Aplica

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Aplicações da Informática na Pesquisa em Saúde

• Prof.Dr. Renato M.E. Sabbatini
• Faculdade de Ciências Médicas
• Disciplina de Informática Médica e Bioestatística

2
Papel da Pesquisa no Processo Médico
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Objetivos da Pesquisa Clínica

• Adicionar e integrar novos conhecimentos à
  ciência médica (doenças, suas manifestações,
  prevalência e diagnóstico, novas formas
  terapêuticas, etc.)
• Utilizar métodos científicos de controle e
  análise rigorosos e objetivos, para assegurar a
  validade dos resultados
• Derivar resultados que tenham aplicabilidade
  prática na prevenção, diagnóstico e terapia de
  doenças
• Respeitar as limitações impostas pela ética da
  experimentação com seres humanos

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Categorias de Pesquisa Clínica

• Estudos prospectivosAs condições experimentais,
  tamanho da amostra, grupos, parâmetros,
  critérios, protocolos, testes, etc. são definidos
  antes de coletar os dados. Os pacientes são
  adicionados ao estudo segundo o protocolo e os
  critérios de exclusão e inclusão, à medida que
  chegam.
• Estudos retrospectivosJá existem dados sobre
  pacientes atendidos e eles são incluídos ao
  estudo segundo critérios e definição de
  parâmetros, através da revisão e recodificação de
  prontuários

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Procedimentos da Pesquisa Clínica

• Ensaio clínico aleatorizado (RCT)Um tipo de
  experimento prospectivo, em que os pacientes são
  alocados aleatoriamente a grupos alternados e
  tratados de acordo com um protoco de estudo
• Estudos cegos e duplo-cegosNem o paciente
  (estudo cego) e nem o paciente e o pesquisador
  (estudo duplo-cego) sabem quais são os grupos a
  que foram alocados
• ViésÉ um erro sistemático introduzido por
  fatores diferentes do efeito experimental.
  Exemplos viés de seleção, viés de amostragem,
  viés experimental.

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O Ciclo Experimental
Formular problema
Gerar Hipótese
Avaliar resultados e disseminar
Observar Experimentar
Desenvolver modelo
Testar hipótese
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O Ciclo Experimental
Formular problema
Gerar Hipótese
Avaliar resultados e disseminar
Observar Experimentar
Desenvolver modelo
Testar hipótese
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Usos do Informática na Pesquisa

• Elaboração e gerenciamento de projetos
• Gerenciamento de recursos materiais, humanos e
  financeiros de projetos
• Pesquisa bibliográfica, acesso à informação
• Coleta de dados sobre os sujeitos da pesquisa
• Controle de equipamentos de laboratório e
  aquisição de dados e imagens
• Análise estatística e numérica de dados
• Descoberta automática
• Ferramentas de apoio à publicação, ilustração,
  apresentação em congressos e intercomunicação

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Usos da Informática na Pesquisa

• Elaboração e gerenciamento de projetos
• Gerenciamento de recursos materiais, humanos e
  financeiros de projetos
• Pesquisa bibliográfica, acesso à informação
• Coleta de dados sobre os sujeitos da pesquisa
• Controle de equipamentos de laboratório e
  aquisição de dados e imagens
• Análise estatística e numérica de dados
• Descoberta automática
• Ferramentas de apoio à publicação, ilustração,
  apresentação em congressos e intercomunicação

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Computador nas Fases da Pesquisa

• Planejamento do estudo
• Projeto do instrumento de coleta de dados
• Coleta de dados
• Verificação da qualidade dos dados
• Transcrição dos dados para o computador
• Verificação da consistência dos dados
• Análise dos dados

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O Banco de Dados Clínicos

• Modalidade 1 Banco de dados coletado no dia a
  dia da instituição (prontuário eletrônico,
  cadastro do paciente, etc.)
• De longo prazo
• Geralmente inadequado para fins de pesquisa
  clínica, serve apenas para localizar categorias
  de pacientes, identificá-los e recrutá-los
• Modalidade 2 Banco de dados específico para uma
  pesquisa
• Contém campos e metodologias de coleta modeladas
  para uma pesquisa ou grupo de pesquisas
• De prazo menos longo que o anterior

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Objetivos do IAIMSIntegrated Academic and
Medical Information Systems

• adquirir informação
• clínica e laboratorial
• bibliográfica
• administrativa
• compartilhar informação
• assistência
• educação
• pesquisa
• usar informação (ferramentas)
• passivas (análise estatística)
• ativas (sistemas de apoio à decisão)

