PubMed

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PubMed

• Michel Courcelles, M.L.I.S.
• Bibliothèque INRS Armand-Frappier
• Courriel michel.courcelles_at_iaf.inrs.ca
• Juillet 2006

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Quest-ce que PubMed ?

• Version de la base de données MEDLINE offerte
  gratuitement sur Internet par le NCBI (National
  Center for Biotechnology Information)
• La base de données bibliographiques PubMed
  contient plus de 16 millions de références
• Couverture qui débute en 1950
• La mise à jour de la base de données est
  quotidienne
• Les références sont indexées avec des MeSH
  (Medical Subject Headings mots clés en
  vocabulaire contrôlé thésaurus de la National
  Library of Medicine)
• Les nouvelles références qui n'ont pas encore été
  indexées avec des MeSH sont ajoutées tous les
  jours dans la base. Elles sont accompagnées des
  mentions PubMed - in process ou PubMed - as
  supplied by publisher.

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Les types de recherche

• La recherche simple
• Insertion des mots recherchés dans la boîte de
  requête
• La recherche élaborée
• Utilisation des parenthèses, de la troncature et
  des opérateurs booléens (plan de concept)

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La recherche simple (1/12)
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La recherche simple (2/12)

• Est-ce le terme de recherche le plus précis?
• Devons-nous utiliser le terme du composé
  chimique?
• Utilisation de la base des MeSH

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La recherche simple (3/12)
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La recherche simple (4/12)

• Le terme Methamphetamine est le termereconnu et
  indexé . Le terme Crystal meth est plutôt dusage
  commun

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La recherche simple (5/12)

• Si nous continuons le défilement vers le bas de
  la page précédente, nous remarquons différents
  sous-champs (pour une recherche plus spécifique
  dont nous verrons un exemple dutilisation plus
  loin) et les synonymes (Entry terms)

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La recherche simple (6/12)
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La recherche simple (7/12)

• Et plus loin encore, nous pouvons observer
  lemplacement du terme de recherche dans le
  thésaurus et également dans le cas des substances
  chimiques de leur action.

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La recherche simple (8/12)
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La recherche simple (9/12)
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La recherche simple (10/12)

• Comparaison entre les deux stratégies de
  recherche
• Avec le terme Crystal meth
• 23 articles en tout dont 3 revues de la
  littérature
• Avec le terme Methamphetamine
• 5291 articles en tout dont 305 revues de la
  littérature

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La recherche simple (11/12)

• En sélectionnant Details, nous pouvons vérifier
  comment la recherche a été effectuée (sous la
  boîte de requête). Si le système affiche la
  mention MeSH Terms dans la fenêtre Details, la
  correspondance avec les termes de recherche a été
  bien trouvée. Dans ce cas, PubMed inclut
  automatiquement les termes spécifiques liés au
  terme MeSH générique.

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La recherche simple (12/12)
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Recherche élaborée (1/9)

• Plusieurs termes de recherche à chercher
• Utilisation des parenthèses et des opérateurs
  booléens
• Utilisation, au besoin, des sous sujets (Sub
  headings). Allège considérablement le nombre de
  termes à écrire dans la fenêtre de recherche.

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Recherche élaborée (2/9)

• Exemple limmunité des infections à laide des
  chaperons

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Recherche élaborée (3/9)

