PubMed: Recherche, affichage, t

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PubMed Recherche, affichage, téléchargement et
envoi par e-mail(module 4.1)



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MODULE 4.1PubMed Recherche, affichage,
téléchargement et envoi par e-mail

• Instructions Cette partie du
• Cours est une présentation PowerPoint destinée à
  vous introduire à la recherche, l'affichage, le
  téléchargement et 'envoi par couurier
  électronique (e-mail sur PubMed)
• module est hors connexion et est conçue comme
  source d'informations et de référence.

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Table des Matières

• Connexion à PubMed
• Navigation sur PubMed
• Sélection d'une base de données
• Recherche sur PubMed
• Options d'affichage
• Options d'impression, sauvegarde et e-mail

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Avant d'aller à PubMed, vous devez vous
connecter au site web de HINARI à l'adresse
http//www.who.int/hinari/fr/
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Vous devez taper votre Nom d'utilisateur et votre
mot de passe dans les boîtes appropriées, puis
cliquer le bouton Login (Se connecter). NB Si
vous ne vous connectez pas correctement, vous
n'aurez pas accès aux articles en texte intégral
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Rappelez-vous que si vous n'utilisez pas la page
de Login (Connexion), vous pouvez le faire sur la
page Périodiques, base de données et autres
sources d'informations en texte intégral.
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Quand vous êtes connecté à partir de la page
d'accueil de HINARI, accédez à PubMed en cliquant
Rechercher des articles avec PubMed (Medline).
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Depuis Octobre 2009, l'affichage de PubMed a été
repensé d'une manière plus simple et plus
intuitive. Rappelez-vous daccéder à PubMed à
travers HINARI, sinon vous ne pourrez pas
consulter les articles en texte intégral
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La partie inférieure de la page d'accueil de
PubMed affichée ici contient des liens hypertexte
vers de nombreux outils et bases de données le
National Center for Biotechnology Information
(NCBI/Centre National d'informations de
Biotechnologie). Remarquez l'option Bookshelf
(Étagère à livres) qui vous donne accès à de
nombreux livres électroniques en texte intégral.
?²
10
La page Bookshelf de NCBI donne accès à plus de
700 ressources électroniques en sciences de la
vie et en soins de santé, comprenant livres,
collections d'articles, bases de données,
documentation et rapports. Remarquez les listes
New Updated (Nouveau et Actualisé) et Featured
Titles (Titres en vedette). Nous allons choisir
l'option Browse Titles (Parcourir les titres).
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Dans le Bookshelf de NCBI, vous pouvez faire des
recherches par Type de publication, Sujet ou
Editeur (Types, subjects, publishers). Vous
pouvez également effectuer une recherche par
mots-clés (Search). Si vous cliquez sur Book
dans Types, vous aurez accès à 136 livres.
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La boîte de recherche de PubMed est active.
Mettez vos termes de recherche dans cette
boîte. Dans cet exemple, pour effectuer une
recherche sur malaria infections AND Africa,
tapez ces termes dans la boîte de requête, puis
cliquez le bouton Search (Rechercher).
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Les résultats de la recherche sont affichés dans
le corps de la page au format Summary (Sommaire),
20 Items per Page (20 éléments par page) avec
l'option de tri (Sort by) Recently Added
(récemment ajoutés). Ce sont là les options par
défaut après une recherche. Notez les deux
filtres supplémentaires pour les articles Free
Full Text (Texte intégral gratuit) et HINARI.
Ceux -ci ont été créés par les recherches
HINARI/PubMed sauvegardées dans My NCBI (Voir
Module 4.5). Sur les 4095 articles, 1920 sont
disponibles sous le filtre HINARI et 1624 avec le
filtre Free full text (avec quelques
chevauchements).
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Notez l'hyperlien pour Free article (Article
gratuit). En le cliquant, vous serez redirigé sur
l'affichage Abstract (Résumé) et aurez accès au
texte intégral. Notez aussi que les termes de
recherche malaria, infections et Africa - sont
en gras s'ils font partie du titre.
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A partir de l'affichage Abstract, cliquez le lien
hypertexte vers le site de l'éditeur et l'article
en texte intégral. Pour les articles HINARI, il y
aura des icônes HINARI et des liens.
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Ici vous avez accès au texte intégral d'un
article du Bulletin de l'Organisation Mondiale de
la Santé.
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Nous allons à présent utiliser le menu déroulant
Display Settings (Options d'affichage) pour
choisir le Format Abstract, 20 éléments par page
(Items per page) triés par les plus récemment
ajoutés (Sort by Recently Added). Pour activer
ces options, cliquez le bouton Apply (Appliquer).

