Travail de Hygine Gntique Biostatistique

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Travail de Hygiène - Génétique - Biostatistique

• 2e DMV - Groupe 33

Leyder Olivier Limbourg Olivier Lissoir Emilie
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La race bovine laitière la plus répandue à
travers le monde est la race Holstein, race
laitière hyper spécialisée. Les caractères
zootechniques les plus utilisés dans les schémas
de sélection sont la production et la
conformation (morphologie) des animaux.
La qualité et la quantité des données sont deux
facteurs particulièrement important pour assurer
la réussite de l'évaluation génétique.
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1) Quelles sont les informations disponibles pour
réaliser les évaluations génétiques de production
(quantité et qualité) en race Holstein ?
2) Quel est le modèle utilisé en Wallonie?
3) Quels sont ses avantages par rapport au modèle
précédent?
4) Comment utilise-t-on les résultats de ces
évaluations?
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Les éleveurs disposent maintenant d'un nouveau
système de classification des reproducteurs
laitiers.
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• Les données de production laitière sont celles
  qui ont été enregistrées en premier, la
  production étant le facteur le plus important de
  la rentabilité de la spéculation.
• Il sagissait au départ de mesurer la quantité
  de lait produite par chaque animal. Par la suite,
  on sest intéressé aux taux de matière grasse et
  de protéine comme indicateurs de la qualité du
  lait.
• Deux critères complémentaires sont également
  mesurés le taux cellulaire comme indicateur de
  la santé du pis et le taux durée comme
  indicateur du métabolisme de lanimal. Ces deux
  derniers critères relevant plus de la
  fonctionnalité de lanimal.

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• Les informations disponibles sont donc
• Quantité de lait produite par animal
• Matière grasse
• Protéine
• Taux cellulaire.

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Jusquau début de lannée 2003, lindex
économique utilisé en Belgique était lINET. Ce
dernier était uniquement basé sur les valeurs
délevage de production. Depuis 2003, lINET a
été remplacé par la Valeur Economique Lait (VL)
et, sont venus sajouter trois autres index
économiques pour les critères morphologiques
(Pis, Membres, Corps). Lensemble étant pondéré
pour donner la Valeur Economique Globale (VG).
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(No Transcript)
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1) Quelles sont les informations disponibles pour
réaliser les évaluations génétiques de production
(quantité et qualité) en race Holstein ?
2) Quel est le modèle utilisé en Wallonie?
3) Quels sont ses avantages par rapport au modèle
précédent?
4) Comment utilise-t-on les résultats de ces
évaluations?
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• Actuellement, on utilise le modèle jour du test
  ( test-day model ).
• Lidée de base est très simple  utiliser
  directement les résultats élémentaires à chaque
  contrôle (test) afin de mieux décrire la
  production au cours de la lactation.

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• Il existe différents types de modèles jour du
  test 
• Modèles  simplifiés  ou à deux étapes qui se
  résument à une estimation améliorée des
  productions cumulées sur 305 jours. Ces approches
  définissent des courbes de références qui sont
  utilisées pour améliorer lestimation des
  productions sur 305 jours. Par la suite, ces
  estimations sont traitées dans des évaluations
  génétiques  classiques .
• Modèles en une étape qui modélisent courbes de
  référence et valeurs délevage en même temps. Il
  en existe deux types
• a) Modèles sans courbe de lactation individuelle
  par vache ou modèle  incomplet , appelés ainsi
  parce quils ne modélisent pas les courbes de
  lactation individuelles génétique et non
  génétique pour chaque vache. Le modèle allemand
  Holstein est un exemple.
• b) Modèles avec courbes de lactation
  individuelles par vache ou modèle  complet . Le
  modèle canadien en est un exemple.

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• Tout comme les anciens modèles dévaluation
  génétique basés sur des lactations, un modèle
  jour du test est une approche BLUP, donc une
  comparaison équitable danimaux similaires qui se
  trouvent dans le même environnement au même
  moment.
• Cette comparaison corrige pour déventuelles
  différences génétiques entre individus à
  comparer.
• Dans un modèle jour du test, une vache est
  comparée aux autres animaux de lactation égale,
  traits au même moment (contrôle) dans un même
  troupeau. Dautres différences comme le stade de
  lactation, lâge, la gestation en cours sont
  également prises en compte par le modèle.

