Medicinske podatkovne zbirke

1
Medicinske podatkovne zbirke

• 1. del

2
Pestrost informacijskih potreb v medicini

• Analiza informacijskih potreb splošnih zdravnikov
  (Covell et al., 1985)

3
Pestrost informacijskih potreb v medicini

• Analiza informacijskih potreb splošnih zdravnikov
  (glede na tip informacije)
• 40 potreb po enostavnih dejstvih (npr. stranski
  ucinki zdravila X),
• 43 potreb po informacijah o postopkih (npr., kaj
  narediti s pacientom, ki ima bolezen X),
• 17 potreb po nemedicinskem znanju (npr., kako
  organizirati domaco oskrbo).

4
Pestrost informacijskih potreb v medicini

• Analiza informacijskih potreb splošnih zdravnikov
  (glede na vsebino)
• 33 potreb po inf. o nacinu zdravljenja,
• 25 potreb po inf. o diagnostiki,
• 14 potreb po inf. o zdravilih,
• 28 ostalo.

5
Pestrost informacijskih potreb v medicini

• Analiza informacijskih potreb specialistov (ista
  študija)
• 33 potreb po inf. iz njihove specialnosti,
• 66 potreb po inf. iz ostalih specialnosti.
• Poanta
• V medicinski praksi se stalno pojavljajo
  informacijske potrebe, ki jih je možno
  zadovoljiti le s kombiniranjem razlicnih
  informacijskih virov.
• Odkar je bila opravljena ta raziskava, so se
  delno spremenili deleži nacela še držijo.

6
Zvrsti informacijskih virov v medicini

• Bibliografske zbirke, citatne zbirke,
• zbirke znanstvenih in strokovnih revij v
  e-obliki,
• zbirke na podrocju s podatki podprte medicine
  (evidence based medicine),
• institucijski in osebni repozitoriji (zbirke
  lastnih dokumentov),
• zbirke magisterijev in doktoratov,
• spletni portali
• zbrana, združena in povezana vsebina iz razlicnih
  spletnih virov, in/ali
• zbrani kazalci na spletne vire.

7
Bibliografske zbirke Medline

• Najvecja bibliografska zbirka v biomedicini,
• avtor National Library of Medicine (NLM),
  Bethesda, ZDA,
• na voljo v e-obliki za obdobje 1966 danes,
• vkljuceni bibliografski podatki o clankih iz
  4.600 biomedicinskih revij,
• v zadnjih letih 76 zapisov z izvleckom v angl.,
  prej pribl. 50.

8
Bibliografske zbirke Medline

• Velikost 20.000.000 bibliografskih zapisov,
• trend narašcanja 2000 / dan,450.000 / leto.
• vsak bibliografski zapis vsebuje opis vsebine
  dokumenta,
• opis vsebine narejen z vsebinskimi koncepti iz
  tezavra MeSH.
• MeSH Medical Subject Headings.

9
Tezaver MeSH

• Kaj je vsebinski koncept?
• najmanjša enota znanja, zapisana z besedami ali
  besednimi zvezami,
• koncept ima samostojen pomen,
• koncept opisuje nek konkreten objekt ali pojem.
• Vsebinski koncept v MeSH
• vsebinski koncept vkljucuje vse sinonime in
  leksicne variante (nacine zapisovanja),
• en sinonim je izbran kot prednostno ime
  koncepta in ga imenujemo deskriptor.

10
Tezaver MeSH

• Vsebina je v bibliografskem zapisu opisana z
• deskriptorji in kvalifikatorji, npr
• myocardial infarction / drug therapy
• (kvalifikatorji podrobneje omejijo vsebinski
  obseg deskriptorja),
• pomožnimi koncepti, pretežno kemijske in
  farmakološke narave.