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Notez que les options Format Abstract avec 20
Items per page et Sorted by Recently Added sont
maintenant indiquées dans la ligne Display
Settings au dessus du nombre de résultats. Notez
aussi les filtres Free Full Text et HINARI. Nous
allons à présent cliquer sur celui de HINARI.
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Quand vous cliquez sur licône HINARI dans
l'affichage Abstract, une liste de les articles
HINARI apparaît avec licône HINARI. En cliquant
sur cette icône, vous afficherez le texte
intégral de l'article. Le filtre Free Full Text
fonctionne de la même manière. Notez que certains
articles ont à la fois licône HINARI et Free
Full Text icons dans l'affichage Abstract.
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Depuis Août 2010, PubMed a amélioré l'affichage
Abstract. Pour des résumés structurés, les
sous-titres clés (INTRODUCTION, RESULTS,
CONCLUSIONS) sont indiqués au début de chaque
paragraphe. Notez aussi que les termes MeSH
(Medical Subject Headings/Titres de sujets
médicaux) sont en gras. Environ 25 des
citations dans PubMed utilisent ce format.
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Nous avons accédé à l'article en texte intégral
en utilisant licône HINARI à partir de
l'affichage Abstract. Notez que vous pouvez
télécharger l'article en tant que fichier PDF ou
XML, ou imprimer le document. Rappelez-vous que
vous devez être correctement connecté à HINARI
pour avoir accès au texte intégral des articles.
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Au bas de chaque citation dans le format
Abstract, des informations sur les types de
publications (Publication Types), les termes MeSH
et les bourses de recherche (Grant Support)
peuvent être affichées. Cliquez sur le menu
déroulant pour voir ces informations.
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Voici à présent le menu déroulant Display
Settings(Options d'affichage) pour le format
Medline, 20 Items per Page trié par Recently
Added. Cliquez le bouton Apply pour appliquer.
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Notez la liste de termes Medical Subject Headings
(MeSH) dans l'option Medline. Ces termes MeSH
sont affectés par la National Library of Medicine
(États Unis) pour l'indexation dans PubMed. Ils
peuvent être utilisés pour rendre les recherches
plus générales ou plus précises.
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Nous voyons maintenant le menu déroulant Display
Settings pour les options Format Summary, 200
Items per Page triés par Recently Added. Pour
activer ces options, cliquez le bouton Apply.
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Le nombre de citations affichées, plus grand dans
cette option d'affichage, est utile dans les
situations de basse vitesse connexion.
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Voici le menu déroulant Display Settings pour les
options Format Abstract, 50 Items per Page triés
par Title (titre).
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Sous l'option Sort by Title (Trier par titre),
cette liste de citations commence par un A.
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Dans le menu déroulant Send To (Envoyer vers),
nous pouvons choisir parmi les options File
(Fichier), Collections, Order (Commande),
Clipboard (Presse-papiers) ou E-mail.
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Vous devez cocher les cases à gauche des
citations que vous voulez envoyer vers les
options File, Collections, Order, Clipboard ou
E-mail. Si vous ne mettez pas de coches dans les
cases de votre choix, les résultats de la
recherche seront envoyés dans leur totalité vers
l'option que vous aurez indiquée. Notez que
PubMed met à jour le nombre de citations que vous
avez cochées.
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Dans le menu déroulant Send To, cliquez sur le
bouton Create File (créer le fichier), avec les
options Abstract et Pub Date (date de
publication). Ceci sera un document à
télécharger via votre navigateur Internet.
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Le fichier pubmed_results se téléchargera au
format .txt au bas de ce navigateur. Vous pourrez
l'ouvrir avec le Bloc-Notes. NB Ce fichier
est téléchargé via Mozilla Firefox. Dans d'autres
navigateurs, la procédure et l'affichage peuvent
différer
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Voici maintenant le texte d'un fichier .txt
téléchargé et ouvert dans Notepad. Vous pouvez
sauvegarder ce fichier sur le disque dur C/ ,
une clé USB ou un CD-ROM. Une fois sauvegardé,
vous pouvez imprimer le document.