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• Plusieurs pays utilisent déjà lapproche par
  jour du test. La méthode utilisée en Wallonie a
  certaines particularités par rapport à celles des
  autres population, ceci afin de coller au mieux à
  la situation des élevages wallons
• Modélisation multi-race, ce qui correspond le
  mieux à la structure de nos troupeaux
• Modélisation multi-lactation (première à
  troisième) et multi-caractère (lait, matière
  grasse, protéine) grâce à ceci, le modèle
  sadapte bien à des lactations et/ou caractères
  manquants, ce qui le rend compatible avec
  déventuels systèmes de contrôle différenciés
• Modélisation des courbes de lactation
  intra-troupeau et année de vêlage avec régression
  du résultat vers la courbe de lactation de la
  population, ce qui est une approche optimale pour
  tenir compte des différences entre troupeaux par
  exemple dues à des systèmes dalimentation
  différentiels (DAC, TMR)
• Modélisation et pré-correction pour des
  différences dans les courbes de lactation et
  lévolution intra-lactation due à lâge et à la
  race, ceci pondéré daprès la composition
  raciale.

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1) Quelles sont les informations disponibles pour
réaliser les évaluations génétiques de production
(quantité et qualité) en race Holstein ?
2) Quel est le modèle utilisé en Wallonie?
3) Quels sont ses avantages par rapport au modèle
précédent?
4) Comment utilise-t-on les résultats de ces
évaluations?
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Ancien modèle  modèle lactation

• Pour évaluer les vaches laitières, on se basait
  sur leurs productions cumulées sur une période
  standard de 305 jours calculées à partir des
  productions journalières.
• Ces lactations sont ensuite intégrées dans un
  calcul qui estime une valeur délevage globale
  sur toute la lactation. Des lactations
  successives sont considérées comme des
  répétitions. Généralement on considère les 3 (p.
  ex. Belgique) ou 5 (p. ex USA) premières
  lactations.

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• Cette approche pose un certain nombre de
  problèmes 
• - lestimation des productions cumulées qui
  apporte des erreurs 
• les distances entre contrôles qui sont variables
  (p. ex. A4, A6, pause du juillet) 
• les contrôles qui sont manquants pour différentes
  raisons (p. ex. suite à la fièvre aphteuse) 
• lexistence dune plus grande diversité de types
  de contrôles (A, B, AT, AB,) qui doit pouvoir
  être prise en compte 
• la présence de lactations incomplètes qui
  nécessitent des extrapolations 
• la définition des groupes de contemporaines de
  vêlage qui nécessite souvent de couvrir de
  longues périodes.
• (Ce dernier point est important car linfluence
  directe du jour du test ou contrôle nest pas
  considérée.)

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• Face à ces problèmes et grâce aux progrès de la
  technologie et de la science on a pu développer
  une nouvelle approche de calcul appelé

modèle du jour du test (en anglais  test-day
model  )
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Nouveau modèle  modèle jour du test (test day
model)

• Les évaluations génétiques wallonnes pour les
  caractères de production (quantité de lait,
  matière grasse et protéine) sont basées sur un
  modèle jour du test ( test-day model ).
• La grande caractéristique de cette approche est
  quelle permet dutiliser tous les résultats
  individuels ou élémentaires obtenus lors des
  contrôles laitiers.
• Les résultats ( valeur délevage ) qui
  proviennent directement de ce calcul sont
  exprimés en équivalent 305 jours de lactation et
  comme moyenne des trois premières lactations et
  seront désignés ultérieurement par D (pour
  domestique).
• Les résultats domestiques des taureaux qui
  disposent de suffisamment de filles en Wallonie
  sont envoyés à INTERBULL. En retour, INTERBULL
  renvoie des valeurs délevage internationales
  pour ces taureaux et de nombreux autres,
  exprimées en base wallonne.

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• Différentes conséquences découlent de chaque
  type de modèle.
• En particulier du point de vue génétique le type
  modèle  complet  décrit plus que la production
  moyenne ou totale sur 305 jours, il donne en
  outre des valeurs délevage pour la persistance
  d écrivant léquilibre pendant une lactation.
• En plus, si on considère chaque lactation comme
  un caractère distinct, tous les modèles donnent
  des valeurs délevage pour chaque lactation. On
  peut ainsi calculer des taux de maturité qui
  indiquent léquilibre entre lactations.

