Presentazione di PowerPoint

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Sample preparation First dimension Second
dimension Detection Image Analysis MALDI-TOF
MS ESI MS/MS
Tot 76 kVh
Parma , 8 Novembre 2001
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La I dimensione IPG strips
Immobilized PH Gradient strip IPG strip
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Nella II dimensione in condizioni denaturanti
(elettroforesi monodimensionale SDS-PAGE) le
proteine sono separate in un gel di
poliacrilamide in base alla loro massa molecolare
(MM)

• Sottoposte ad un C.E. le proteine migrano dal
  catodo- allanodo in base alla loro MM

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(No Transcript)
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Sistemi di analisi 2DE - strumenti
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2DE Vantaggi Svantaggi
Vantaggi

• Grande capacità di separazione e risoluzione di
  miscele proteiche (2.0003.000 proteine)
• Riproducibiltà e affidabilità dei risultati
• Possibilità di confronto dei dati tra laboratori
  differenti
• Capacità di rilevazione di modificazioni
  post-traduzionali delle proteine
• fosforilazione
• glicosilazione,
• tagli proteolitici,
• Possibilità costruire e/o usufruire di mappe di
  riferimento disponibili in rete
• Identificazione MIRATA di uno specifico pattern
  proteico cellulare

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2DE Vantaggi Svantaggi
Svantaggi

• metodica lunga
• molto dispendiosa in termini di tempo, costo,
  fatica fisica
• bassa capacità di risoluzione delle proteine
  idrofobiche
• difficile separazione delle proteine molto acide
  o basiche
• scarsa risoluzione di proteine con MM gt 150 kDa
• bassa risoluzione delle proteine poco
  rappresentative nel campione proteico
• mancanza di linearità o sensibilità tra
  abbondanza della proteina nel campione proteico
  e capacità di risoluzione tramite colorazione sul
  gel

Parma , 8 Novembre 2001
Vantaggi vs Svantaggi