Presentaci

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CURSO DE FORMACIÓN EN SEVILLA ACCESO AL GENOMA
NO CULTIVADO
ORGANIZA UNIVERSIDAD PABLO DE OLAVIDE
COMITÉ ORGANIZADOR Manuel Ferrer Ramón
Rosselló-Mora Eduardo Santero Juan Luis Ramos
2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero 09
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CURSO DE METAGENÓMICA

• FORMATO
• 1.1. Contenido teórico-práctico
• 1.2. Idioma español salvo algunas sesiones de
  bioinformática
• 1.3. Duración del 2 al 6 de febrero de 2009

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2. CONTENIDOS DEL CURSO
2.1 CONTENIDOS TEÓRICOS Lunes 2 de febrero -
La edad de oro de la eco-genómica Dr. Manuel
Ferrer (ICP) - Aislamiento de DNA ambiental y
creación de eco-genotecas Dra. Ana Beloqui
(ICP) Martes 3 de febrero - Secuenciación
masiva de DNA aplicaciones y retos Dr. Julián
Pérez (SECUGEN) Miércoles 4 de febrero -
Biodiversidad y moléculas con actividad biológica
Dra. Olga Guenilloud (MERCK) - Bioinformática
aplicada a (meta)genómica bacteriana Dr.
Javier Tamames (Instituto Cavanilles) Jueves 5
de febrero - Revelando la identidad de los
fragmentos de ADN Dr. Ramón Rosselló-Mora
(IMEDEA)
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2. CONTENIDOS DEL CURSO (cont.)
2.2 CONTENIDOS PRÁCTICOS 2.2.1. CONSTRUCCIÓN DE
LIBRERÍAS METAGENÓMICAS EN DIVERSOS
VECTORES 1.- EXTRACCIÓN Y CUANTIFICACIÓN DE
MUESTRAS DE ADN AMBIENTAL Extracción directa
manual y con kits de purificación Enriquecimien
to en bacterias con la resina Nicodenz Cuantif
icación del ADN ambiental con Quant-iT
PicoGreen 2.- PREPARACIÓN DEL ADN
AMBIENTAL Fragmentación de las muestras de ADN
al tamaño adecuado Amplificación de ADNr
bacteriano ambiental con los cebadores 16F530 y
16R1492 3.- PREPARACIÓN DE VECTORES Lambda-ZAP
Fósmidos pCC1FOS y derivados pLAFR3 pGEM
T-Easy y pUC19 4.- LIGACIÓN, EMPAQUETAMIENTO (EN
SU CASO) Y TRANSFECCIÓN (O
ELECTROTRANSFORMACIÓN)
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2. CONTENIDOS DEL CURSO (cont.)
2.2 CONTENIDOS PRÁCTICOS 2.2.2. TRATAMIENTO Y
ANÁLISIS DE SECUENCIAS DE ADN 1.- INTRODUCCIÓN
AL SOFTWARE ARB 2.- COMPARACIÓN DE ARB CON
OTRAS HERRAMIENTAS DE ALINEAMIENTO
AUTOMÁTICO 3.- RAxML, UNA SOLUCIÓN RÁPIDA PARA
EL ANÁLISIS FILOGENÉTICO DE MILES DE
SECUENCIAS BASADO EN MAXIMUM LIKELIHOOD 4.-
FRECUENCIA DE TETRANUCLEÓTIDOS PARA ESTABLECER LA
RELACIÓN ENTRE FRAGMENTOS METAGENÓMICOS 5.-
CÁLCULO DE LA IDENTIDAD MEDIA DE NUCLEÓTIDOS EN
SECUENCIAS CORTAS 454 6.- GENERALIDADES DEL
PROCESAMIENTO DE DATOS METAGENÓMICOS 7.-
ANOTACIÓN DE MUESTRAS METAGENÓMICAS MG-Rast Y
ANÁLISIS DE SERIES DE DATOS METAGENÓMICOS
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2. CONTENIDOS DEL CURSO (cont.)
2.2. CONTENIDOS PRÁCTICOS 2.2.3. SOFTWARE A
UTILIZAR 1.- ARB Base de datos central de
secuencias procesadas, con datos adicionales a la
mera secuencia y con un paquete de
herramientas asociadas para el manejo de la
base de datos y para análisis de datos -
xfig - gv - transfig - fig2dev -
xview 2.- RAxML Realiza un análisis filogenético
de secuencias basado en maximum likelihood 3.-
CustalX Alinea múltiples secuencias 4.- BLAST
Compara una secuencia problema frente a las
secuencias de las bases de datos 5.- Tetra
Correlaciona patrones de tetranucleótidos entre
distintas secuencias de ADN 6.- Ocount Asociado
a Tetra, cuenta oligonucleótidos en secuencias de
ADN y computa z-scores basado en el modelo de
Markov
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3. PROGRAMA DEL CURSO
Lunes 2 Febrero 1000 1100 Recepción de
bienvenida y presentación del curso (Aula 205,
Edificio 29) Drs. Eduardo Santero, Manuel Ferrer
y Juan Luis Ramos 1100 1130 Café
(cafetería/comedor) 1130 1230 La edad de oro
