Colloque Traitement et Analyse de s

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Colloque Traitement et Analyse de séquences
compte-rendu

• Modèles aléatoires ( stat)
• Statistiques de motifs ( stat)
• Scores ( stat)
• Alignements ( info)
• Gènes/Annotation ( bio)
• Répétitions ( info)
• Protéines ( bio)
• Algorithmes combinatoires ( info)
• Génomes ( bio)

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Modèles aléatoires

• Significativité dun événement (except ou hasard
  ?)gt chaînes de Markov
• Détection de propriétés de structuresgt chaînes
  de Markov cachées (HMM)
• Grammaires formelles pondérées pour générer des
  séquences aléatoires ( info)

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Statistiques de motifs

• Fréquence - hétérogène/homogène,
  complexité/simplicité, codant/non codant
• Longueur - long des mots, répétitions, distance
• Description expressions régulières, PROSITE,etc
• Calcul E et V apparition, nb occurrences, etc-
  math-stat fonctions génératrices- algo de
  mots, autocorrélation (cf M. Régnier)

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Scores

• Nucléotide (ou acide aminé) ltgt score
• séquence ltgt score global somme scores
• séquence ltgt score local max scores des seq
  possibles
• Degré de signification dun score déterminer
  distrib proba du scoregt souvent dur, souvent
  asymptotique

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Alignements

• Degré similarité, homologie, nb opérations
  dédition
• Global / localgt prog dynamique, heuristiques
• Parallélisation de prog dynamique
• alignement arbres / structures secondaires
• indexation de motifs pour alignements (??)
• Recombinaisons graphes/cliques maximales

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Gènes / Annotation

• Où sont les gènes ? Quelles sont leurs fonctions
  ?
• Procaryotes facile, eucaryotes dur
• Gène (ADN)gt messager (ARNm, plusieurs
  alternatives) gt protéine (plusieurs formes)

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• Méthode expérimentale - cloner transcrit
  séquencer comparer avec ADN- fiable mais
  coûteuse et fastidieuse
• Méthodes informatiques - rechercher similarité
  dans BDs- propriétés génériques des gènes (fct
  espèces)
• Validation jeu de données propre !!!

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Répétitions

• Algo recherche motifs à trousbasé sur DAG
• Algo recherche répétitions (pas nb entier)
• Un autre basé sur oracle des facteurs

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Protéines

• Alphabet structural pour décomposer la structure
  3D des protéinesgt chaîne de Markov cachée
• Site NPSA sur protéinessimilarités,
  alignements, prédiction structures secondaires,
• Threading méthode de reconnaissance de
  repliements de protéines

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Algorithmes combinatoires

• MF Sagot cf son habilitation

Génomes

• Définition profil basé sur structure
  secondaire,puis recherche motif dans le génome
• Technique des ondelettes zoom

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• Rôle évolutif des systèmes de restriction et
  modification fréquence de mots, chaîne de
  Markov maximale, palindrome,
• Nature fractale des séquences dADN technique
  des ondelettes
• Dernier ?