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IAIMS na Pesquisa Clínica

• entrar dados clínicos de pacientes
• triar e selecionar pacientes para estudos
• recuperar dados sobre pacientes
• analisar dados
• comunicar dados
• The goal of IAIMS is to let any user get
  whatever he wants, wherever he wants, whenever he
  wants, within the limits of security and privacy

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Descrição de Eventos Clínicos

• Variáveis de identificaçãoPaciente, visita,
  parâmetro, tempo.
• Variáveis primáriasDescritoras da intervenção,
  dos resultados (variáveis independentes e
  dependentes).
• Variáveis confundentesRegistro dos fatores que
  podem influenciar os resultados experimentais, e
  que podem servir para estratificar o estudo.

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Exemplos de Variáveis

• Objetivo investigar o efeito de uma nova droga
  anti-hipertensiva
• Variáveis identificadorasnome, registro, visita
  pré-tratamento, visitas pós-tratamento, etc.
• Variável primária independentedosagem e via da
  droga, placebo, etc.
• Variável primária dependentePressão arterial
  sistólica e diastólica, FC, etc.
• Variáveis confundentesIdade, sexo, patologia,
  grupo socio-econômico, etc.

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Pesquisas Multicêntricas

• Importantes para aumentar número de casos,
  englobar maior variabilidade, generalizar
  experiência
• Protocolo definido em comum (campos, parâmetros
  critérios de inclusão/exclusão, etc.)
• Ferramentas de captura descentralizadas
• Banco de dados centralizado
• Redistribuição dos resultados, publicação comum
• Uso da Internet para intercomunicação
• Uso do computador para gerenciamento do projeto

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História de Sistemas de Apoio à Pesquisa Clínica

• BMD (Dixon, Univ. California)
• MEDLOG System/Time Oriented Database
• American Rheumatism Association Medical
  Information System (ARAMIS)
• PROPHET (Bolt Beranek Newman)
• CLINFO (Rand Corporation)
• SPSS
• EPI-INFO (CDC/WHO)

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Fases da Pesquisa

• Planejamento do estudo
• Projeto do instrumento de coleta de dados EPED
• Coleta de dados
• Verificação da qualidade dos dados
• Transcrição dos dados para o computador ENTER
• Verificação da consistência dos dados CHECK
• Análise dos dados ANALYSIS

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Pesquisando Informação Médica na Internet

• A Internet e a Web são extremamente dinâmicas,
  crescem continuamente, e os recursos estão
  localizados de forma distribuída (milhões de
  servidores)
• Essa biblioteca desorganizada, no entanto, pode
  ser totalmente indexada, graças à tecnologia, e
  qualquer palavra de qualquer documento podem ser
  localizados em poucos segundos
• Verdadeira revolução na disseminação e
  organização do conhecimento humano

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Como Procurar Informação na Internet

• ÍndicesContém listas de todas as palavras
  existentes em documentos na Web, e onde elas
  ocorrem (URLs). Permite a busca por combinações
  de palavras-chave. Operação automática.
• CatálogosContém listas de sites e home-pages da
  Web, categorizadas por assuntos e sub-assuntos.
  Operação semi-automática (necessário submeter).
• Bases de DadosContém listas de referências
  bibliográficas pesquisáveis por palavras-chave e
  outros campos, geralmente podem ser acessadas
  pela Internet

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Índices Mecanismo de Busca

• É um software que opera através da Web, baseado
  em um grande índice
• O índice é construido por softwares automáticos
  (robôs ou spiders) que varrem continuamente a
  Internet, buscando páginas e recuperando todas as
  palavras, imagens, etc.
• O usuário pode especificar palavras para realizar
  a busca. O software do mecanismo investiga a
  ocorrência das palavras-chave no índice, combina
  os resultados e devolve uma lista de URLs para o
  usuário
• Imprescindíveis para achar informação na
  Internet.

