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Bases de datos biológicas 8 de Noviembre 2005
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Aspectos generales
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Bases de datos primarias y secundarias

• Primarias
• Datos experimentales de primera mano
• Secuencias
• ADN EMBL, Genbank, DDBJ
• Proteina SwissProt, TREMBL, PIR
• Genomas
• GDB, MGD, ACeDB
• Estructuras
• PDB, NDB, CCDB/CSD
• Expresión génica
• Arrayexpress
• Interacciones
• BIND

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Secundarias
Información relacionada con las secuencias
ProSite, Enzyme, REBase Información
relacionada con el genoma OMIM,
TransFac Información relacionada con la
estructura DSSP, HSSP, FSSP,
PDBFinder Información de vías metabólicas
KEGG, Pathways
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(No Transcript)
6
http//nar.oupjournals.org/content/vol32/suppl_2/i
ndex.shtml
7
(No Transcript)
8
(No Transcript)
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(No Transcript)
10
(No Transcript)
11
herramientas de bioinformática
12
http//www.ebi.ac.uk/embl/
13
http//www.ddbj.nig.ac.jp/
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(No Transcript)
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Secuencias de ADN
GenBank
EMBL/EBI
DDBJ
TrEMBL
GenPept
SwissProt
PIR-PSD
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
20
http//www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?dbP
ubMed
21
herramientas de bioinformática
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
28
(No Transcript)
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(No Transcript)
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Utilizamos el campo Keyword
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Solo 18?
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
40
(No Transcript)
41
(No Transcript)
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KEGG Pathway database
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BINDBiomolecular Interaction Network Database
http//www.bind.ca/
44
Protein family/domain databases Pfam
(http//www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/)
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Cómo correlacionar datos clínicos con datos de
expresión genética?
International Prognostic Indicator (IPI), se
están construyendo bases de datos para esto (e.g.
Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma
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GENEONTOLOGIES
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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The Ontologies

50
(No Transcript)
51
(No Transcript)
52
(No Transcript)
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CONCLUSIONES
Las bases de datos biológicas representan un
recurso invalorable en el apoyo a la
investigación biológica y biomédica Se puede
aprender mucho de una (o un conjunto) de
moléculas en particular explorando en las bases
de datos y utilizando las herramientas de
análisis disponibles. Existe un numero enorme de
bases de datos algunas son muy generales y otras
muy específicas. Para obtener los mejores
resultados es usualmente necesario explorar más
de una de ellas
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CONCLUSIONES
Las bases de datos aquí mostradas lidiaban con
nucleótidos, aminoácidos y proteínas,
estructuras, vías, interacciónes moleculares,
motivos proteicos, publicaciones y varias bases
de datos esepcializadas. Los métodos más comunes
de búsqueda incluyen keywords, similitud de
secuencia, búsqueda de motivos, clases,
estructuras. Los problemas que podemos
enfrentar información incompleta, dispersión de
los datos sobre múltiples bases de datos,
información redundante, errores varios y cambio
constante
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CONCLUSIONES
Los estándares la nomenclatura, y las formas de
nombrar se están construyendo recién. Esto vuelve
más difícil la extración de información La
formulación de las búsquedas es un asunto
complejo y está muy relacionado con la calidad de
los resultados obtenidos. La calidad de los
resultados se mide usualmente con medidas
estadísticas, usualmente la significación
estadística implica significación biológia
(aunque no sea fácil de interpretar). Por otra
parte, a veces, un resultado biológicamente
relevante puede tener valores estadísticos bajos
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• NO LE CREAN A LOS PROGRAMAS
• SON CONFUNDEROS Y A VECES SE EQUIVOCAN
• NO LE CREAN A LAS BASES DE DATOS
• SON CONFUNDERAS Y A VECES ESTAN MAL
• NO NOS CREAN A NOSOTROS
• SIN COMENTARIOS

SALUDOS....