A propos de PubMed

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A propos de PubMed

• http//www.pubmed.gov
• principal accès gratuit à Medline
• Medline
• Medical Literature Analysis and Retrieval System
  Online
• U.S. National Library of Medicine
• base de données bibliographiques
• Contenu de Medline (source)
• biomédecine et santé, De 1966 à aujourdhui
• de 4800 journaux scientifiques indexés
• de 18 millions de références
• 9 articles sur 10 sont publiés en anglais
• 7 références sur 10 ont des résumés
• 500 000 nouvelles références par an
• Descriptions en langage contrôlé

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A propos de PubMed

• Medline a 35 ans, mais le premier Index Medicus
  date de 1879.
• 1964 MEDLARSMedical Literature Analysis and
  Retrieval System
• 1971 Première consultation à distance Medlars
  devient Medline
• Années 80 distributions sur CD-ROM de MEDLINE
  par des tiers comme OVID
• 96-97 MEDLINE accessible publiquement et
  gratuitement sur le WWW. PubMed Public access to
  the Medical Literature Analysis and Retrieval
  System On-Line
• 2004 Arrêt de lIndex Medicus en format papier
• Plus aucune référence nest saisie à la main.
  (OCR XML)

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A propos de PubMed

• PubMed est lune des BDD développée par le
   National Center for Biotechnology Information 
  NCBI
• PubMed propose
• - Les articles trop récents pour être indexés
  dans Medline "PubMed - as supplied by
  publisher", "PubMed - in process"
• - Les articles anciens non indexés OLDMEDLINE
  (1950-1965) et autres
• - Des liens vers les articles sur les sites
  déditeurs
• - Des liens vers les autres bases de données NCBI
  en biologie moléculaire et génétique notamment

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A propos de PubMed
Source
Lien vers léditeur
Titre
Auteurs et affiliations
Résumé
Type de publication
Descripteurs pondération
Identifiant unique
Statut dindexation
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Recherche ATM

• Comment fonctionne PubMed
• Les termes de recherche signifiants sont comparés
  à plusieurs index dans cet ordre.
• Les Termes MeSH (medical subject headings)
• Les noms de périodiques
• Les noms dauteurs
• La requête est interprétée pour retrouvée un
  maximum de descripteurs MeSH.
•  Automatic Term Mapping Process 
• Lensemble des résultats est retourné.

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Recherche ATM

• Exemples
• Angina pain gt
• "angina pectoris"MeSH Terms
• OR ("angina"All Fields AND "pectoris"All
  Fields)
• OR "angina pectoris"All Fields
• OR ("angina"All Fields AND "pain"All Fields)
• OR "angina pain"All Fields
•  Si la requête dans son ensemble ne correspond
  pas à un descripteur MeSH, elle est subdivisée.
• Pressure point gt
• ("pressure"MeSH Terms OR "pressure"All
  Fields) AND pointAll Fields

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Recherche

• Quand un terme MeSH est trouvé, PubMed recherche
  automatiquement, toutes les références associées
  à ce terme ainsi quà tous les termes
  spécifiques.
• Cest lexplosion.

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Recherche

• - La Troncature
• seffectue avec
• Ex. Nurs Nurse, nurses, nursing etc.
• Seuls 600 variations sont effectuées.
• - La recherche dexpression
• seffectue avec les guillemets " " 
• Ex.
• Interprétation de PubMed "pressure point"All
  Fields
• Attention ces deux opérations empêchent
  l Automatic Term Mapping Process 

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Recherche

• - Les mots vides (Stopwords)
• Un certain nombre de termes peu signifiants sont
  ignorés.
• about, during, with etc.
• - Les opérateurs booléens
• AND références contenant lensemble des
  termes
• OR références contenant au moins 1 des
  termes
• NOT références contenant ce terme sont
  exclues
• Si on utilise plusieurs opérateurs différents, il
  faut utiliser des parenthèses.

