Diapositive 1

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Réseaux géniques et métaboliques vers des
modèles intégrés
La chaîne de biosynthèse de la thréonine et sa
régulation chez Escherichia coli
Réunion du groupe de travail Analyse dynamique
de réseaux de régulation biologiques
Grenoble, 6-7 mai 2004
2
Les acides aminés des briques de base pour la
synthèse des protéines

• Les protéines sont des chaînes dacides aminés
• Tous les organismes vivants utilisent le même
  jeu de 20 acides aminés pour synthétiser leurs
  protéines
• Les protéines diffèrent par le nombre dacides
  aminés quelles renferment et lordre dans lequel
  ceux-ci sont assemblés

• Pour lhomme, cest un acide aminé essentiel
  (nous ne sommes pas capables de le synthétiser,
  nous le puisons dans notre alimentation)
• Les bactéries sont capables de synthétiser cet
  acide aminé

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La biosynthèse de la thréonine et sa
régulation(principaux éléments)
asp
ATP
ADP
asp-P
NADPH
NADP P
asa
NADPH
NADP
hs
ATP
ADP
hs-P
H2O
P
thr
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La biosynthèse de la thréonine et sa
régulation(principaux éléments)
asp
ATP
ADP
asp-P
NADPH
NADP P
asa
NADPH
NADP
hs
ATP
P
ADP
hs-P
H2O
P
thr
5
La biosynthèse de la thréonine et sa
régulation(principaux éléments)
Atténuation de la transcription
ARNtThr
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Objectifs
Le but nest pas de parvenir à un résultat, mais
de mener une réflexion

1. Comment représenter la régulation de la
   biosynthèse de la thréonine dans un formalisme
   donné, en tenant compte des régulations
   métaboliques et génétiques ?

1. Quels sont les problèmes rencontrés suivant les
   formalismes? Leurs solutions ?

1. Quels types de prédictions peut-on faire ?

1. Comment combiner plusieurs formalismes ?

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Sous-groupes

• Modèles logiques et réseaux de Pétri
• (salle D207)

• Equa difs non linéaires
• (salle D210)

Denis Thieffry (modérateur) Claudine
Chaouiya Michel Leborgne Ovidiu Radulescu Eva
Laget
Jean-Pierre Mazat (modérateur) Ricardo Lima Aïtor
González Elizabeth Pécou Tewfik Sari

1. Equa difs linéaires par morceaux (salle D216)

• Contrôle métabolique
• (salle C207)

Grégory Batt (modérateur) Sabine
Pérès Jacques-Alexandre Sépulchre Bastien Fernadez
Christine Reder (modérateur) Antony Le
Béchec Anne Siegel Arnaud Meyronenc

• Flux balance analysis
• (salle C208)

• Reconstruction de voies métaboliques
• (amphi F107)

Julien Gagneur (modérateur) Eric Fanchon Gilles
Curien Vincent Schächter Jean-Luc Gouzé
Jean-Philippe Vert (modérateur) Nicolas
Turenne Athel Cornish-Bowden Maria Luz Cardenas