• Si nous regardons loption Details, nous
  remarquons
• (chaperoneAll Fields OR chaperone/antigenAll
  Fields OR chaperone/caf1aAll Fields OR
  chaperone/cochaperoneAll Fields OR
  chaperone/degradationAll Fields OR
  chaperone/drugAll Fields OR chaperone/foldaseAl
  l Fields OR chaperone/foldingAll Fields OR
  chaperone/heatAll Fields OR chaperone/hspAll
  Fields OR chaperone/inhibitorAll Fields OR
  chaperone/insertaseAll Fields OR
  chaperone/peptideAll Fields OR
  chaperone/procollagenaseAll Fields OR
  chaperone/proteaseAll Fields OR
  chaperone'All Fields OR chaperone'sAll Fields
  OR chaperone10All Fields OR chaperonedAll
  Fields OR chaperonelikeAll Fields OR
  chaperonepathiesAll Fields OR chaperonerichAll
  Fields OR chaperonesAll Fields OR
  chaperones/chaperoninsAll Fields OR
  chaperones/heatAll Fields OR chaperones/hspsAll
  Fields OR chaperones/lectinsAll Fields OR
  chaperones/matchAll Fields OR
  chaperones/proteasesAll Fields OR
  chaperones/receptorsAll Fields OR
  chaperones/stressAll Fields OR chaperones'All
  Fields OR chaperones70All Fields OR
  chaperonesareAll Fields) AND ((infectiousAll
  Fields OR (("infection"TIAB NOT MedlineSB)
  OR "infection"MeSH Terms OR infectionsText
  Word)) AND ("immunity"MeSH Terms OR
  immunityText Word))

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Recherche élaborée (4/9)

• En utilisant la base de données des MeSH
• Sélectionner la base de données MeSH dans le menu
  déroulant de gauche
• Inscrire dans le fenêtre de recherche le terme
  désiré (dans lexemple précédent, il sagi du
  terme chaperones)

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Recherche élaborée (5/9)
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Recherche élaborée (6/9)

• Sélectionner le MeSH le plus pertinent. Dans
  lexemple, il sagit de Molecular Chaperones .
  Laffichage montre une définition, l'arborescence
  pour ce MeSH (termes génériques et termes
  spécifiques) et toutes les options disponibles.
• Restrict Search to Major Topic headings only
  MAJR permet de limiter les résultats aux
  articles qui traitent principalement du sujet.
• On peut limiter la recherche à certains aspects
  du sujet en sélectionnant un ou plusieurs
  qualificatifs (subheadings).
• Tous les termes spécifiques qui sont associés au
  MeSH cherché sont automatiquement inclus dans la
  recherche. On peut cocher l'option Do Not Explode
  this term si on veut exclure de la recherche des
  termes spécifiques.

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Recherche élaborée (7/9)
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Recherche élaborée (8/9)

• Choisir les options désirées et cliquer sur le
  bouton Send To après avoir sélectionné Search Box
  with (and, or ou not).
• Inscrire le deuxième sujet infections. Ce terme
  est un MeSH. Cliquer sur le MeSH pour obtenir
  l'affichage détaillé et sélectionner les options
  appropriées. Sélectionner Search Box with AND
  pour combiner avec le premier sujet. Cliquer
  ensuite sur Search PubMed pour lancer la
  recherche.

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La recherche élaborée (9/9)
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Règles de recherche (1/2)

• Utiliser les guillemets pour chercher une
  expression exacte
• Exemple Gram positive
• Utiliser des parenthèses pour gérer lordre de
  préséance des opérateurs
• Exemple (Tabasco or Capsaicin) and
  (antibacterial or antimicrobial)
• La préséance par défaut des opérateurs est AND,
  OR, NOT

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Règles de la recherche (2/2)

• Symbole de troncature
• Exemple microb (microbe, microbes,
  microbiology, etc.)
• Attention
• si la troncature inclut plus de 600 termes,
  PubMed affiche un message d'erreur. De plus,
  l'utilisation de la troncature ne permet pas
  l'inclusion des termes spécifiques liés à un
  terme MeSH générique et elle empêche PubMed de
  trouver les MeSH correspondants lorsquils
  nincluent pas le terme cherché
• Opérateurs qui permettent une recherche plus
  précise
• MeSH recherche du terme dans le thésaurus de
  vocabulaire contrôlé
• Majr recherche du terme dont les indexeurs ont
  indiqué que larticle traitait spécifiquement (ou
  en grande partie) de ce terme.

