MODULOME

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MODULOME
Recherche des CRISPRs Résultats
Christine ROUSSEAU
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Recherche des CRISPR

• Observés chez les archéas et les bactéries
• Rôle supposé mémoire immunitaire

Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic
Repeat
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CRISPR vers un modèle
Gène CAS

• Unités régulièrement espacées
• Présence d'un leader en amont ou aval du CRISPR
  à une distance variable
• Présence d'un gène CAS

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Méthode

• Extraire les ?µ local maximal repeat
• Recherche des ?µ local maximal repeat
  chevauchants et régulièrement espacés
• Alignement multiple pour déterminer le consensus.
• Etude des régions flanquantes

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Etape 1 Extraction des ?µ local maximal repeat

• Objectif n'extraire que les répétitions
  localement répétées.

Position min 25
Position max 189
? scope position max position min 164
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Etape 1 Extraction des ?µ local maximal repeat
?µ partitions contenant au moins 2 éléments
scope1 81
scope2 8
µ2, scope moyenne des scopes locales 44,5
7
Etape 1 Extraction des ?µ local maximal repeat
?µ partitions contenant au moins 2 éléments
scope1 4
scope3 8
scope2 27
µ2, scope moyenne des scopes locales 44,5
µ3, scope 13
8
Etape 1 Extraction des ?µ local maximal repeat
?µ partitions contenant au moins 2 éléments
scope1 4
scope3 2
scope2 27
scope4 4
µ2, scope moyenne des scopes locales 44,5
µ3, scope 13
µ8, scope 9
9
Etape 1 Extraction des ?µ local maximal repeat
Et pour les CRISPRs ? µ 8 50 ? 500
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Etape 2 rechercher les ?µ LMR régulièrement
espacés
Calcul de la période dans une fenêtre de taille
nombre minimum doccurrences.On augmente la
taille de la fenêtre tant que l'on a la même
période.
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Etape 2 rechercher les ?µ LMR régulièrement
espacés
Calcul de la période dans la fenêtre P
médiane des distances entre 2 unités Toutes les
distances entre unités P /- 25 Si vrai, on
augmente la taille de la fenêtre Sinon on
recalcule la période en supposant la présence
dun parasite.
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Etape 3 alignement multiple des unités
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Pyrococcus abyssi GE5
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Détection des CRISPRs chez les thermococcales
résultats

• Pyrococcus abyssi 3 CRISPRs
• Pyrococcus horikoshii 6 CRISPRs
• Pyrococcus furiosus 7 CRISPRs
• Thermococcus kodakarensis 3 CRISPRs

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Détection des CRISPRs chez les thermococcales
Analyse des spacers
Blast contre banques virales et plasmids
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Détection des CRISPRs chez les thermococcales
Comparaison des résultats avec les autres
méthodes
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Etape 4 leader et gène CAS ?

• Propriétés connues
• Emplacement /- 1.000 Bp dun CRISPR
• Domaines conservés
• Idée
• Rechercher les maximal repeat au voisinage des
  régions CRISPR isolées et présents seulement dans
  ce voisinage (d neighbour)

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Pyrococcus horikoshii
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Vers une base de données CRISPR

• génome
• coordonnées
• séquence consensus logo
• unités / spacers
• image Pygram
• gènes CAS si connus