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Mecanismo de Busca - Ordenação

• A ordenação dos resultados de uma busca obedece
  a critérios de relevância
• argumento encontrado no TITLE da página
• proximidade entre os argumentos no texto
• número de ocorrências dos argumentos de pesquisa
• argumentos em negrito ou em fonte maior
• popularidade da página (número de links que
  apontam para ela)

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Tipo de Mecanismos Índices Genéricos

• AltaVista (http//www.altavista.com )
• Excite (http//www.excite.com )
• FAST (http//www.alltheweb.com )
• Google (http//www.google.com )
• HotBot (http//www.hotbot.com )
• Infoseek (http//infoseek.go.com )
• Northern Light (http//www.northernlight.com )
• Radar UOL (http//www.radaruol.com.br)
• Radix (http//www.radix.com.br)

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Tipo de Mecanismos Índices Especializados

• Os índices especializados não se preocupam em
  indexar toda a Web (focam sua busca dentro de um
  assunto definido, uma área geográfica ou tipo de
  recurso).
• Os índices especializados são, na maioria das
  vezes, mais eficientes do que os mecanismos
  tradicionais

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Mecanismos de Busca Especializados em Medicina

• Medical World Searchhttp//www.mwsearch.com
• MedHunthttp//www.hon.ch
• MedScopio (Brasil)http//www.medscopio.com.br
• Doctor Miner (Brasil)http//www.miner.uol.com.br

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Estratégia de Busca por Palavras-Chave

• Formule uma questão e seu escopo.
• Ex quais são os tratamentos usados para
  demência associada à AIDS?
• Identifique os conceitos importantes dentro da
  questão (palavras chave).
• Ex AIDS, tratamento, demência
• Considere possíveis sinônimos e variações das
  palavras chaves.
• Ex SIDA, terapia, etc.

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Pesquisa Booleana

• Usa as palavras AND, OR, NOT (operadores
  booleanos) para expandir e limitar as buscas
• Usa lógica matemática desenvolvida por George
  Boole no século XIX
• Permite combinar os termos de pesquisa.
• Mais úteis em buscas complexas
• Obtém resultados mais específicos

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Pesquisa Booleana

• AND combina palavras e/ou frases, buscando
  páginas apenas onde aparecem TODAS as palavras no
  mesmo texto
• Sintaxe AIDS AND demência
• OR combina palavras e/ou frases, buscando textos
  que tenham PELO MENOS uma das combinações.
• Sintaxe 1 AIDS OR HIV
• NOT exclue palavras e/ou frases dos resultados
  da pesquisa.
• Sintaxe 1 demência NOT Alzheimer

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Pesquisa Booleana - Proximidade

• NEAR, ADJ, FOLLOWED BY - alguns sites permitem
  que você encontre páginas com as palavras de
  busca próximas uma da outra por um número x de
  palavras (evita-se encontrar documentos em que
  estas palavras aparecem sem ligação entre elas).
• Ex toxicidade NEAR renal

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Pesquisa Booleana Uso de Parênteses

• Os operadores lógicos AND, OR, NOT, NEAR, etc.,
  podem ser combinados usando parênteses
• A ordem de precedência é NOT, AND/NEAR, OR
• Exemplos
• (AIDS or SIDA) and (treatment or therapy) AND NOT
  AZT
• Cognitive near (disturbance or alteration or
  change)
• Renato Sabbatini AND (intelig or cognit)

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Outras Estratégias de Busca (1)

• Adição antes de uma palavra chave ou frase
  obriga que ela apareca entre os resultados
  relevantes. Ex AIDS AZT tratamento
• Subtração - elimina dos resultados as páginas
  que contêm a palavra chave ou frase. Ex AIDS
  AZT tratamento
• Frase exata (entre aspas) Ex. Adib Jatene
• Prefixos pesquisa todas as palavras chave
  com a raiz antes do asterisco. Ex. abdom

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Tipo de Mecanismos - MetaBuscadores

• Não possuem índices próprios
• Submetem as perguntas formuladas a vários
  indexadores da Web, coletam os resultados
  obtidos, fazem uma formatação, eliminando
  resultados duplicados e geram uma listagem final.
  
• Adotam um mínimo denominador comum na forma como
  as pesquisas são submetidas.

