Red Bioinform

1
Red Bioinformática para la predicción de la
función molecular

• La investigación en biología produce grandes
  cantidades de información disponible.

• La única forma de analizar esta información es
  mediante el uso de computadoras y software Surge
  la Bioinformática

2
Red Bioinformática para la predicción de la
función molecular
REACTOMAA knowledgebase of biological processes
(http//www.reactome.org) Versión 16, 23/1/06
vs. (Versión 12, 1/2/05)Homo sapiens____________
_________________________________
Proteínas Reacciones Complejos Vías 1095
1086 1639
704 (223) (-500)
(751) (308)
3
Red Bioinformática para la predicción de la
función molecular

• Objetivo Implementar soluciones informáticas que
  faciliten la predicción de la función molecular.

Objetivo informático Problema científico
Generar un administrador automatizado de datos de microarreglos de ADN Dimensionar el transcriptoma y su uso en el estudio de redes de regulación
Generar una base de datos y servidor accesible por Internet de datos de proteínas polimórficas Identificación y función de proteínas polimórficas
Generar un servidor automático para la predicción de la estructura tridimensional de las proteínas Predicción de la estructura tridimensional de proteínas
4
Red Bioinformática para la predicción de la
función molecular

• Metas científicas

• Establecer redes de relaciones genéticas a partir
  de datos de
• microarreglos de ADN.

5
Red Bioinformática para la predicción de la
función molecular

• Metas científicas

• Predecir mutaciones que resulten en proteínas
  disfuncionales en el humano
• a través de la predicción de la estructura 3D de
  las proteínas.

6
Red Bioinformática para la predicción de la
función molecular

• Metas técnicas

- Construcción de un grid de computo científico
(IIMAS, DGSCA, CCG, IBT, IFC)
- Implementar el grid para la predicción de la
estructura de proteínas.

• Desarrollo y diseño de hardware (FPGA) y software
  necesarios para resolver
• problemas de cómputo intensivo derivados de este
  proyecto.

7
Red Bioinformática para la predicción de la
función molecular

• Impacto

• Contribuir al desarrollo de una Red Mexicana de
  Bioinformática
• RMB

• Habilitar a los investigadores del área biológica
  y afines, con herramientas
• originales para la predicción de la función
  molecular.

• La complejidad del proyecto permite la
  vinculación con los expertos
• en áreas afines (computo intensivo, minería de
  datos, desarrollo de software)

• Formación de recursos humanos en el área (taller
  en la Fac. de Ciencias).

8
Red Bioinformática para la predicción de la
función molecular

• Logros

• Desarrollo de software original para la
  predicción de la estructura de proteínas
• NIM
• Desarrollo de software original para el análisis
  de datos de microarreglos
• GenArise, NEXXUS

- Creación del primer grid científico
Universitario

• Impartición de dos tópicos selectos para el
  postgrado
• (análisis de datos de microarreglos e
  Introducción a la bioinformática)
• Simposio Bioinformática y Medicina en el IMSS
  (Guadalajara, 2006)
• Organización del curso Internacional en Biología
  de Sistemas (Pátzcuaro, 2006).

9
Red Bioinformática para la predicción de la
función molecular

• Productos entregables

- Evaluación de modelos de la estructura
tridimensional de las proteínas 2006 Software -
Análisis de la estructura y función de
proteínas 2006 Software - Introducción a la
bioinformática 2006 Curso - Predicción de la
ausencia de la estructura globular en
proteínas 2006 Software - Evaluación de modelos
de la estructura tridimensional de las
proteínas 2006 Articulo - Análisis de la
estructura y función de proteínas
2006 Articulo - Análisis de datos de
microarreglos de ADN un enfoque integral
2005 Curso - Análisis de datos de microarreglos
de ADN un enfoque integral 2006 Articulo -
Taller en Bioinformática para la predicción de la
función molecular 2006 Curso - Servidor
automático para el análisis de datos de
microarreglos de ADN 2007 Software - Servidor
automático para la predicción de la estructura de
proteínas 2007 Software - Base de datos de
microarreglos de ADN universitaria 2007 Software -
Bioinformática y medicina 2006 Seminario -
Estudio bioinformático de los polimorfismos
humanos 2007 Software - Estudio bioinformático de
los polimorfismos humanos 2007 Articulo - Estudio
bioinformático de los polimorfismos
humanos 2007 Tesis
10
Red Bioinformática para la predicción de la
función molecular

• Integrantes

IFC IBT Dr. Jorge Ramírez Salcedo Dr.
Alejandro Garciarubio Granados Biol. Gerardo
Coello Coutiño Dr. Enrique Merino Pérez Dra.
Lina Riego Ruiz Dr. Lorenzo Segovia
Forcella Dr. Gabriel del Rió Guerra Dr. Fco.
Xavier Soberón Mainero Dra. Alicia González
Manjarrez Dr. Ernesto Pérez Rueda Dra. Rosa
Gutiérrez Ríos