de la eco-genómica (Aula 205, Edificio
29) Dr. Manuel Ferrer (ICP) 1230
1330 Aislamiento de DNA ambiental y creación de
eco-genotecas (Aula 205, Edificio 29) Dr. Ana
Beloqui (ICP) 1330 1500 Almuerzo
(cafetería/comedor) 1500 1900 Prácticas de
laboratorio aislamiento de DNA (Lab de
prácticas, Edificio 24C) Yamal al-ramahi, Ana
Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites
(ICP). Con pausa para café
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3. PROGRAMA DEL CURSO (cont.)
Martes 3 Febrero 930 1230 Prácticas de
laboratorio construcción de eco-librerías y
preparación de vectores (1) Yamal al-ramahi, Ana
Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites
(ICP). Con pausa para café 1230
1330 Secuenciación masiva de DNA aplicaciones y
retos Dr. Julián Pérez (SECUGEN) 1330
1500 Almuerzo 1500 1900 Prácticas de
laboratorio construcción de eco-librerías y
preparación de vectores (2) Yamal al-ramahi, Ana
Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites
(ICP). Con pausa para café
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3. PROGRAMA DEL CURSO (cont.)
Miércoles 4 Febrero 930 1200 Prácticas de
laboratorio construcción de eco-librerías
(3) Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E.
Guazzaroni, José María Vieites (ICP). Con pausa
para café 1200 1300 Biodiversidad y
moléculas con actividad biológica Dra. Olga
Guenilloud (MERCK) 1300 1400 Bioinformática
aplicada a (meta)genómica bacteriana Dr. Javier
Tamames (Instituto Cavanilles) 1400
1600 Almuerzo 1600 2000 Prácticas de
ordenador análisis (meta)genómico y
bioinformática (edificio 10 aula de informática
3). Giuseppe D'Auria (Instituto Cavanilles) de
1600 a 1800 y Pablo Yarza (IMEDEA) de 1800 a
2000
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3. PROGRAMA DEL CURSO (cont.)
Jueves 5 Febrero 930 1330 Prácticas de
laboratorio construcción de eco-librerías
(4) Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E.
Guazzaroni, José María Vieites (ICP) Con pausa
para café 1330 1430 Revelando la identidad
de los fragmentos de ADN Dr. Ramón Rosselló
(IMEDEA) 1430 1600 Almuerzo 1600
2000 Prácticas de ordenador Phylogenetic
analysis and bioinformatics (2) Michael Richter
(IMEDEA) 2130 Cena Curso ofrecida por el
consorcio CONSOLIDER
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3. PROGRAMA DEL CURSO (cont.)
Viernes 6 Febrero 930 1230 Prácticas de
laboratorio construcción de eco-librerías
(5) Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E.
Guazzaroni, José María Vieites (ICP) Con pausa
para café 1230 1330 Resumen del curso Drs.
Ramón Rosselló, Manuel Ferrer y Eduardo
Santero 1330 1500 Almuerzo
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4. SEDE DEL CURSO CAMPUS DE LA UNIVERSIDAD PABLO
DE OLAVIDE
CABD
Laboratorios de prácticas
Comedor
Aula Teoría Edif. 29 Aula 205
Aula informática 3 2ªplanta Edif. 10
1ª Parada autobús Línea 36
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5. VIAJE Y ALOJAMIENTO
5.1. VIAJES Todos los viajes están financiados
por el presupuesto para la realización del curso
del proyecto Consolider. El viaje se lo organiza
cada uno de los asistentes, sean estudiantes o
profesores. A posteriori me envían los
justificantes de los gastos (billetes y tickets
de taxi, o permiso de circulación del vehículo) y
la UPO le hará una transferencia al banco que
haya indicado. 5.2 ALOJAMIENTO El alojamiento
también va a cargo del presupuesto para la
realización del curso del proyecto Consolider.
Todos los asistentes de fuera de Sevilla, tanto
estudiantes como profesores, tienen reserva en el
Hotel Pasarela
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UBICACIÓN DEL HOTEL
Hotel Pasarela Avenida Borbolla 11 41004
Sevilla 954 415 511
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