Title: Pr
1Prédiction dinteractionsprotéine-protéine
2Plan
- Introduction
- Prédiction dinteractions protéine-protéine par
détection de mutations corrélées et comparaison
darbres phylogénétiques - Tests Méthodologie
- Résultats et discussion
3Introduction
- Détection dinteractions protéine-protéine
- Expérimentales double-hybride
- Théoriques différentes méthodes tentent de
prédire les interactions protéiques à partir de
la séquence exemples - Conservation des positions des gènes
- Fusion de domaines (Rosetta stone)
- Comparaison de profils phylogénétiques
- Détection de mutations corrélées
- Comparaison d arbres phylogénétiques
-
4Conservation de l ordre des gènes
génome1
génome2
Gènes orthologues
Fusion de domaines (Rosetta stone)
Génome 1 Génome 2
Profils phylogénétiques
org1 org2 org3 org4 Protéine A
0 0 1 1 Protéine B 1 0 1 0 Protéine C 0 0 1 1
Profils identiques
5Prédiction dinteractions protéine-protéine par
la méthode de Florencio Pazos
Stabilité
Mutation ponctuelle
V
F
Deuxième mutation compensatoire
Stabilité rétablie
6Les mutations corrélées peuvent être détectées à
partir dalignements multiples de séquences
Alignement de séquences
Mutation ponctuelle
V
F
Deuxième mutation compensatoire
I
L
7Prédiction de résidus en contact dans une
protéine par détection de mutations corrélées
8Prédiction d interactions protéine-protéine par
détection de mutations corrélées inter-protéines
9Prédiction d interactions par comparaison
d arbres phylogénétiques
10Génome B. melitensis (2920 ORFs)prédites)
Méthodologie
Recherche en banque de données (BLAST nr)
Sélection des séquences similaires de E valuelt10-5
Alignement de séquences (ClustalW) 2317
alignements
Prédiction dinteractions protéiques pour
quelques protéines
11Résultats
omp 16 virB4 membrane metalloprotease excinucle
ase ABC subunit B transcriptional
regulator virB9 permeases transposase spermi
dine/putresceine transport system permease
protein POTC VirB8 transporter dnaJ
protein spermidine/putresceine transport system
permease protein POTC myo-inositol (OR4)
-monophosphatase 1 (EC 3.1.3.25) spermidine/putre
sceine transport system permease protein POTC
RBME02068 2,161 0,803 0,175 15 RBME01398 1,88 0,92
9 0,212 21 RBME00209 1,808 0,657 0,175 11 RBME01
533 1,73 0,27 0,219 11 RBME01224 1,724 0,424 0,16
11 RBME02484 1,684 0,696 0,164 11 RBME01394 1,6
79 0,889 0,19 15 RBME01246 1,614 0,737 0,2 11 RB
ME02787 1,6 0,377 0,159 13 RBME00875 1,575 0,491
0,141 12 RBME01395 1,557 0,918 0,177 14 RBME0075
1 1,539 0,565 0,156 11 RBME01216 1,529 0,278 0,14
12 RBME01452 1,513 0,643 0,158 11 RBME00762 1,5
04 0,13 0,174 11 RBME01739 1,5 0,385 0,154 12
12Tests de la méthode
13Test sur quelques protéines de C. elegans
- 29 protéines impliquées dans le développement
vulval de C.elegans et ayant des interactions
confirmées expérimentalement (11) - Méthodologie idem Brucella . Les protéines ont
été collectées dans la banque de données WPD
1429 ORFs de C. elegans
Méthodologie
Recherche en banque de données (BLAST nr)
Sélection des séquences similaires de E valuelt10-5
Alignement de séquences (ClustalW) 27alignements
Prédiction dinteractions protéiques pour
quelques protéines
15Test sur quelques protéines de C. elegans
- La plupart des scores lt1
- Sur 11 interactions confirmées expérimentalement,
le programme na trouvé que deux interactions
potentielles dont les scores sont - 0,794
- 0,649
16Test sur quelques protéines de C. elegans
- Sur 11 interactions confirmées expérimentalement
- 4 interactions pour lesquelles pas d alignement
de séquences - 2 interactions dimériques
- 1 interaction non trouvée car séquence non
disponible
17Test sur quelques protéines de S. cerevisiae
- 78 protéines impliquées dans le cycle cellulaire
et dans le trafic des protéines vers la membrane
plasmique - 80 interactions confirmées (dans YPD) à tester
(certaines étaient impossibles à tester car pas
de séquence) - Méthodologie idem Brucella application du
filtre au dessus de 50 de séquences identiques
dans les deux alignements , les scores ne sont
pas pris en compte
1878 ORFs de S. cerevisiae
Méthodologie
Recherche en banque de données (BLAST nr)
Sélection des séquences similaires de E valuelt10-5
Alignement de séquences (ClustalW) 47 alignements
Prédiction dinteractions protéiques pour 37
protéines
19Test sur quelques protéines de S. cerevisiae
- La plupart des scores lt2,5
- Sur 80 interactions confirmées expérimentalement,
le programme na trouvé que 10 interactions
potentielles dont les scores sont lt2 après
application du filtre - On ne peut pas distinguer les protéines qui
interagissent de celles qui a priori
ninteragissnt pas
20Discussion
21Discussion
- Limites des deux méthodes
- non applicable à des homodimères et à deux
protéines dont les alignements sont quasi
identiques (filtre) - si une protéine n a pas /peu d homologues dans
les bd interaction n est pas détectée - pas de cutoff défini pour les protéines qui ont
été testées, il n a pas été possible de
discriminer les protéines qui interagissaient
réellement de celles qui a priori
n interagissaient pas.
22Discussion
- Limites des deux méthodes
- mutations corrélées interactions?
- prot multidomaines beaucoup d interactions
--gt possible de discriminer les domaines qui
interagissent par rapport au bruit de fond MAIS
pour des interactions inter-protéines, il se peut
que le nombre d interactions soit plus faible
--gt moins de mutations corrélées - mirror tree coévolution