Yukaridaki denklem H için çözülüp, denklemin
iki tarafinin da logaritmasi alinip, iki tarafi
da -1 ile çarpip, pH -log H ve pKa
-logKa olarak ifade edildiginde Henderson-
Hasselbalch denklemi elde edilir.
14Henderson- Hasselbalch denkleminin uygulanimi
- Molekülde titre edilebilen ikinci bir grup
oldugu için, karboksil grubunun dissosiyasyon
sabitine Ka yerine K1 denir. Henderson-
Hasselbalch denklemi asetik asit için tarif
edildigi gibi alaninin karboksil grubunun
dissosiyasyon unu incelemek içinde
kullanilabilir.
15(No Transcript)
16- Sekilde görüldügü gibi alaninin tamamen
protonlasmis hali ve II alaninin izoelektrik
formudur. Bu denklem asagidaki gibi
düzenlenebilir.