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Limiter la recherche (1/4)

• La recherche peut être raffinée en utilisant les
  limites. Longlet des limites est sous la fenêtre
  de recherche

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Limiter la recherche (2/4)

• Nous pouvons sélectionner plus d'une limite à
  l'intérieur de chaque catégorie (champs
  d'indexation, types de publication, âges,
  langues, etc), car la plupart des limites sont
  présentées dans un menu déroulant. Par exemple,
  pour limiter la recherche aux articles publiés
  ces 2 dernières années, cliquer sur Limits, puis
  Entrez Date, 2 years et GO.)
• Attention
• Les limites s'appliqueront pour les recherches
  ultérieures. Il faut sélectionner l'option Limits
  pour les désactiver
• Les limites (sauf la limite par date) enlèvent
  tous les articles qui ne sont pas encore indexés
  (in process)

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Limiter la recherche (3/4)

• La recherche peut être limitée pour les articles
  en plein texte, en plein texte gratuit, par le
  groupe dâge, pour les études sur les humains ou
  les animaux, la langue de rédaction, le type de
  publication, par dates et par dautres
  paramètres.
• Par exemple, la limite de dates

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Limiter la recherche (4/4)

• Pour une recherche darticles compris entre 2000
  et 2005, section Dates et cliquez sur le menu
  déroulant associé à l'item Published in the Last.
  A la toute fin du menu déroulant, choisissez
  "Specifiy date range", puis entrez vos dates.

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Utilisation de Preview/Index (1/6)

• La fonction Preview/Index permet d'effectuer une
  recherche plus élaborée, en spécifiant des champs
  de recherche (choisir le champ désiré dans la
  fenêtre All fields au bas de l'écran).
• Preview permet dobtenir le nombre de références
  obtenues avant de les visualiser (les résultats
  des deux dernières recherches sont également
  accessibles).
• Index permet de visualiser une liste alphabétique
  des termes disponibles dans ce champ.
  Sélectionner un ou plusieurs termes de cette
  liste (appuyer sur la touche Ctrl pour
  sélectionner plus d'un terme) .
• Choisir un ou plusieurs opérateurs booléens (AND,
  OR, NOT).

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Utilisation de Preview/Index (2/6)

• Par exemple une recherche sur leffet
  antibactérien des huiles essentielles sur E.
  Coli.
• Sélectionner Preview/Index et choisir le champs
  MeSH Terms. Inscriver essential oils et
  sélectionner longlet Index pour choisir le ou
  les MeSH pertinents (oils, volatil), puis cliquer
  sur AND.
• Chercher également E. Coli et antibacterial dans
  les MeSH, de la même façon.
• La stratégie de recherche qui s'affiche dans la
  boîte de requête est la suivante
  "Anti-Bacterial Agents"MeSH AND "Escherichia
  coli"MeSH AND "Oils, Volatile"MeSH.
• Go pour obtenir les résultats

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Utilisation de Preview/Index (3/6)
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Utilisation de Preview/Index (4/6)

• Attention
• La recherche de MeSH à lintérieur de lindex
  nest pas évidente
• Exemple
• Essential oils dont le MeSH est Oils, volatil
• Antibacterial quil faut écrire anti bacterial
• E. Coli quil faut chercher à Escherichia

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Utilisation de Preview/Index (5/6)

• Exemple
• Des articles dans Nature concernant le vaccin de
  la grippe aviaire
• Procédure de recherche telle que vue précédemment
  avec comme termes de recherche avian flu et
  vaccines.
• Dans le champ Add Term(s) to Query or View Index
  , sélectionner Journal dans le menu déroulant et
  Nature dans la fenêtre de recherche.
• Cliquer ensuite sur AND
• Go pour lancer la recherche

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Utilisation de Preview/Index (6/6)
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Service dalerte (1/6)

