POLYMORPHISME GENETIQUE

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POLYMORPHISME GENETIQUE
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LES DIFFERENTS TYPES DE MARQUEURS GENETIQUES

• Marqueurs morphologiques
• Complexité danalyse
• Influence de lenvironnement
• Représentation partielle du génome
• Faible polymorphisme
• Expression tardifs des caractères
• Marqueurs biochimiques
• Complexité danalyse
• Influence de lenvironnement
• Représentation partielle du génome
• Faible polymorphisme
• Expression tardifs des caractères
• Marqueurs ADN

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Localisation des marqueurs ADN

• ADN Chloroplastique
• ADN mitochondrial Gène, ADNanonyme
• ADN nucléaire

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Les diffèrents types de marqueurs polymorphes ADN

• Polymorphismes de longueur
• RFLP
• AFLP
• RAPD
• Minisatellite
• Microsatellite
• Mutation ponctuelle ou SNP

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Définition et propriétés des marqueurs

• Polymorphisme
• Liaison

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Polymorphisme

• Taux 1 à 5 est fonction de
• - Environnement
• - Composition du génome (Hot spot, cite fragile
  etc.)
• - Mutations
• - Situation de la population (consanguinité,
  dérive génétique, sélection etc.)

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• PIC (polymorphisme information content)
• Varie de 0 à 1
• Proportion dindividus informatifs dans une
  population idéale
• Influencé par
• Nombre dallèles
• Le type de transmission du locus (dominant ou
  codominant)
• La composante de la famille en individus
  (homozygotes ou hétérozygotes)

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Liaison

• Absence de recombinaison
• Distance génétique réduite (lt20cM)
• Déséquilibre de liaison

SAM
Diagnostique génétique
Cartographie génétique
Introgression
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• Equilibre de liaison
• Présence de recombinaison
• Population en équilibre de H.W (absence de
  sélection, migration, mutation ou dérive
  génétique)

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ORIGINE DU POLYMORPHISME

• Mutation ponctuelle
• Mutation large
• Insertion
• Délétion
• C.O inégaux
• Slippage
• Erreurs dans le système de réparation de lADN

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INTERÊT DUN MARQUEUR

• Précocité du typage
• Rapidité dutilisation
• Coût faible
• Détermination du génotype au marqueur possible
  chez tout animal
• Marqueurs ADN

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DOMAINES DAPPLICATIONS

• Marqueurs très polymorphes

SAM
Caractérisation
Cartographie
Phylogénie
Marqueurs liés
Marqueurs non liés
Marqueurs liés
Marqueurs liés
Clonage positionnelle
Cartographie dintervalle
Pop de la même espèce
Entre espèces différentes (ex. gène Hox)
Lig. Mat. (marq. Mito)
(marqueurs microsatellites)
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• Marqueur moyennement polymorphe
• Etude de caractérisation sur populations très
  réduite en nombre
• Etude de caractérisation sur populations
  consanguines
• Etude de caractérisation sur un faible
  échantillon

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Comment palier a un problème dinformativité ?

• Situation
• Région chromosomique importante
• Problème
• Absence de marqueurs polymorphe
• Solution
• Haplotype (marqueur ADN génétiquement très liés)

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Stratégie détablissement des cartes génétiques

• Constitution dune collection dADN génomique de
  familles de référence
• 02 parents et 10 à 30 produits
• 150 à 300 individus au total
• Recherche de marqueurs ADN par criblage de
  banque dADN génomique
• Typage des individus du panel de référence pour
  les marqueurs étudiés
• Centralisation des résultats et analyse de liaison

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RFLP

• Marqueur ADN

• Sonde ADN
• Radioactif
• Fluorescente

Enzyme de restriction
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Mécanisme de génération du polymorphisme RFLP

• Mutation ponctuelle
• Insertion
• Transposant
• Virus
• Duplication

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Techniques de mise en évidence

• Southern blot
• PCR/RFLP

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Southern blot

• Principe de la technique
• Digestion de lADN par enzyme de restriction
• Electrophorèse sur gel dagarose
• Hybridation avec une sonde
• Mise en évidence
• Limite de la technique
• Quantité dADN
• Toxicité
• Nécessité de connaître la région étudié

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PCR/RFLP

• Principe
• Amplification de lADN
• Digestion enzymatique
• Electrophorèse sur gel dagarose
• Avantage de la technique
• Rapidité
• Automatisation de la technique
• Pas de toxicité

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Caractéristiques

• Nombre dallèle faible
• Ne représente quune faible proportion de la
  variabilité génétique
• Seules les mutations qui modifies un cite de
  restriction sont mise en évidence

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Comment en peut palier au problème du
polymorphisme?

• Les Haplotypes