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Tipo de Mecanismos - MetaBuscadores

• Profusion http//www.profusion.com
• MetaCrawler http//www.metacrawler.com
• Brasil MetaMiner ( http//www.miner.com.br )
• Programas em seu computador que realizem
  metabuscas (gratuitos). Ex Copernic99 -
  http//www.copernic.com, WebFerret
  (http//www.webferret.com)

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Catálogos ou Diretórios

• Funcionam de forma diferente dos Índices.
• Organizados hierarquicamente por assuntos
• A busca e organização das informações é feita por
  seres humanos e somente a home page de um site é
  indexada
• Possuem um mecanismo de busca interno por
  palavras-chave
• Podem ser genéricos ou especializados

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Exemplos de Catálogos Genéricos

• Yahoo ( http//www.yahoo.com)
• Google ( http//www.google.com)
• LookSmart ( http//www.looksmart.com)
• Open Directory (http//www.dmoz.org)
• Brasil Cadê ( http//www.cade.com.br)
• Yahoo Brasil http//www.yahoo.com.br)
• Achei! (http//www.achei.com.br)
• IVOX ( http//www.ivox.com.br )

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Catálogos Especializados em Medicina

• Medical Matrix http//www.medmatrix.org
• MedWeb Plus http//www.medwebplus.com
• Achoo! http//www.achoo.com
• HealthAtoZ http//www.healthatoz.com
• CliniWeb http//www.cliniweb.com
• Medline Plus http//www.medlineplus.gov
• Catálogos de especialidades ou áreas específicas
  de medicina e saúde. Metacatálogo Harding
  MetaIndex
• http//www.lib.uiowa.edu/hardin/md

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Usos, Vantagens e Desvantagens Índices

• São bons para pesquisas muito específicas, com
  várias palavras-chave e assuntos bem definidos
• Geralmente retornam número grande de URLs
• Muito poderosos, mas não discriminam qualidade
• Critérios de relevância pouco inteligentes,
  facilmente enganados
• Pegam todas as páginas de um site
• Podem ser usados para buscar outros tipos de
  arquivos
• São atualizados com maior rapidez

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Usos, Vantagens e DesvantagensCatálogos

• São bons para achar sites maiores ou mais
  genéricos, dentro de um contexto
• Geralmente tem resultados mais restritos, mas
  deixam de fora muitos URLs relevantes
• Critérios de relevância ausentes ou determinados
  por seres humanos
• Pegam somente a página principal do site
• Atualização menos freqüente

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Outros Recursos de Busca (2)

• TITLE - pesquisar por título do documento
• Ex TITLEAmerican Heart Association
• HOST - traz páginas indexadas de um site.
• Ex HOSTwww.pfizer.com.br
• URL - traz páginas que contém este parâmetro no
  texto de sua URL.
• Ex URLmicrosoft
• LINK - identifica todas as páginas que possuem um
  link definido para o parâmetro.
• Ex LINK http//www.unicamp.br

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Outros Recursos de Busca (3)

• Pesquisando dentro dos resultados (search
  within) os mecanismos permitem que você faça uma
  pesquisa mais detalhada utilizando somente os
  resultados obtidos na primeira pesquisa
• Páginas similares realiza nova busca com as
  palavras-chave de um documento obtido em uma
  busca anterior
• Outras páginas no mesmo site
• Limitação por data, idioma, região do mundo,
  domínio (COM, BR, etc.)

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Outros Recursos de Busca (4)

• Linguagem Natural pode-se fazer consultas
  utilizando frases ou perguntas em linguagem
  natural, ou seja, como se estivesse perguntando a
  outra pessoa. Altavista, AskJeeves, Google
• Ex Why women crave chocolate ?
• Ex Where can I find pathology images?
• Ex When the microscope was discovered?
• Ex What are the foods with high fiber content?
• Ex What is the best soccer team?

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Tipos de Fontes Bibliográficas

• Fontes primáriasContém trabalhos originais com
  conhecimento original e publicado pela primeira
  vez pelos autores
• Fontes secundáriasContém trabalhos não originais
  e que basicamente citam, revisam e interpretam
  trabalhos originais
• Fontes terciáriasContém índices categorizados de
  trabalhos primários e secundários, com ou sem
  resumo

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Bases de Dados Bibliográficas

• Para Acesso Individual
• Em CD-ROM ou disquete
• Para Redes On-Line Dedicadas
• Fitas magnéticas ou CD-ROMs
• Em Redes Públicas (Internet e outras)
• Acesso gratuito
• Acesso pago

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Alguns Endereços na Internet

• MEDLINE PubMedhttp//www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed
• BioMedNethttp//www.biomednet.com
• BIREMEhttp//www.bireme.br

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Estratégias de Pesquisa

• Usando palavras livres do texto do autor
• Vantagens facilidade e rapidez de uso
• Desvantagens perda de trabalhos devido à
  sinonímia, etc.
• Usando palavras de vocabulário padronizado
  (tesauro) MeSH
• Vantagens evita sinonímia, conceitos
  hierarquizados
• Desvantagens mais trabalhoso e demorado,
  problemas com vocábulos ainda não padronizados

46
Estratégias de Pesquisa

• Uso de palavras-chave (descritores)
• Uso de modificadores (categorias, como
  diagnóstico, terapia, prognóstico, complicações,
  etc.)
• Uso de limitadores (data e tipo de publicação,
  idioma, tipo de trabalho, etc.)
• Busca por autores, instituições e geografia
• Busca por título de revista
• Buscas avançadas (por campo, combinações
  variadas, etc.)