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Lécran des résultats

• - Les résultats

Nombre
Navigation
Revue de littérature  Analyse découlant de
l'examen de l'ensemble de la documentation
touchant un sujet ou un domaine particulier. 
Pas de résumé Résumé seul Accès gratuit au
texte intégral
11
Lécran des résultats

• - Les options daffichage
• Formats
•  Citation  affichage des termes MeSH
•  Medline  et  XML  lisibles par les
  ordinateurs
•  Medline  affichage du titre original
   Transliterated Title 

Nombre de résultats par page
Tri par date, auteur ou périodique
Format des références
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Lécran des résultats

• - Exports des notices
•  Text  et  file  aucun formatage
•  Printer  pour limpression
•  clipboard  sélection temporaire (panier)
•  E-mail  envoi par E-mail
•  RSS feed nécessite Firefox ou un agrégateur
•  Order  service US uniquement

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Fonctionnalités limitations

• Attention, les limitations restent posées dune
  recherche sur lautre.
• Une case  limits  est cochée, les limitations
  apparaissent surlignées en jaune.

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Fonctionnalités limitations

• - Recherche par noms dauteurs et de périodiques
• Des listes déroulantes saffichent.
• On peut ajouter plusieurs noms et utiliser AND ou
  OR.
• Il est préférable dutiliser linitiale du prénom
  pour limiter les homonymes.

15
Fonctionnalités limitations

• - Texte intégral, texte intégral gratuit, résumé
• Laccès gratuit reste minoritaire (et la France
  est sous la moyenne).
• - Date
• Pré-sélections ou choix dune période

16
Fonctionnalités limitations

• - Autres limitations

Ces sous-ensembles sont basés sur des sélections
de titres
Langues
Types de publications
17
Fonctionnalités limitations

• - Autres limitations

Notamment le titre, le titre original et les
mots clés majeurs
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Fonctionnalités historique

• Les 100 dernières requêtes effectuées sont
  conservées.
• Lhistorique est vidée au bout de 8 heures
  dinactivité.
• Les requêtes peuvent être combinées.
•  Preview  permet de visualiser le nombre de
  résultats

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La recherche avancée

• Lhistorique et les limitations sont également
  réunis dans la recherche avancée.

20
Fonctionnalités le panier

• Le  clipboard  conserve une sélection
  temporaire de références.
• 500 références sont conservées.
• Le panier est vidé au bout de 8 heures
  dinactivité.
• Lastérisque indique la présence de références
  dans le panier.
• Pour effacer une référence  send to  puis
   clip remove .

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Fonctionnalités détails

• Longlet  Details  permet dobtenir
  linterprétation des requêtes par PubMed.
• Le bouton URL permet de sauvegarder une recherche
  (signets).
• Les codes des différents champs

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Fonctionnalités articles apparentés

• La fonction  Related articles  permet dobtenir
  une sélection darticles similaires.
• Cette sélection seffectue par comparaison des
  mots du titre, du résumé et des termes MeSH.
• Le tri des résultats est effectué par pertinence
  et non par date.

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Exercices pratiques

• - Combien d'articles sur l'hépatite C depuis le
  début de l'année ? Combien en français ? Combien
  en accès libre et gratuit ?
• - Quels sont les derniers articles du Pr. Luc
  Montagnier ?
• - Quels sont les derniers articles du JAMA ?
• - Le Pr. Montagnier a-t-il publié dans JAMA ?
• Si oui, ajouter les références au panier, puis
  copier les dans un document Word.

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Services My NCBI

• Inscription directe et gratuite.

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Services My NCBI

• Sauvegarde des recherches
• Alertes par e-mail

Intitulé
Fréquence
Format
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Services My NCBI

• Filters
• Pour personnaliser linterface
• De nouveaux onglets peuvent être ajoutés.
• Parmi les options de nombreux catalogues de
  bibliothèques.

27
Services My NCBI

• My NCBI collections
• Permet de conserver des sélections darticles
  indéfiniment à partir dune sélection temporaire
  (clipboard). Maximun 100 collections de 1500
  références.
• Vous pourrez retrouver et gérer vos collections
  depuis lécran My NCBI

Depuis le clipboard, choisir Send to My NCBI
collections
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Services MeSH Database

• Recherche des termes MeSH à partir des termes ou
  des synonymes exacts.
• Sont proposés définitions, hiérarchie(s), liens
  connexes.
• Possibilité de combiner les termes.
• Contrôle de la pondération et de lexplosion.

