I. Recherche du g

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I. Recherche du gène correspondant aux séquences
initiales
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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II. Recherche des gènes proches de XylR chez
Pseudomonas putita
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On cherche à faire une recherche exhaustive
des gènes de la même famille que XylR chez
Pseudomonas putita -gt Utilisation du logiciel
BlastP Problème On ne peut pas effectuer le
blast chez cet organisme exclusivement, on
effectue donc la recherche chez toutes les
bactéries. Les paramètres utilisés sont les
suivants - taille du mot 3 - matrice de
substitution BLOSUM62 - gap existence penalty
11 - gap extension penalty 1 On choisit
d'afficher les résultats ayant une e-value
inférieure à 10. Résultats On obtient 1003
séquences dans un grand nombre de bactéries. On
considère que la recherche a été exhaustive, et
il faut maintenant sélectionner parmi ces
séquences les gènes issus de Pseudomonas putita.
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(No Transcript)
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III. Alignement de XylR avec les gènes de
Pseudomonas putita
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L'alignement est réalisé à l'aide du logiciel
clustal. On insère aussi une séquence
d'Arabidopsis thaliana trouvée par BlastP afin de
constituer un groupe externe pour la suite.
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IV. Réalisation d'un arbre phylogénétique des
gènes proches de XylR chez Pseudomonas putita
Peut-on reconstituer des familles et des
sous-familles parmi ces gènes chez cet organisme?
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L'arbre est construit par la méthode de Neighbor
Joining à l'aide du logiciel NJplot
(groupe externe)
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V. Recherche de domaines structuraux
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On cherche à savoir si les domaines
structuraux trouvés avec blastp sur XylR sont
conservés dans les protéines de la famille
XylR_N domaine de fixation au xylose V4R Vinyl
4-reductase AAA ATPase Activator HTH_8
domaine hélice-boucle-hélice
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V4R
XylR_N
V4R
AAA