Prsentation PowerPoint

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Méthodes et usages de lanalyse de la
modularitédes protéines
1. Le programme MKDOM 2. La base ProDom de
familles de domaines protéiques  3. Méthodologie
de prédiction du métabolisme (PRIAM)
2
Modularité des protéines à domaine PAS
3
1. Le programme MKDOM
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Durée dexécution de MKDOMsur lensemble des
séquences
5
Améliorer lalgorithme

• Algorithme quadratique/nb de séquences
• n double tous les 18 mois
• Pcalcul double tous les 18 mois
• Le temps de calcul double tous les 18 mois

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Parallélisation ?

• Paralléliser la boucle principale ?
• N requêtes simultanées
• Vérification a posteriori de leur compatibilité
• Procéder en deux phases ?
• PSI-BLAST tout contre tout
• Puis mimer MKDOM
• Changer dalgorithme ?

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Le programme ADDA
Heger Holm, 2003 J. Mol. Biol. 328, 749-767
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Exemple dutilisation de MKDOMAnalyse de la
famille des cyclases de Rhizobium

• Engendrer une matrice de score position-spécifique
  (PSSM) pour le domaine catalytique
• Recherche exhaustive dans les génomes de S.
  meliloti et M. loti
• Analyse en domaines utilisant MKDOM
• Visualisation par XDOM
• Classification des cyclases

9
(No Transcript)
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2. La base ProDom de familles de domaines
protéiques www.toulouse.inra.fr/prodom.html
GerE
LuxR
FixJ
OmpR
SpoOA
NtrC
NifA
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Intégration des données protéiques
Structures de protéines
(1,n)
(1,n)
Structures de domaines
Séquences
(n,n)
(1,n)
Collaboration européenne Projet
InterPro coordonné par lEBI
(1,n)
Données biochimiques
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Domain motif
Links to other representations of the family
Links to other databases
13
(No Transcript)
14
(No Transcript)
15
(No Transcript)
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3. Prédiction du métabolisme
Le projet PRIAM Profils pour lIdentification
Automatique du Métabolisme Clotilde
RENARD-CLAUDEL Collaboration Claude CHEVALET a)
Construction dun ensemble de matrices de profil
représentatif à partir de la base ENZYME b)
Prédiction des voies métaboliques
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Construction des matrices de profilreprésentative
s
1502 collections enzymatiques (base ENZYME)
Détection de segments homologues dans chaque
collection
Sélection dun ensemble minimum recouvrant
Construction de matrices de profil
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Utilisation de MKDOM
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Collections contenant des multi-enzymes
Ex Homosérine déshydrogénase
AKH également aspartokinase
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Collections hétérogènes - Enzymes non
homologues Ex Glucose déshydrogénase
DHGA_ACICA et DHGB_ACICA
- Enzymes oligomériques Ex NO réductase
NORB_PSEAE
NORC_PSEAE

• Génération automatique de règles

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Prédiction de voies métaboliques
http//genopole.toulouse.inra.fr/bioinfo/priam/

• Cribler lensemble des gènes dun organisme avec
  les profils de PRIAM
• On obtient pour chaque protéine les meilleurs
  profils non complètement chevauchants
• Application des règles spécifiques à chaque EC
• Visualisation des résultats sur les cartes de KEGG

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Visualisation des voies métaboliques
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Léquipe ProDom
Collaborations
INRA Toulouse Clotilde CLAUDEL-RENARD Claude
CHEVALET IBCP, Lyon Gilbert DELEAGE Christophe
GEOURJON EBI, Hinxton Rolf APWEILER IRISA,
Rennes Dominique LAVENIER
Jérome GOUZY Emmanuel COURCELLE Florence SERVANT
Yoann BEAUSSE Catherine BRU Sébastien
CARRERE Daniel KAHN Florence CORPET
Soutien financier

• Programme Bio-Informatique Inter-Organismes
• Génopole
• - Union Européenne (InterPro)