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Determinación del índice de contenido polimórfico
en nuevos microsatélites de papa (Solanum
tuberosum L.)
Norero NS1, Carboni M1,2, Divito S3, Feingold
SE1 1 Laboratorio de Biotecnología
Agrícola-PROPAPA, INTA Balcarce CC276 (7620) . 2
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Univ.
Nacional de Mar del Plata. Argentina.
nnorero_at_balcarce.inta.gov.ar, sfeingold_at_balcarce.i
nta.gov.ar
Los marcadores moleculares detectan variaciones
en la secuencia del ADN entre genotipos. En papa,
los SSRs se han usado para la construcción de
mapas de ligamiento génicos (2, 6), localización
de QTLs (3,7), identificación varietal (5, 11,
12, 14), estudios de filogenia (14, 15), y la
caracterización de accesos de bancos de
germoplasma (8, 10). Existen varias alternativas
para el desarrollo de microsatélites (9). En el
caso de la papa, Provan et al. (1996)
desarrollaron 19 pares de iniciadores de SSRs y
posteriormente Milbourne et al. (1998) y Feingold
et al. (2005) ampliaron esta base, desarrollando
112 y 61 microsatélites respectivamente,
asignando la ubicación cromosómica a la mayoría
de ellos. Actualmente se continua ampliando la
base de SSRs a partir de la disponibilidad de
secuencias de transcriptos (ESTs) nuevas
brindadas por Consorcio Internacional de
Secuenciación del Genoma de la Papa (PGSC). El
objetivo de este trabajo es determinar el poder
de discriminación de nuevos microsatélites de
papa desarrollados en nuestro laboratorio.
Se utilizó ADN de treinta variedades de papa de
interés comercial de diferentes países (Tabla
1). Los microsatélites fueron desarrollados sobre
la base de datos de los extremos de los clones de
los cromosomas artificiales de bacterias
(BES_SSRs) de la genoteca RHPOTKEY del PGSC
(www.potatogenome.net), por Carboni et al.
(2008). Se seleccionaron y analizaron 12
microsatélites con motivos di, tri y tretra
nucleótidos a partir de un set de 48 BES_SSRs en
base al análisis de amplificaciones previas
realizados sobre poblaciones diploides en nuestro
laboratorio. La amplificaciones mediante PCR se
realizaron en un volumen de 20 ul, conteniendo
aprox. 50ng de DNA en 2,5 mM de MgCl2, 1x PCR
buffer 0.2 mM dNTP mix, 0.1 uM de primers, y 0,2
U de Taq Platinum (Invitrogen). La reacción fue
realizada bajo un perfil estándar de termociclado
con temperaturas de apareamiento decrecientes 1
ºC/ciclo entre 60-54 ºC. Los amplicones fueron
analizados en geles de poliacrilamida
desnaturalizante al 5 en buffer TBE 1X y teñidos
con plata. Se determinaron las bandas por
marcador y variedad. Se construyó una planilla de
cálculo mediante anotación binaria, considerando
0 (cero) como ausencia de fragmento y 1 (uno)
como presencia. Se calculó el índice de contenido
polimórfico (PIC) de acuerdo a la ecuación PIC
1-Sjn Pi2, donde Pi es la frecuencia del i-ésimo
patrón de un total de n patrones observados (1)
Tabla 1 Variedades de papa del Banco de
Germoplasma in vitro del PROPAPA, EEA- Balcarce.
Tabla 2 Resultados del fingerprinting de 12
microsatélites de los extremos de cromosomas de
bacterias (BES_SSRs). ND No determinado.

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