GCDkit -

1
Menu Plot
2
Plots

• Uživatelem definované grafické výstupy
• Všem grafum je predrazena spolecná sada
  dialogových oken pro výber vzorku
• Vykreslí se projekce tech vzorku, pro které jsou
  k disposici príslušná data (odfiltrují se analýzy
  s chybejícími daty)
• Vetšinu grafu lze dále editovat pomocí menu Plot
  editing
• Grafy se otevírají v samostatných oknech, která
  lze uložit v podobe souboru

3
Plots
4
Plots
(Calculations CIPW ? Calculations Append
results to data ? Plots Ternary)
5
Plots 3D plot

• Grafem lze rotovat zadáním úhlu otocení kolem
  jednotlivých os

6
Plots xyz plot with circles

• V binárním grafu je tretí promenná vyjádrená
  velikostí/barvou bodu

7
Plots

• Sada grafu závislosti jedné promenné na dalších
  (obojí lze definovat libovolne z dostupných dat)
  (Harkerovy diagramy ap.)

8
Plots
Vykreslí sérii binárních diagramu v závislosti na

• hodnote tretí promenné rozclenené do intervalu
  (Coplot) nebo podle skupin (Coplot by group)

9
Plots

• Spidergramy podle poradí a normalizacních hodnot
  ruzných autoru
• Vlastní sestavu prvku lze definovat v souboru
  GCDkit\spider.data
• Citace preddefinovaných hodnot - viz nápoveda k
  funkci select.norm

Normalizovat lze i vybraným vzorkem (SAMPLE) nebo
prumerem (MEAN OF (SPECIFIED) SAMPLES)
10
Plots

• MORB (Pearce 1983)
• Sr, K, Rb, Ba, Th, Ta, Nb, Ce, P, Zr, Hf, Sm, Ti,
  Y, Yb
• NMORB (Sun McDonough 1989)
• Cs, Rb, Ba, Th, U, Nb, K, La, Ce, Pb, Pr, Sr, P,
  Nd, Zr, Sm, Eu, Ti, Dy, Y, Yb, Lu
• EMORB (Sun McDonough 1989)
• Cs, Rb, Ba, Th, U, Nb, K, La, Ce, Pb, Pr, Sr, P,
  Nd, Zr, Sm, Eu, Ti, Dy, Y, Yb, Lu
• PrimitiveMantle (Sun McDonough 1989)
• Cs, Rb, Ba, Th, U, Nb, K, La, Ce, Pb, Pr, Sr, P,
  Nd, Zr, Sm, Eu, Ti, Dy, Y, Yb, Lu
• OIB(Sun McDonough 1989)
• Cs, Rb, Ba, Th, U, Nb, K, La, Ce, Pb, Pr, Sr, P,
  Nd, Zr, Sm, Eu, Ti, Dy, Y, Yb, Lu
• REE chondrite (Boynton 1984)
• La, Ce, Pr, Nd, Pm, Sm, Eu, Gd, Tb, Dy, Ho, Er,
  Tm, Yb, Lu
• ORG (Pearce et al.1984)
• K2O, Rb, Ba, Th, Ta, Nb, Ce, Hf, Zr, Sm, Y, Yb
• Chondrite (Thompson 1982)
• Ba, Rb, Th, K, Nb, Ta, La, Ce, Sr, Nd, P, Sm, Zr,
  Hf, Ti, Tb, Y, Tm, Yb
• Upper crust (Taylor McLennan 1985)
• Rb, Ba, Th, U, K, Nb, Ta, La, Ce, Sr, Nd, P, Hf,
  Zr, Sm, Ti, Tb, Y, Tm, Yb
• Lower crust (Weaver Tarney 1984)

REE LILE HFSE
11
Plots
12
Plots

• Uloží parametry binárního nebo ternárního grafu
  pro opakované použití do souboru
• Vyvolání pomocí menu
• File Source R code

13
Plots

• Blabla2

14
Plots - peterplot

• Ano ? priradí symboly pro použití v dalších graf.
  výstupech

15
INTERMEZZO - ukládání

• Teoreticky
• rastrový (bitmapový) formát (.bmp, .png, .jpg)
• minimální možnost dalších úprav
• jednoduché vkládání do textu (Word)
• vektorový formát (.ps, .wmf)
• nárocnejší na pocítacovou gramotnost uživatele
• bohaté možnosti editace ve vektorovém editoru
  (CorelDraw)
• doporucená metoda
• formát .pdf - bez software Adobe nezpracovatelný
• kopírování pres schránku - obe první možnosti

