Pr

1

• Prédiction de structures secondaires dARN
  Algorithme de Nussinov (1978)

2
Pourquoi?

• Savoir la structure permet démettre une
  hypothèse sur la fonction.
• Structure 2D peut aider à la structure 3D.
• Méthodes physico-chimiques actuelles trop
  dispendieuses (RMN, cristallographie).

3
Types de structures secondaires
Tompa, M. 2002
4
Algorithme fonctionnement

• Maximise la formation de paires de bases.
• Fonctionnement récursif détermine la structure
  optimale de la sous-séquence et poursuit pour la
  séquence entière.
• 4 types de pairage possibles.

5
Types de pairage possibles
i non pairé
paire i,j
bifurcation i,k - k1,j
j non pairé
Andrew Hendriks CMPT 889
6
Conceptualisation du pairage

• Structure secondaire représentée en tant que
  graphe. (bp nœud, pairage arête).
• Ex S(1,13),(2,12)

Andrew Hendriks CMPT 889
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Contraintes

• Pas darêtes qui se croisent.
• Les nœuds ne peuvent avoir plus dune arête.

Andrew Hendriks CMPT 889
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Récurrence
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Initialisation

• ?(i,i) 0
• ?(i,i-1) 0
• Ex séquence GGGAAAUCC

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Exemple
j
i
Andrew Hendriks CMPT 889
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Exemple (2)
j
i
Andrew Hendriks CMPT 889
12
Exemple (3)
j
i
Andrew Hendriks CMPT 889
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Exemple (4)
j
i
Andrew Hendriks CMPT 889
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Retraçage

• Il est nécessaire de retracer la matrice pour
  obtenir la structure secondaire.
• La valeur ?(1,L) représente le nombre de paires
  dans la structure.
• Une pile est utilisée pour le retraçage
  (bifurcation).

15
Exemple de retraçage
A
A
U
A
C
G
C
G
G
j
i
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Conclusion

• Complexité O(L3).
• Deux problèmes majeurs
• 1) Hairpin loop de nimporte quelle longueur.
• 2) Stems de longueur 1 acceptés.

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