Pour parler avec centra

1
Pour parler avec centra
En restant cliqué sur ce bouton
En cliquant sur ce bouton
Le micro est sur fond jaune lorsquil est activé
2
Enseigner au collège la classification et
lévolution avec PHYLOGENE
3
Le téléchargement et linstallation

• Le téléchargement nécessite une inscription
  préalable pour recevoir les annonces
• de mises à jour du logiciel
• de mises en ligne de nouvelles collections
• http//acces.inrp.fr/evolution/logiciels/phylogene
  /telechargement-enseignants

4
Le téléchargement et linstallation

• Le fichier téléchargé est un fichier compressé.
  Il convient donc de la décompresser avec un
  décompacteur (WinZip, Winrar, 7zip).
• La décompression peut se faire nimporte où .
• Deux possibilités à prendre en compte
• Téléchargement de la version de base
• téléchargement des collections
• Vous devez obtenir une arborescence telle que
  celle présentée ci-contre

5
Le contexte pédagogique

• Au collège
• Classification et histoire évolutive (sixième)
• Renouvellement des faunes et des flores au cours
  du temps (troisième)
• Places des fossiles dans la classification
  Cinquième et quatrième)
• Etablissement de liens de parenté (troisième)
• Au lycée
• Unité du monde vivant (seconde)
• Place de lHomme dans lévolution (première L)
• Parenté entre êtres vivants actuels et fossiles
  (terminale S)

6
Le contexte scientifique
7
Le contexte scientifique
 La cladistique vise à reconstruire la
phylogénie dun taxon par distinction, au sein
dun caractère, de létat primitif de létat
dérivé.   Seuls les états dérivés partagés sont
des signes dapparentement exclusif. Les
regroupements sur la base détats dérivés
partagés conduisent à la création de groupes
monophylétiques.  Classification phylogénétique
du vivant (Guillaume Lecointre, Hervé Leguyader.
Ed BELIN)
8
Le contexte scientifique

• La polarisation des caractères est une étape
  préalable à létablissement de toute phylogénie.
  Elle consiste à définir létat primitif et le ou
  les état(s) dérivé(s) dun caractère.
• Deux critères sont utilisés pour cette opération
• Le critère dextra-groupe (Utilisation dune
  espèce à lextérieur du groupe détude dont les
  états de caractère seront considérés comme
  primitifs)
• Le critère ontologique (Ordre dapparition des
  états au cours du développement embryonnaire).
• Les qualités de primitif et dérivé sont
  relatives au groupe étudié.

Etat primitif dans le groupe Tarsier, Macaque,
Chimpanzé, Orang-outang
Etats dérivés dans le groupe Tarsier, Macaque,
Chimpanzé, Orang-outang
9
Le contexte scientifique
Se retrouvent dans une même boîte, les taxons qui
partagent un même caractère. L'emboîtement
traduit un partage de caractères de plus en plus
nombreux.  Cette structure en groupes emboîtés
est un argument important pour établir lidée
dévolution  Enseigner la classification et
lévolution. Monique Dupuis et Jean-Claude.
Hatier 2008 HATIER
10
Le contexte scientifique

• Un arbre traduit graphiquement les liens de
  parenté entre les taxons étudiés.
• Les branches de larbre traduisent la
  transmission avec modification des caractères
  étudiés.
• Les nœuds correspondent aux origines communes ou
  ancêtres communs.

11
Le contexte scientifique

• Lancêtre commun est une reconstitution.
• Il possède des caractères hérités et des
  innovations quil a transmis à toute sa
  descendance.

12
Le contexte scientifique

• Les fossiles par leur âge et leur positionnement
  dans larbre de parenté donnent un cadre temporel
  aux innovations visibles chez les différents
  ancêtres communs.

13
Le contexte scientifique

• Les fossiles permettent de visualiser les
  transformations des caractères.

14
Décrire la biodiversité de lobservation à la
matrice (sixième)
Comment décrire la biodiversité ?

1. Choisir une collection
2. Observer pour déterminer les caractères de
   regroupement
3. Comparer pour déterminer la présence ou labsence
   des caractères choisis
4. Compléter la matrice taxons/caractères

Ex la mâchoire pour la collection vertébrés
Le glossaire reprend le vocabulaire scientifique
15
Organiser la biodiversité de la matrice aux
groupes emboîtés(sixième)
Comment organiser la biodiversité ?

