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Etude Structurale et Dynamique des Acides
Nucléiques en Solution
Simorre Jean-Pierre Laboratoire de Résonance
Magnétique Nucléaire Institut de Biologie
Structurale Jean-Pierre Ebel
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(No Transcript)
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Dynamique
Mouvements
rapide
intermédiaire
lent
ps
ns
ms
s
RMN
Relaxation dipolaire
Phénomènes déchange Déplacement chimique
4
Echange conformationnel Rexc
nB
nA
PA
ms
Echange lent
PB
Echange intermédiaire
CSA
Echange rapide
ppm
Mouvement locale
5
Transverse Relaxation Optimized
SpectroscopY Méthode plus sensible pour mettre en
évidence l échange conformationnel
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(No Transcript)
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Étude dynamique des acides ribonucléiques
Mesure de l échange conformationnel Rexc
- Dépend que du mouvement d un atome par
rapport à son environnement proche (quelques Å)
Echange
?
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Repliement global
Dynamique ? manque d information à longue
portée ?
9
Contraintes structurales
- Densité de protons faible et non
uniforme - Contraintes à courte portée (5
Å)
Propagation des erreurs et effet sur l ordre à
longue portée
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S. f(j, f)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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Projet en cours
HCV
IRES
(U/UC)
5'NC
3NC
S
NS
C
E1
E2
p7
Protéine de capside (21 kDa)
Glycoprotéines E1-E2 hétérodimères (30 et 70 kDa)
- Etude des interactions de la protéine de
capside avec lARNv (boucle IIId de lIRES) -
Etude de structures tertiaires dans la partie
codante de lARN (pseudoknot impliqué dans un
frameshift -1 )
Collaboration F. Penin IBPC, Lyon
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Remerciements
Collaborations
Laboratoire de RMN de lIBS
Blackledge Martin Boisbouvier Jérôme
Brutscher Bernhard
ARN liant la théophylline - Pardi Arthur -
Zimmermann Grant ARN de transfert LYS3 -
Dardel Frédéric - Tisné Carine
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IRES Internal Ribosome Entry Site
(domaines II, III et IV)
pseudonoeud
CORE / IRES
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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Constantes de couplage dipolaire résiduel
La valeur est liée à l orientation de la liaison
dans un repère moléculaire et à sa mobilité
Dij (?,?) ? S Aa (3cos2? - 1) 3/2 Ar sin2?
cos2?)
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(No Transcript)