16
INTERMEZZO - ukládání

• Prakticky
• v menu GCDkit Save all graphics ...
• V menu File (okno s grafem musí být aktivní)
• Pres kontextové menu (pravé tlacítko myši)

17
MenuClassification
18
Classification

• Projekce do nejpoužívanejších klasifikacních
  diagramu
• detailní popis diagramu - viz nápoveda
• fungování
• standardní sada dialog. Oken
• ...

19
Classification

• vykreslení grafu
• nabídka klasifikace jednotlivých vzorku
• možnost pripojit výsledky k promenné labels pro
  pozdejší použití
• souhrnné výsledky - R-console
• detailní v promenné results

20
Classification

• Irvine T N Baragar W R A (1971) A guide to the
  chemical classification of the common volcanic
  rocks. Can J Earth Sci 8 523-548

21
Classification

• Peccerillo R Taylor S R (1976) Geochemistry of
  Eocene calc-alkaline volcanic rocks from the
  Kastamonu area, Northern Turkey. Contrib Mineral
  Petrol 58 63-81

22
Classification

• Shand (1943) Eruptive Rocks. John Wiley Sons

23
Classification
TAS digram nabízí i kompletní klasifikaci dle
IUGS (clenení trachytických hornin, hi-Mg hornin
a test na obsah CO2 a H2O)

• Le Bas M J, Le Maitre R W, Streckeisen A
  Zanettin B (1986) A chemical classification of
  volcanic rocks based on the total alkali-silica
  diagram. J Petrology 27 745-750

24
Classification

• Cox K G, Bell J D Pankhurst R J (1979) The
  Interpretation of Igneous Rocks. George Allen
  Unwin, p. 1-450 (see help for details)

25
Classification

• Jensen L S (1976) A new cation plot for
  classifying subalkalic volcanic rocks. Ont Div
  Mines, Misc Pap 66, 1-21 (see help for details)

26
Classification

• De La Roche H, Leterrier J, Grandclaude P
  Marchal M (1980) A classification of volcanic and
  plutonic rocks using R1 - R2 diagram and major
  element analyses - its relationships with current
  nomenclature. Chem Geol 29 183-210

27
Classification

• Winchester J A Floyd P A (1977) Geochemical
  discrimination of different magma series and
  their differentiation products using immobile
  elements. Chem Geol 20 325-343

28
Classification

• Winchester J A Floyd P A (1977) Geochemical
  discrimination of different magma series and
  their differentiation products using immobile
  elements. Chem Geol 20 325-343

29
Classification

• Debon F Le Fort P (1983) A chemical-mineralogica
  l classification of common plutonic rocks and
  associations. Trans Roy Soc Edinb Earth Sci 73
  135-149

30
Classification

• Debon F Le Fort P (1983) A chemical-mineralogica
  l classification of common plutonic rocks and
  associations. Trans Roy Soc Edinb Earth Sci 73
  135-149

31
Classification

• Debon F Le Fort P (1983) A chemical-mineralogica
  l classification of common plutonic rocks and
  associations. Trans Roy Soc Edinb Earth Sci 73
  135-149

32
MenuGeotectonic
33
Geotectonic

• Mantle Fractionates Pre-plate Collision
• Post-collision Uplift Late-orogenic
• Anorogenic Syn-collision
• Post-orogenic

Batchelor R A Bowden P (1985) Petrogenetic
interpretation of granitoid rock series using
multicationic parameters. Chem Geol 48 43-55
34
Geotectonic
Maniar P D Piccoli P M (1989) Tectonic
discrimina- tions of granitoids. Geol Soc Amer
Bull 101 635-643

• IAG Island Arc Granitoids CAG
  Continental Arc Granitoids
• CCG Continental Collision Granitoids POG
  Post-orogenic Granitoids
• RRG Rift-related Granitoids OP
  Oceanic Plagiogranites
• CEUG Continental Epeirogenic Uplift Granitoids

35
Geotectonic

• ORG Ocean Ridge Granites
• VAG Volcanic Arc Granites
• WPG Within Plate Granites
• COLG Collision Granites