1. Regrouper les caractères et les taxons dans le
   tableau
2. Traduire le tableau en groupes emboîtés
3. Rejouer le scénario
4. Sauvegarder/charger les tableaux et les groupes
5. Enregistrer/ouvrir un groupement emboîté
6. Imprimer le groupement emboîté

 Les organismes vivants sont classés en groupes
emboîtés définis uniquement à partir des
attributs quils possèdent en commun 
Tableau de correction pour lordre des colonnes
16
Tous parents des groupes emboîtés à larbre de
parenté (troisième)

1. Ouvrir une matrice de référence.
2. Classer et afficher larbre de parenté
3. Les caractères de lancêtre et les groupements
   emboîtés (caractères hérités et innovations)
4. Limpression et la sauvegarde des arbres de
   parenté

Caractères hérités et innovations de lancêtre
 Les espèces apparaissent et disparaissent au
cours des temps géologiques. Leur comparaison
conduit à imaginer entre elles une parenté, qui
sexplique par lévolution . 
Relation caractères/arbre/groupement
17
Personnaliser Phylogène
Créer une  configuration 
Il est possible de créer des configurations
personnalisées avec des taxons et des caractères
choisis. Il est possible dexclure ou de lancer
directement des activités. Le fichier .cph
généré peut être directement ouvert avec
phylogène en sélectionnant lexécutable lors de
la première ouverture
18
Personnaliser Phylogène
Les dessous du Phylini
Spécifie le chemin des collections si elles ne
sont pas dans larborescence
repertoires Chemin-Collections
La polytomie (plusieurs branches partent du même
point) est vraie et non liée à une incertitude
(soft) qui conduit le "chercheur" à mettre
plusieurs taxons descendant d'un même ancêtre
sans pouvoir choisir et préciser qui descend de
qui. Les algorithmes ne sont  pas les mêmes et
par défaut il est préférable de choisir "hard"
(dixit D. Goujet)
config TypePolytomhard afficher-arbreoui enlev
er-taxonnon Collection-defaut ColorerDeriveoui
TabObligoui CodAuto ModeCollegenon CodageExige
non
Doit être à oui dans la version Lycée Doit être
non dans la version collège
Dans la version actuelle non est conseillé
Si non, passage aux activités Classer, Grouper,
Polariser, Arbre sans ouverture préalable
explicite dune matrice par lutilisateur
Si oui, le menu affiche les activités destinées
au collège (Version Collège)
Si oui, activité de codage (Polariser)
obligatoire pour passer à lArbre au Lycée Si
non, accès à lactivité Arbre avec le codage de
référence de la collection ouverte
Plusieurs de ces déclarations initiales dans
phylini sont prises en compte dans les
configurations (cph configuration phylogene) ou
ignorées, et pourraient disparaître
ultérieurement de phylini.ini
19
Les collections
SIXIEME
Décrire et organiser la biodiversité

Collection Vertébrés collège
Collection Santo
Collection étang/jardin
Collection ménagerie
Collection Arthropodes
20
Les collections
TROISIEME
Létablissement des liens de parenté
Evolution de la biodiversité
Lorigine commune des êtres vivants
Transmission des caractères avec modification
Le cadre temporel de lévolution
Place de lHomme dans le monde vivant
Collection Vertébrés collège
Collection Forêt houillère
Collection Unité du vivant
Collection origine des Tétrapodes
Collection fossiles
Collection Vertébrés collège
Collection Unité du vivant
Collection Primates collège
21
Les ressources en ligne
http//acces.inrp.fr/evolution/logiciels/phylogene
22
Les ressources en ligne
http//acces.inrp.fr/evolution/evolution/relations
-de-parente/enseigner
23
Les ressources en ligne
http//acces.inrp.fr/evolution/logiciels/phylogene
/forum-suivi-version-2008/version-2008
DOCUMENTATION
FORUM
http//acces.inrp.fr/evolution/logiciels/phylogene
/documentation
24
Remerciements A Jean-Claude HERVE
Jean-François MADRE et Naoum SALAME