DNS szekvencia anal

1
DNS szekvencia analízis, internetes adatbázisok a
genetika szolgálatában

• Kósa János
• Semmelweis Egyetem ÁOK I.sz Belgyógyászati Klinika

2
Nukleinsav adatbázisok

• Nucleotide Sequence Databases
• RNA sequence databases
• Protein sequence databases
• Structure Databases
• Genomics Databases (non-vertebrate)
• Metabolic and Signaling Pathways
• Human and other Vertebrate Genomes
• Human Genes and Diseases
• Microarray Data and other Gene Expression
  Databases
• Proteomics Resources
• Other Molecular Biology Databases
• Organelle databases
• Plant databases
• Immunological databases

3
Néhány ismertebb genom adatbázis

• NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov
• EBI www.ebi.ac.uk
• DDBJ www.ddbj.nig.ac.jp
• Ensembl www.ensembl.org
• GeneCards www.genecards.org
• KEGG http//www.genome.jp/kegg/
• HPRD http//www.hprd.org/
• TESS http//www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
  Transcription Element Search System

4
Példa I Adott gén szekvenciájának letöltése,
értelmezése

• Feladat a humán Bmp8a gén megtalálása,
  letöltése, e/i határok, leolvasási keret, fehérje
  szekvencia azonosítása, mRNS letoltese
• GenBank http//www.ncbi.nih.gov/Genbank/
• Search Gene/Bmp8a, gt human
• NCBI ref seq NM_181809 (mRNA)
• Elmentjük a kódoló részt, PCR primer tervezéshez

5
(No Transcript)
6
(No Transcript)
7
(No Transcript)
8
Példa II PCR primer tervezés

• Feladat a humán Bmp8a gén konvencionális PCR-ben
  való monitorozásához PCR primereket terveznénk
• Primer3
• http//frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3.cg
  i

9
(No Transcript)
10
(No Transcript)
11
Példa III Ismeretlen szekvencia azonosítása

• Feladat egy beteg kutya lépébol univerzális 18S
  riboszómális RNS primereket használva egy
  ismeretlen kórokozó DNS szekvenciáját
  azonosítottuk (szekvenátorral) a kérdés az, hogy
  melyik fajról (fajokról) van szó
• http//www.ncbi.nih.gov/BLAST/
• Basic Local Alignment Search Tool
• SzekvenciaAGACCAGACCAAATGGTCAAACCGCTAACGCAAAAATAC
  AACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAAGTTTAATATACGCTATTGGAGCTG
  GAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATTGCTACTCTGG
  TGAGGGT

12
(No Transcript)
13
(No Transcript)
14
(No Transcript)
15
(No Transcript)
16
(No Transcript)
17
(No Transcript)
18
(No Transcript)
19
(No Transcript)