VARIABILITE GENETIQUE

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VARIABILITE GENETIQUE
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• la variabilité intra-population
• la variabilité inter-populations

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VARIABILITE GENETIQUE INTRAPOPULATION
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Paramètres détude de la variabilité intra
population  

• Richesse allèlique
• Fréquences allèliques
• Indices de diversité
• -Taux dhétérozygotie observé
• -Taux dhétérozygotie théorique 
• -Taux dhétérozygotie non biaisé 

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I- Richesse allélique
Nombre dallèles différents présents dans une
population
- Pour un locus donné
- Si plusieurs loci
Nombre moyen dallèle par locus
1 locus ayant 4 formes alléliques
Nombre individu12
Sensible à la taille de léchantillon
Ne tient pas compte de labondance
A4
A4
Un allèle rare a le même poids quun allèle commun
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Tableau Nombre dallèles pour le microsatellite
OarCP34 présents chez les 6 races ovines étudiées.
Origine Races Nombre total dallèles
Algérie Hamra 4
Algérie Ouled Djellal 6
Algérie Taâdmit 5
Algérie Rembi 5
Algérie Sidaoun 4
Algérie Dmen algérienne 3
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II-Estimation des fréquences alléliques

• les fréquences alléliques sont calculés à partir
  des génotypes des individus étudiés dans une
  population
• Les fréquences alléliques sont calculées par le
  logiciel GENETIX 4.03 (Belkhir et al. 2002)
• 2 x nbr danimaux homoz pr lallèle i
  nbr danimaux hétéroz pr lallèle i
• Pi
• 
  2N
• N nombre total danimaux typés au locus K

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Exemple du groupe sanguin MN chez
l'hommeLexamen de 730 aborigènes australiens a
donné les résultats suivants
Groupe sanguin Génotype Nombre Fréquence
M MM 22 0.03
MN MN 216 0.30
N NN 492 0.67
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Les fréquences alléliques calculées sont les
suivantes
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Tableau Fréquences alléliques pour le
microsatellite OarCP34 chez les 6 races ovines
étudiées
Fréquences alléliques en Origine Races Allèles en pb Allèles en pb Allèles en pb Allèles en pb Allèles en pb Allèles en pb Allèles en pb Allèles en pb
Fréquences alléliques en Origine Races 108 110 112 114 116 118 120
Fréquences alléliques en Algérie Hamra 12 36 2 0 50 0 0
Fréquences alléliques en Algérie Ouled Djellal 14.29 23.21 10.71 3.57 23.21 25 0
Fréquences alléliques en Algérie Taâdmit 15.91 38.64 4.55 0 36.36 4.55 0
Fréquences alléliques en Algérie Rembi 40 26 8 0 20 4 2
Fréquences alléliques en Algérie Sidaoun 26.92 30.77 0 0 38.46 3.85 0
Fréquences alléliques en Algérie Dmen algérienne 30 0 0 0 65 5 0
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Figure Histogramme des fréquences alléliques
pour le microsatellite OarCP34 dans les 13 races
ovines étudiées.
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III- Indices de diversité

• Taux dhétérozygotie observé
• Taux dhétérozygotie théorique 
• Taux dhétérozygotie non biaisé 

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Taux dhétérozygotie théorique

• une valeur théorique qui correspond à
  lhétérozygotie de la population, en la supposant
  à lEHW.
• 1k
• Hth1-? P2ikx
• i 1
• PiKx  est la fréquence de lallèle i au locus k
  dans la population x.

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Taux dhétérozygotie observé

• le rapport du nombre danimaux hétérozygotes sur
  le nombre total danimaux typés pour un locus.

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Taux dhétérozygotie non biaisé

• Utilisé lorsque le nombre danimaux testés est
  faible.
• Formule
• logiciel GENETIX 4.03 (Belkhir et al. 2002).

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En raison du faible nombre danimaux typés, pour
le microsatellite OarCP34 (13 à 30 ADN), nous
tiendrons compte des valeurs des taux
dhétérozygotie non biaisés
Origine Races Nbr déchantillons Hth Hobs Hnb
Algérie Hamra 25 0.6056 0.6000 0.6180
Algérie Ouled Djellal 28 0.7966 0.7857 0.8110
Algérie Taâdmit 28 0.7060 0.8571 0.7188
Algérie Rembi 26 0.7330 0.8462 0.7474
Algérie Sidaoun 27 0.6811 0.5556 0.6939
Algérie Dmen algérienne 12 0.5174 0.3333 0.5399