• L'exécution automatique d'une stratégie de
  recherche sur Pubmed selon une fréquence donnée,
  avec envoi par courrier électronique des
  résultats
• Les service dalerte est disponible par loption
  My NCBI.
• Lors dune recherche, il suffit de sauvegarder
  cette recherche à sélectionnant Save Search à la
  droite de la fenêtre de recherche

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Service dalerte (2/6)

• La fenêtre My NCBI s'ouvre. S'inscrire en
  remplissant le formulaire
• Donner un nom à la stratégie de recherche et
  cliquer sur OK
• Pour recevoir ponctuellement de nouvelles
  références par courriel à laide de la stratégie
  de recherche, choisir Yes à la question Would you
  like to receive e-mail updates of new search
  results? Déterminez la fréquence d'envoi à
  laquelle vous désirez recevoir les résultats.
• Pour accéder aux recherches sauvegardées, cliquer
  sur My NCBI à gauche de l'écran ou sur l'icône en
  haut à droite

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Service dalerte (3/6)
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Service dalerte (4/6)

• Configuration de My NCBI
• Filtres (filters) jusquà 5 onglets filtres
  par langue, types de publication, etc.
• Préférences choisir de surligner les termes de
  recherche dans le texte

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Service dalerte (5/6)

• Dautres sites (académiques et personnels)
  permettent également de construire des alertes
  pour des recherches dans PubMed.
• Le choix de lun ou lautre de ces sites est lié
  au niveau de confort face à linterface de
  recherche.
• A titre dexemple, le site PubCrawler dont
  linscription est gratuite
• PubCrawler (http//www.pubcrawler.ie/)

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Service dalerte (6/6)
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Combinaison des résultats avec la fonction
History (1/2)

• Faire afficher tous les énoncés de recherche en
  sélectionnant longlet History.
• Exécuter de nouveau la recherche en cliquant sur
  le nombre de "Results" (à droite)
• Ou combiner les résultats en cliquant sur le
  numéro désiré (ex. 76). Une sélection
  d'opérateurs booléens s'affiche AND, OR, NOT,
  etc.
• La fonction History est automatiquement perdue au
  bout de 8 heures d'inactivité

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Combinaison des résultats avec la fonction
History (2/2)
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Dautres fonctions intéressantes de PubMed (1/6)

• Related Articles
• Permet dobtenir des références d'article dont le
  sujet est similaire à l'article sélectionné. Les
  références sont présentées par ordre de
  pertinence. Lien visible à partir de tous les
  formats d'affichage.
• Attention
• Les filtres et les limites ne sont pas
  appliqués sur les références ainsi repérées.
• Links Permet dobtenir diverses ressources en
  ligne (Link Out) ou les sujets traités dans la
  collection de livres électroniques (Books) du
  NCBI, en relation avec la notice.
• Journals Database
• Pour connaître le nom complet d'un périodique à
  partir de son abréviation.
• Single Citation Matcher
• Permet de rechercher la référence
  bibliographique d'un article bien précis ou de la
  table des matières d'un numéro particulier d'un
  périodique.

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Dautres fonctions intéressantes de PubMed (2/6)
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Dautres fonctions intéressantes de PubMed (3/6)
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Dautres fonctions intéressantes de PubMed (4/6)

• Recherche de références bibliographiques à
  lintérieur dune base spécifique (PubMed,
  Genome, Structure, PubChem, Taxonomy) ou dans
  lensemble des bases de données (All databases).
• Sélectionner la base désirée dans le menu
  déroulant à gauche Search ou dans la barre de
  choix au-dessus de la fenêtre de recherche.
• Pour les autres bases de données, la recherche
  seffectue en entrant les mots clés dans la
  fenêtre de recherche. La sélection de limites et
  les options Preview/Index, de History, du
  Clipboard et de Details sont disponibles

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Dautres fonctions intéressantes de PubMed (5/6)
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Dautres fonctions intéressantes de PubMed (6/6)

