Pourquoi squencer annoter, sapproprier, tudier son gnome favori

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Pourquoi séquencer (annoter, sapproprier,
étudier) son génome favori ?

• M. Zagorec
• Unité FLEC
• INRA, Jouy en Josas

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Plan général

• Séquencer, une mode, une nécessité ?
• Projets dans le monde
• Organisations et structures
• Les avancées
• Innovation
• Dun point de vue cognitif
• Conclusions

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Séquencer, un mode, une nécessité ?

• Effort de mémoire
• 1977 premiers séquençages dADN
• 1977 description de Methanococcus jannaschii
• 1996 publication du génome de M. janashii
• Coup daccélération des techniques
• Séquençage dADN
• Approches post-génomiques (DNA-chips,
  protéomique, miniaturisation, augmentation des
  débits sinon nanotechnologies)
• Évolution tout simplement logique
• Devenu une possibilité, une nécessité

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Projets dans le monde

• Quelques adresses
• http//www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/lproks.cgi?vie
  w1
• http//www.genoscope.cns.fr/externe/Francais/Proje
  ts/
• http//www.sanger.ac.uk/Projects/
• http//www.tigr.org/tigr-scripts/CMR2/
• CMRGenomes.spl
• A partir du site NCBI
• 274 projets réalisés
• 578 en cours

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Projets dans le monde
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Projets dans le monde
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Projets dans le monde
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Projets dans le monde
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Organisation et structure

• Des organisations nationales
• US DOE-JGI, TIGR, Universités, J. Craig Venter
  Institute
• UK Welcome trust Sanger Institute
• Allemagne Réseau Göttingen, Max Planck
  Institutes
• Brésil association Universités État de Dao
  Paulo
• France Génoscope, CNRS, INRA, CIRAD, Institut
  Pasteur
• Des efficacités bien différentes
• Hégémonie des États-Unis, réveil de la Chine, de
  lAllemagne ?

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Organisation et structure

• Des stratégies nationales différentes
• Historiquement les bactéries modèles, les
  économiquement importantes
• Les pathogènes humains (industries
  pharmaceutiques, drug discovery)
• Les biotechnologiques (agroalimentaire,
  pathogènes des plantes, de la nourriture, des
  animaux, énergies / enzymes et fonctions
  nouvelles)
• Lien récent vers la métagénomique
• Des buts économiques évidents

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Questions posées Nouvelles évidences

• Attention, notre cerveau nest pas plus grand
• Somme de connaissances qui grandit
• Nécessité de gérer les données, de les
  transformer en information
• Nécessité de la bioinformatique
• Nécessité dinvestissement (temps, personnes,
  argent, formation)
• Nécessité dévolution de nos méthodes
• Le biologiste reste celui qui valide (et cest ce
  qui prend du temps)

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Questions posées Nouvelles évidences

• Séquençage / annotation dun génome
• Connaître sa position (leader, compétition,
  collaboration)
• Définir ce que lon cherche
• Définir stratégie dannotation suivant ses
  besoins
• Penser la réannotation ultérieure
• Penser le stockage des données, la transformation
  en information
• Savoir que notre génome sera réannoté par dautres

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Les avancées

• Des innovations
• Nouvelles utilisations des bactéries
• Nouveaux moyens de lutte
• Apport pour les biotechnologies
• Enzymes, bioconversion
• Utilisation des bactéries en soi
• Apport pour la sécurité microbiologique
• Lutte contre les pathogènes
• Molécules drogues antibactériennes

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Les avancées

• Dun point de vue cognitif
• Meilleure compréhension des mécanismes
• Reconstruction métabolique (entre autres)
• Possibilité dappréhension de la globalité
• Les  omes  et les  iques 
• Remise en cause de nombreux dogmes
• la classification des bactéries
• Différentier les pathogènes des non pathogènes
• Raisonner par environnement
• Raisonner par grandes fonctions

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Les avancées

• Révision de la taxonomie
• Nous avons classé les bactéries
• Mais continuum
• Définition du génome dune espèce
• Pour linstant dune ou quelques souches
• Revisiter lévolution des génomes / espèces
• HGT
• Duplications / pertes
• Mutations

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Les problèmes

• Génération monstrueuse de données
• Les classer
• Accepter lapproximation, mais respecter les
  règles
• Faire confiance en restant critique
• Intox, erreurs
• Annotation très hétérogène
• Bases de données multiples et de qualité variable
• Erreurs existent
• Grand nombre de données
• Intox, pollution des bases (exemple les 16 S)

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Conclusion

• Séquence ton génome ou quelquun le fera pour toi
• La génomique nest pas réservée à une élite (ou
  tu peux faire partie de cette élite)
• Sapproprier son génome, vaut mieux que
  comprendre celui des autres
• Un génome nest bien annoté que si lon sait ce
  quon y cherche
• Le biologiste doit valider, doit évoluer