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Funções do Site de Pesquisa

• Como selecionar e visualizar referências
• Como armazenar temporariamente referências
  achadas
• Como lembrar pesquisas já feitas
• Como fazer e refinar uma pesquisa interativa
• Como gravar e imprimir
• Como exportar as referências para um software de
  fichamento
• Como acessar versões on-line do texto completo
• Como solicitar cópias pela Internet

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Etapas de uma Pesquisa Bibliográfica

• Determinação de um ponto de partida
• Levantamento e fichamento das citações relevantes
• Aprofundamento e expansão da busca. Uso de
  publicações terciárias
• Seleção das fontes a serem obtidas
• Localização das fontes e obtenção
• Leitura, sumarização e redação

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Ficha Bibliográfica

• Autores
• Título
• Fonte (revista, livro, anais, etc.), com dados
  completos de referência (volume, ano, páginas,
  etc.)
• Palavras-chave
• Outros dados tipo de publicação, idioma, autoria
  do resumo, UID (número de identificação na base
  de dados), etc.
• Resumo e comentários
• Identificação de localização do original
  (separata, biblioteca, estante, URL, etc.)

50
Formato de um RegistroMEDLINE

• UI - 98107969
• AU - Banks WA
• AU - Akerstrom V
• AU - Kastin AJ
• TI - Adsorptive endocytosis mediates the passage
  of HIV-1 across the blood- brain barrier
  evidence for a post-internalization coreceptor.
• LA - Eng
• MH - Cytoskeleton/metabolism
• MH - Endocytosis/physiology
• MH - HIV Envelope Protein gp120/metabolism
• MH - HIV-1/metabolism
• PT - JOURNAL ARTICLE
• CY - ENGLAND
• AB - HIV-1 induces the AIDS dementia complex and
  infects brain endothelial
• and glial cells. Because the endothelial
  cells comprising the blood-
• brain barrier (BBB) do not possess CD4
  receptors or galactosylceramide
• binding sites, it is unclear how HIV-1
  negotiates the BBB.
• AD - Veterans Affairs Medical Center and Tulane
  University School of Medicine, New Orleans, LA
  70146, USA. bbbpts_at_mailhost.tcs.tulane.edu
• SO - J Cell Sci 1998 Feb111 ( Pt 4)533-40

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Softwares de Fichamento Softwares de
gerenciamento bibliográfico

• Específicos para a tarefa
• Disponíveis como shareware e software comercial
• Formato fixo, campos controlados
• Fácil digitação, mas tem que aprender a utilizar
• Importa automaticamente bancos bibliográficos
• Sofisticadas funções de classificação e pesquisa,
  obtenção de relatórios e listas de citações
• Realiza pesquisas lógicas
• Alguns softwares não permitem anotações
• Conclusão melhor solução possível

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Etapas da Pesquisa BibliográficaAprofundamento e
Refinamento

• Determinar as palavras-chave, autores e
  instituições mais relevantes
• Montar estratégia bem-pensada de busca
• Utilização de bases de dados bibliográficos
• Utilizar função See Related
• Começar do mais geral e ir ao particular
• Começar do ano mais recente e retroceder
• Examinar listas de citações

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Etapas da Pesquisa BibliográficaLocalização e
Obtenção

• Formas de obtenção
• Artigo em texto completo on-line
• Revista/livro disponível em biblioteca
• Empréstimo inter-bibliotecas
• Separata com colega ou orientador
• Solicitar separata ao autor
• Pedido on-line
• Analisar tempo vs. custo
• Leitura do resumo vs. texto original

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Endereços de Projetos de Publicação On-Line

• Highwire Press http//highwire.stanford.edu
• Bioline http//www.bdt.org.br/bioline
• Epub http//www.epub.org.br
• SciELO http//www.scielo.br
• PLOS http//www.plos.org
• PubMedCentral http//pubmedcentral.org