• My NCBI
• Pour avoir accès à cette fonction de PubMed, il
  faut sinscrire (gratuitement)
• La configuration de cette option permet de
  personnaliser
• linterface des résultats par langue, types de
  publication, etc. (5 paramètres au maximum)
• La surbrillance des termes de recherche dans le
  texte
• De sauvegarder des stratégies de recherche, des
  recherches et de sinscrire à un service dalerte

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Affichage des résultats (1/2)

• Les résultats s'affichent automatiquement dans le
  format Summary mais d'autres formats sont
  disponibles (Brief, Abstract, Citation, MEDLINE).
  Sélectionner le format désiré par le menu
  déroulant de longlet Display pour voir
  l'ensemble des résultats dans le format choisi ou
  sélectionner d'abord les références que vous
  désirez afficher dans un format choisi en les
  cochant dans la case de gauche.

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Affichage des résultats (2/2)
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Sélection et mise en mémoire de référence (1/2)

• Loption Clipboard permet de mettre en mémoire
  les résultats sélectionnés dans plus d'une
  recherche. Sélectionner les références d'une
  recherche et choisir Clipboard dans le menu
  déroulant de Send to. Pour mettre en mémoire
  toutes les références d'une recherche, effectuer
  la même démarche sans faire de sélection.
  Sélectionner longlet Clipboard sous la boîte de
  requête pour en visualiser le contenu.
• Le contenu du  clipboard  est perdu après 8
  heures d'inactivité et il peut contenir un
  maximum de 500 références.
• Loption My NCBI Collections permet maintenant de
  conserver des ensembles de références.

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Sélection et mise en mémoire de référence (2/2)
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Impression des résultats (1/3)

• Pour imprimer, choisissez d'abord le format
  d'affichage désiré (voir section affichage des
  résultats), puis avec longlet Send to,
  choisissez l'option Printer. Vous pouvez aussi
  choisir l'option Text pour obtenir un texte
  vraiment épuré. Vous utilisez ensuite la commande
  d'impression du navigateur. L'option Show permet
  d'augmenter le nombre de références visualisées
  par page jusqu'à 500.

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Impression des résultats (2/3)
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Impression des résultats (3/3)

• Aperçu lors du choix de loption Text sous
  longlet Send to

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Sauvegarde des résultats (1/4)

• Pour sauvegarder les références dune recherche,
  dune sélection de références, ou du contenu du
  Clipboard, choisir File dans le menu déroulant de
  Send to.
• Le nom par défaut du fichier est
  pubmed-result.txt. Pour importer les références
  dans un logiciel de citations bibliographiques,
  tel que EndNote ou Procite, afficher le format
  MEDLINE et sauvegarder avec l'option Send to...
  File.
• Attention
• Le maximum de références qui peuvent être
  sauvegardées sur un fichier est de 5000.

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Sauvegarde des résultats (2/4)
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Sauvegarde des résultats (3/4)

• Il est possible d'envoyer les résultats d'une
  recherche par courriel en utilisant l'option Sent
  to... E-mail. Sélectionnez les options désirées
  et inscrivez l'adresse électronique. Cliquez sur
  Mail.

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Sauvegarde des résultats (4/4)

• L'option Send to... Order s'adresse aux personnes
  qui veulent commander un article et qui ne sont
  plus rattaché à aucune institution.
• À lINRS, la demande se fait directement aux
  bibliothécaires ou par sdis_at_adm.inrs.ca

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Pour en savoir plus
Laide en ligne de PUBMed
Comte-rendu (Overview) http//www.ncbi.nlm.nih.go
v/entrez/query.fcgi?CMDFileDBpubmed
Aide FAQ (Help FAQ) http//www.ncbi.nlm.nih.gov/e
ntrez/query.fcgi?CMDFileDBpubmed
Didacticiel (Tutorial) http//www.nlm.nih.gov/bsd
/disted/pubmed.html
En français http//urfist.u-strasbg.fr/supports
/bddbi_co/pubmed/ http//www.u-psud.fr/Biblikb.ns
f/formations.htm!OpenPage