Pearce J A, Harris N W Tindle A G (1984) Trace
element discrimination diagrams for the tectonic
interpretation of granitic rocks. J Petrology 25
956-983
36
Geotectonic
37
Geotectonic

• AI-AII Within-Plate Alkaline Basalts
• AII-C Within-Plate Tholeiites
• B P-type Mid-Ocean Ridge Basalts
• D N-type Mid-Ocean Ridge Basalts
• C-D Volcanic Arc Basalts

Meschede M (1986) A method of discriminating
between different types of mid-ocean ridge
basalts ... Chem Geol 56 207-218
38
Geotectonic

• CAB Calc-Alkaline Basalts
• IAT Island Arc Tholeiites
• MORB Mid-Ocean Ridge Basalts
• OIA Ocean Island Andesites
• OIT Ocean Island Tholeiites

Mullen E D (1983) MnO/TiO2/P2O5 a minor element
discriminant for basaltic rocks of oceanic
environments ... . Earth Planet Sci Lett 62 53-62
39
Geotectonic

• IAT Low-K Tholeiites
• MORB Ocean Floor Basalts
• CAB Island Arc Basalts
• WPB Within Plate Basalts

Pearce J A Cann J R (1973) Tectonic setting of
basic volcanic rocks determined using trace
element analyses. Earth Planet Sci Lett 19
290-300
40
Geotectonic

• Within-plate Basalts
• Island-arc basalts
• Mid-ocean Ridge Basalts

Pearce J A Norry M J (1979) Petrogenetic
implications of Ti, Zr, Y, and Nb variations in
volcanic rocks. Contrib Mineral Petrol 69 33-47
41
Geotectonic

• Spreading Center
• Orogenic
• Ocean Ridge
• Ocean Island
• Continental

Pearce T H, Gorman B E Birkett T C (1977) The
relationship between major element geochemistry
... . Earth Planet Sci Lett 36 121-132
42
Geotectonic

• IAT Island-arc Tholeiites
• CAB Calc-alkaline Basalts
• N-MORB N-type Mid-ocean Ridge Basalts
• E-MORB E-type Mid-ocean Ridge Basalts
• WPT Within-plate Tholeiites
• WPA Alkaline Within-plate Basalts

43
Menu Plot editing
44
Plot editing

• Implemenatace systému FIGARO pro vynášení a
  úpravy grafu v R
• (autor C.M. Farrow)
• Všechny úpravy se týkají naposledy použitého
  grafu !

45
Plot editing
46
Plot editing
47
Plot editing
48
Plot editing
Další použitelné parametry - viz nápoveda
49
Plot editing

• Graf definovaný pomocí systému FIGARO lze
• Uložit do souboru vcetne dat (Save a graph)
• Nacíst ze souboru (Load a graph)
• Prekreslit (Redraw)

50
Plot editing

• Vložení
• legendy
• libovolného textu (vcetne stylu, barvy a
  velikosti)
• šipky (vcetne barvy a stylu)
• obdélníku (vcetne barvy)

51
Plot editing
Linear fit Proložení dat regresní prímkou
(metoda nejmenších ctvercu)
Proložit lze i podle jednotlivých skupin Curve
vložení uživatelem definované krivky
52
Plot editing
Zoom - zvetší oblast oznacenou myší, kterou
zároven vyšrafuje v puvodním grafu Myší je treba
klikat v poradí levý dolní roh, pravý horní roh
zoomované oblasti Menit lze i rozsah
jednotlivých os
53
Plot editing
Identifikace bodu - interaktivne
(popisky) Zvýraznení bodu - podle zadané podmínky
(cervené kroužky)
54
Plot editing
Vykreslí grafy pro jednotlivé skupiny
(groups) Pro prehlednost je namíste vypnout
zobrazování textu v menu GCDkit plot
annotations on plots?
55
Plot editing
Definice skupin na základe polí oznacených pomocí
myši v diagramu (barvy byly novým skupinám
prirazeny v menu Data handling)
56
Plot editing
Vloží izolinie kernelové hustoty bodu jako
parametr lze zadat šírku pásma (bandwidth)
57
Plot editing
Vykreslí izolinie podle hustoty bodu v polích
pravidelné síte Vhodné pro velmi rozsáhlé datové
soubory ( gt 1000 bodu)
58
Thats all, folks!
59
Hah, hah, hah ...