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Services Single Citation Matcher

• Pour retrouver une référence à partir
  dinformations incomplètes.
• Il sagit dune présentation des  Limits 
  adaptée à la recherche à partir dinformations
  bibliographiques.

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Services Journals database

• La base de données des périodiques qui alimentent
  PubMed (et les autres BDD de NCBI).
• Pour chaque périodique on trouve des liens vers
  PubMed.

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Exercices pratiques

• - Combien darticles ont pour sujet majeur le
  traitement médicamenteux de lasthme depuis le
  début de lannée ?
• -  Le concours médical  est-il indexé dans
  Medline ?
• - Comment être alerter du dernier sommaire de
   La revue du praticien  ?
• - Faites apparaître les onglets  French  et
   Free Full text  sur votre écran de résultats.

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Sources et liens

• http//www.pubmed.gov/
• http//www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/
• http//nnlm.gov/training/work/
• http//www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?ridhelp
  pubmed
• http//doccismef.chu-rouen.fr/servlets/Simple?Mot
  pubmed
• http//www.bium.ch/wiki/doku.php?idwikimedline_e
  t_pubmed
• Ce support de cours http//www.chu-rouen.fr/docu
  med/pubmedadbs.ppt
• Gaetan.Kerdelhue_at_chu-rouen.frNovembre 2008

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En savoir plus Le MeSH

• Medical Subject Headings
• - Plus de 20 000 descripteurs
• - 11 niveaux hiérarchiques
• - Utilisation de mots outils Les qualificatifs
  ( qualifiers )
• - Arborescences complexes1 terme gt plusieurs
  arborescencesnombreuses relations connexes
• - Pondération ( MeSH Major Topic )on distingue
  les thèmes majeurs dun article (marqués )
• -  Check tags  tranches dâge etc.

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En savoir plus Le MeSH

• A - Anatomie
• B - Organismes (animaux, plantes, bactéries...)
• C - Maladies
• D - Produits chimiques, biologiques et
  pharmaceutiques
• E - Équipements et techniques analytiques,
  diagnostiques et thérapeutiques
• F - Psychiatrie et psychologie
• G - Sciences biologiques
• H - Sciences physiques
• I - Anthropologie
• J - Technologie aliments et boissons
• K - Arts et sciences humaines
• L - Sciences information
• M - Individus
• N - Santé (administration des soins)
• Z - Emplacements géographiques
• - Relations hiérarchiques dans une même branche
• - Relations connexes  (voir aussi) entres les
  branchesde lorgane vers ses maladies, du virus
  vers la maladie, de la substance vers laction
  pharmacologique

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En savoir plus Le MeSH

• Vocabulaire contrôlé
• Oncogens
• Tumor Initiators Carcinogens
• Tumor Promoters

Les mots clés sont hiérarchisés,des termes
généraux vers les termes spécifiques Respiratory
Tract Diseases Lung Diseases Pneumonia Pneumonia,
Bacterial Pneumonia, Viral Etc.
Ces opérations sont incompatibles avec la
troncature !
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En savoir plus Le MeSH

• Utiliser les qualificatifs
• En anglais  qualifier  ou  subheading 
• Le sens de chaque mot clé peut être précisé par
  un qualificatif.
• Traitement et diagnostic de lasthme sécrivent
• asthma/therapy asthma/diagnosis

• Qualificatifs usuels
• Pour une maladie Pour une substance
• /therapy /adverse effects
• /drug therapy /administration dosage
• /complications /contraindications
• /epidemiology

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En savoir plus Le MeSH

• MeSH browserhttp//www.nlm.nih.gov/mesh/
• MeSH databasehttp//www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/q
  uery.fcgi?dbmesh
• Traduction française du MeSH
• http//ist.inserm.fr/basismesh/mesh.html
• Tous savoir sur le MeSH
• http//ist.inserm.fr/basismesh/Tout_savoir_sur_le_
  MeSH2005.pdf
• Loutil terminologie de CISMeF
• http//www.chu-rouen.fr/terminologiecismef/