deskriptor
kvalifikator
11
Tezaver MeSH
Face A01 Cheek Chin Eye
Forehead Mouth Nose
Respiratory System A04 Larynx Lung
Nose Nasal Bone Nasal Cavity Nasal
Mucosa Nasal Septum
Sense Organs A09 Ear Eye
Nose Olfactory Mucosa Vomeronasal Organ
Taste Buds
Deskriptorji so zelo pogosto uvršceni na razlicna
mesta istega hierarhicnega drevesa primer
deskriptorja Nose v hierarhiji Anatomy.
12
Tezaver MeSH

• Deskriptorji (koncepti) v tezavru MeSH so urejeni
  hierarhicno.
• Vseh hierarhij je 15.
• En deskriptor je lahko uvršcen v vec locenih
  hierarhij, npr.
• Creutzfeldt-Jakob syndromeje lahko C10 -
  Nervous System Diseases ali F3 - Mental Disorders

13
MeSH primer hierarhicne pozicije deskriptorja
Norepinephrine
14
Tezaver MeSH

• Tezaver MeSH se uporablja pri
• indeksiranju in
• iskanju.
• Javno je dostopen na spletnem naslovu
• http//www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
• Med iskanjem njegova hierarhicna narava pomaga
  pri
• navigaciji ob izbiri ustreznih deskriptorjev,
• širjenju ali oženju iskalne zahteve.

15
Medline

• Podatki iz zbirke Medline so pri proizvajalcu
  (NLM) naceloma zastonj.
• Obstajajo številne implementacije komercialnih
  ponudnikov.
• Spletna implementacija na NLM je zastonj.
• Uporabniški vmesnik relativno neprijazen.
• Najvecja pomanjkljivost pregledovalnik za MeSH
  ni del uporabniškega vmesnika.
• Spletna implementacija PubMed na strežnikih NLM
• http//www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

16
Medline - PubMed
Primer enostavnega iskanja uporabljen deskriptor
cardiovascular abnormalities. Rezultati so v
obliki bibliografskih zapisov.
17
Medline - PubMed
Rezultat iskanja je lahko tudi polni dokument.
18
Biomedicina Slovenica

• Najvecja specializirana bibliografska zbirka pri
  nas.
• Gradi jo Inštitut za biomedicinsko informatiko
  MF.
• Pokriva ista vsebinska podrocja kot Medline.
• Veljajo ista nacela gradnje, vkljucno z MeSH, kot
  pri Medline.
• Vkljucuje dela slovenskih avtorjev objavljena pri
  nas in po svetu in dela tujih avtorjev,
  objavljena pri nas.

19
Biomedicina Slovenica

• V racunalniški obliki nastaja od leta 1976!
• 2009 v zbirki nad 140.000 zapisov.
• Dostopna zastonj na spletnem naslovu
• http//bswww.mf.uni-lj.si/pls/bs/bs_frm?langSLO

20
BiomedicinaSlovenica
Rezultati iskanja ziskalno zahtevoAvtor
Kansky Ain Deskriptor SKIN DISEASES,VESICULOBU
LLOUS
21
Biomedicina Slovenica
Rezultat iskanjaje lahko tudi polni dokument.
22
Idealen informacijski sistem

• Podatkovna zbirka ni informacijski sistem, tudi
  na podrocju znanstvenega informiranja ne.
• Informacijski sistem naj bi zadostil vsem (ali
  vsaj vecini) informacijskim potrebam
• za neko podrocje znanosti,
• za neko populacijo.
• Kako dalec smo od ideala, kakor si ga lahko
  predstavljamo danes?

23
Idealen informacijski sistem

• Funkcije, storitve
• zbiranje informacij,
• nudenje informacij,
• analiza informacij in tvorba izpeljanih
  informacij (trendi),
• povezovanje uporabnikov,
• vkljucevanje uporabnikov v izboljševanje ponudbe
  (nacela Spleta 2.0).

24
Idealen informacijski sistem

• Nudenje informacij
• Tipi podatkov
• dokumenti,
• eksperti, inštitucije,
• dogodki (kongresi, razpisi),
• programske aplikacije, orodja,
• ucni materiali (lekcije), ucni programi,
• raziskovalni projekti,
• sistemi za organizacijo znanja, ontologije.