Assemblage cibl

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Assemblage ciblé
umr6061.univ-rennes1.fr
Recherche dune famille de gènes sur un génome
non assemblé
Les techniques de séquençage conduisent à des
traces dune longueur de 500 - 1000 bp quil faut
assembler pour reconstruire le génome complet.
Lassemblage complet dure plusieurs
mois. Cependant, de nombreuses méthodes de
découverte de gènes se basent uniquement sur des
propriétés locales. Dans le cas des gènes codants
les récepteurs olfactifs chez le chien (gènes
OR), les 633 gènes connus ont permis dextraire
des motifs le long des gènes.
Caractérisation des gènes OR chez le chien
Assemblage ciblé et découverte de gènes OR chez
le chien
Nous proposons didentifier directement une
famille de gènes à partir dun sous-ensemble de
traces de séquençage. Les traces sont
sélectionnées si elles présentent une certaine
propriété locale. Les traces du séquençage 7x
ont été disponibles dès fin 2003. Lassemblage
ciblé a permis didentifier 1083 gènes OR avant
la publication de lassemblage. Lorsque le
premier brouillon de lassemblage a été
disponible, une étude sur lassemblage complet a
validé les résultats de lassemblage ciblé.
assemblage complet (12 mois)
Recherche de motifs (WAPAM, 48 h)
Accélération FPGA Rdisk, 15 min
assemblage découverte de gènes recherche de
motifs
génome assemblé (mi -2004)
Assemblage ciblé (Cap3, 10 h)
La recherche de motifs initiale accepte beaucoup
derreurs la majorité des 5568 contigs
candidats sont des faux positifs. Des méthodes
plus précises sont ensuite appliquées pour
pouvoir valider les gènes. Lassemblage ciblé est
alors vu comme un filtrage rapide des traces qui
accélère lassemblage.
recherche de motifs
Validation des gènes expertise
humaine, validation
Perspectives
Utilisation dautres propriétés locales Étude
statistique Algorithme dassemblage dédié
Mathieu Giraud1, Pascale Quignon2, Élodie
Retout1, Emmanuelle Morin1, Anne-Sophie Valin1,
Dominique Lavenier1, Maud Rimbault2, Francis
Galibert2, Jacques Nicolas1 1 Projet Symbiose,
IRISA, Rennes 2 CNRS, Université de Rennes 1,
UMR 6061 Génétique et Développement