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• Un modèle jour du test peut ainsi répondre aux
  problèmes précédemment
• Lestimation des productions cumulées nest plus
  nécessaire.
• La variabilité des distances entre contrôles et
  contrôles manquants ne pose plus problèmes.
• Les différents types de contrôles (A, B, AT, BT,
  ) peuvent être inclus.
• Lextrapolation des lactations incomplètes ne
  doit plus être effectuée.
• La définition des groupes de contemporaines est
  plus naturelle et la description de
  lenvironnement plus fiable, en particulier à
  chaque jour de contrôle. On sait à ce moment
  modéliser des effets de lenvironnement qui
  changent dun contrôle à lautre tel que  âge,
  saison, gestation, etc

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Le modèle jour du test est manifestement une
opportunité pour la Wallonie de donner à ses
éleveurs un outil performant de gestion et de
sélection. Il présente un grand nombre
davantages  1) le modèle jour du test permet
une meilleure utilisation des données existantes
et des améliorations et modifications dans
lavenir  différents types de contrôle  ?
réduction des coûts du contrôle laitier  moins
de contrôles pour la même précision  ?
réduction des coûts du contrôle laitier  plus
grande précision avec les mêmes contrôles  ?
meilleure appréciation du potentiel génétique des
animaux  ? plus grande contribution propre
des vaches, donc meilleure concordance entre les
différences de production observées et les
estimations des valeurs génétiques.
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Le modèle jour du test permet de disposer de
nouvelles informations génétiques  valeurs
délevage pour la persistance des
lactations  valeurs délevage pour le taux
de maturité Le modèle jour du test est un
formidable outil de gestion, car il permet de
disposer dun certain nombre dinformations. Il
sagit essentiellement de  lestimation
précoce des productions de lactation totales 
la comparaison des vaches au cours de leurs
lactations (vache standard)  la
détection des contrôles anormaux.
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1) Quelles sont les informations disponibles pour
réaliser les évaluations génétiques de production
(quantité et qualité) en race Holstein ?
2) Quel est le modèle utilisé en Wallonie?
3) Quels sont ses avantages par rapport au modèle
précédent?
4) Comment utilise-t-on les résultats de ces
évaluations?
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• Les évaluations génétiques sont donc présentées
  sous forme de tableau. En intégrant des
  caractéristiques non laitières, le choix de
  taureaux reproducteurs devient plus aisée. En
  effet, dans les exploitations moyennes, les
  éleveurs recherchent des vaches hautes
  productrices mais également, des animaux ayant
  une bonne conformation et qui vieillissent bien.
• De plus le système permet de disposer dun
  certain nombre dinformations
• lestimation précoce des productions de lactation
  totales 
• la comparaison des vaches au cours de leurs
  lactations (vache standard) 
• la détection des contrôles anormaux.
• ? meilleure appréciation du potentiel génétique
  des animaux 
• ? plus grande contribution propre des vaches,
  donc meilleure concordance entre les différences
  de production observées et les estimations des
  valeurs génétiques.
• Linformatisation des données permet de réaliser
  des recherches rapides quant au choix de ces
  reproducteurs et de les comparer entre eux.
• http//www.linalux.be/francais/menus/f_menu_02.ht
  mgoal

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(No Transcript)
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• Conclusion
• Le modèle jour du test est une fabuleuse
  occasion pour faire évoluer les systèmes
  dévaluation génétique laitiers utilisés en
  Wallonie. En particulier une telle approche
  permet de supprimer le cloisonnement actuel entre
  gestion et traitement de données délevage
  (pedigree, performances), évaluation génétique et
  gestion des troupeaux. Or justement la
  régionalisation de lagriculture donne aux
  éleveurs wallons, à lAssociation Wallone de
  lElevage et aux scientifiques, la chance de
  travailler dune façon moderne intégrant ces
  trois domaines et ceci dans un contexte
  international.

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• Références
•  Les élevages belges, n1, janvier 2002 
• www.linalux.be
• www.elinfo.be