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Dans le menu déroulant Send To, Nous avons choisi
d'envoyer un fichier par E-mail, avec les options
Summary et Recently added. Ce document sera
envoyé à l'adresse de courrier électronique que
vous allez spécifier en tant que destinataire.
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Juste en dessous du menu Display Settings, PubMed
indique qu'un E-mail a été envoyé à l'adresse de
courrier électronique destinataire que vous avez
fournie.
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Dans le menu déroulant Send To, nous avons choisi
d'envoyer cinq citations au Clipboard
(presse-papiers). Notez que seuls les cinq
éléments cochés vont être envoyés.
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Au cas où nous n'aurions pas coché de cases de
citations, les 500 premiers éléments seraient
ajoutés au Clipboard.
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La coche verte confirme que 500 éléments ont été
ajoutés au Clipboard. Il est aussi indiqué que
les éléments du Clipboard seront perdus après 8
heures d'inactivité.
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Sur la même page, une étiquette Item in clipboard
(Element dans le presse-papiers) indique toutes
les citations que vos avez choisi d'y mettre en
cochant leurs cases. Notez que le nombre
d'éléments qui ont été envoyés au Clipboard est
également indiqué.
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Pour supprimer des éléments du Clipboard, cliquez
sur Clipboard. Les résultats de la recherche
seront ré-affichés et, grâce aux hyperliens qui
leur ont été ajoutés, vous pourrez supprimer tous
les éléments (Remove all items) ou
individuellement certains d'entre eux (Remove
from clipboard/Supprimer du clipboard). Dans le
cas présent, nous allons vider le Clipboard
(Remove all items.)
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Un message de confirmation indique que 500
éléments ont été supprimés du Clipboard.
42
Une autre fonctionnalité importante de PubMed est
le Single Citation Matcher (Identificateur de
citation unique). C'est un outil très utile quand
vous connaissez l'auteur ou le titre de l'article
que vous cherchez.
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Sur la page du Single Citation Matcher, nous
avons tapé aronson b dans la boîte Author name
(Nom de l'auteur) et hinari dans la boîte Title
words (Mots du titre). Cliquons ensuite le bouton
Go.
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L'utilisation de ces termes dans le Single
Citation Matcher a renvoyé 1 citation.
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Nous avons répété cette recherche mais seulement
pour l'auteur aronson b et exclu HINARI dans la
boîte Title words. Le résultat de cette recherche
plus générale est de 71 citations. Notez qu'il
est aussi indiqué qu'il y a au moins 14 articles
de cet auteur sur des sujets se rapportant à
HINARI.
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Depuis Avril 2010, PubMed a ajouté des liens vers
des articles gratuits sur PubMed Central (PMC) et
des livres et documents sur le Bookshelf de NCBI.
A part les hyperliens Free Article, vous verrez
aussi des liens Free text vers des livres et
documents sur PMC.
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Revenons à la page d'accueil de PubMed pour
discuter brièvement des diverses ressources de
formation de la liste Using PubMed (Utilisation
de PubMed). Notez que ces ressources vont du
Quick Start Guide (Guide de mise en route rapide)
à la FAQs (Foire aux questions) en passant par
de nombreux PubMed Tutorials (Didacticiels
PubMed). Rappelez-vous que ces ressources sont
destinées aux utilisateurs de PubMed en général,
et non pas uniquement à PubMed/HINARI.
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Nous avons accédé à la page PubMed Online
Training (Formation PubMed en ligne). Il y a un
lien vers un PubMed Tutorial (Didacticiel PubMed)
détaillé et de nombreux Quick Tours (Visites
guidées rapides) sur la recherche dans PubMed, la
gestion des résultats, les termes MeSH et MY
NCBI, en plus des Hot Topics (Sujets d'actualité).
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A partir de la page d'accueil de PubMed, nous
avons ouvert la page PubMed New and Noteworthy
(Nouveau et Remarquable). C'est là l'emplacement
des améliorations apportées à PubMed et My NCBI,
qui donnent souvent lieu à des mises à jour du
matériel de formation de HINARI/PubMed.
Fin du Module 4, Première Partie. Un livret
d'exercices accompagne cette partie du module. Il
vous guidera à travers une séance en direct qui
couvrira les points inclus dans cette
présentation avec des exemples pratiques. Mise à
jour Décembre 2011