Title: Hyperchem
1????????? ????????
????? ????? ?????????
2????? ?? ?????? ????
????? ? ????? ?? ?? ?????
- ???? ???????? ???? ??????? ????????? ?? ??????
???????????? ????? ?? ???????????? ??????? - ?? ????? ??????????????? ???????? ?? ?????????
???????? ????????? - ???? ?? ??????? ????????? ?? ???????????? ?????
????? - ????? ?? ???????????? ?????????? ? ???? ???????
???????? ??????? ???????.
3?????? ?????? ? Hyperchem
?? - ??????? ?? ????? ????????? ???????? 1
? ????????????? ????? ????????? ? ???????????
??????? ??????? ???????
AMBER - ??????????? ?? ??????? ? ??????????
???????? ?? ?????? 95 ???? ?? ?? ???????? ? ??
????? ????????? ???????? 2
? ????????????? ????? ????????? ? ???????????
??????? ?????????? ???????
1 N. L. Allinger, J. Am. Chem. Soc., 99, 8127
(1977) N. L. Allinger and Y. H. Yuh, QCP?,
Bloomington, Indiana, Program 395 U. Burkert
and N. L. Allinger, Molecular Mechanics, ACS
Monograph 177 (1982). 2 S. J. Weiner et al., J.
Am. Chem. Soc., 106, 765 (1984) Weiner et al.,
J. Comp. Chem., 7, 230 (1986) Cornell et. al.,
J. Am. Chem. Soc. 117, 5179-5197 (1995)
4?????? ?????? ? Hyperchem
?PLS - ??????? ?? ?????????? ?? ???????? 3
? ?????? ????? ?????????????? ???????????-????????
?? ???????? ??? ??????????? ???????? ??
????????????
BIO - ?????? ?? CHARMM, ??????????? ?? ??????? ?
?????????? ???????? 4
? ????????????? ????? ????????? ? ???????????
??????? ?????????? ???????
3 W. L. Jorgensen and J. Tirado-Rives, J. Amer.
Chem. Soc., 110, 1657 (1988) J. Pranata, S.
Wierschke, and W. L. Jorgensen, J. Amer. Chem.
Soc., 113, 2810 (1991). 4 A. D. MacKerell et.
al. J. Phys. Chem. B, 102, 3586
(http//www.pharmacy.umaryland.edu/alex/research.
html)
5????????? ?? ???????? ????
?????????? ?? ?? ???????? !
?????? ?????? ?????????????? ????????
?????????, ????? ?? ????????? ?? ????? ????
Display ? Labels ? Type
?? - \Hyper7\Runfiles\mmptyp.txt A?BER -
\Hyper7\Runfiles\ambertyp.txt
amber94typ.txt OPLS - \Hyper7\Runfiles\oplstyp.tx
t BIO - \Hyper7\Runfiles\charmmtyp.txt
biotyp.txt
6????????? ?? ???????? ????
?????????? ?? ?? ???????? !
?????? ?????? ????????? ?? ??? ??????????? ??
????????????????? ?????????????? ??????? ??????
??? ??-?????????!
Display ? Labels ? Charge
??????? ?? ???????? ?? ???????? ?????? ?
?????????? ?? ????? ?????? ????. ??? ????????
????? RESP ??? QChem.
7??????????? ?? ?????? ?????????
??? ????? ?? ????????? ??? ??????????? ?????? ??
????? ????, ??????, ???? ...
... ????? ?? ?? ??????? ?????? ????? ...
... ?? ? ???????? ???????? !!!
Setup ? Edit parameters (??? ??????? ???? ??
????????)
8??????????????? ??????????????
?? ?????? ?? ????????????????? ?????????????? ?
??????????? ???????? ??? ??? ??????? ???????
????????? ???????????
??????? ???????????
9??????????????? ??????????????
? ??? ?????????? ?? ?????????????? ?????
???????????????? ????? ??????? ????? ??
??????????? ?? ??? ??????? ??????
Cutoff
? ?????????????? ????? ?????? ????? ?? ??????????
gt Rcutoff ?? ???????????
PME
? ?????????????? ????? ??????? ????? ?? ???????
???? ???? ?? ???????
10?????????????? ??????
Hyperchem ?????? ?????????? ??????????? ??
?????????????? ??????. ?????????? ?? ????????
?????????
- ?????? ?? ????????? ???? ?? ????????.
- ?????? ?? ????????? (Select ? Name selection ?
Torsion1). - ???????? ?? ?????????? ?? ?????????????? ???????
(Compute ? Conformational seacrh )
11?????????????? ??????
- ????? ????? ? ????????????? ????????? ??
??????????? (File ? Auto save )! - ???????? ?? ????????? (Run ? Start).
12?????????????? ??????
?????????? ???????
Edit ? Put molecule
????????? ?? ???????? ??????? ????? ?????????
?????? ??????
13????? ????? (??) ?????
????????? ?? ????????? ??????????? (????????????)
?? ??????? ???????.
?????? ?? ?????????? ????? ???????? ????????? ?
??-????? ???????, ? ???? ? ??-?????? ????
????????? ?????? exp(-DE/kT).
? ???????? ????????? ???????? ?? ??????????
???? ? ????? ????? ????? ??????????
- ??? ??????? ?? ???????? ??????? ?? ??????? ?
????? ??????? ?? ??????? - ?? ?????????? ??? ???????? ???????????
- ??? ?????? ?? ?????????????? ?????????.
????? ????? ??????? ???? ?? ?? ????????? ?
????????? ???????? (??????????) ??? ????????
????? (????????).
14????????? ?? ???????????
????? ?? ?????? ??????? ?? ??????????? ??
????????? ?? Setup ? ???? ???? ?? ????????? ??
???????????
Compute ? Monte Carlo
15????????? ?? ???????????
???????????? ?? ????????? ?? ????? ?? ??
??????????? ?? ????? ???? ???????? ???????? ??
????????????? ??????? ?? ????? run.
16????????? ?? ???????????
?????????? ????????? ?? ??????? ?/??? ??????????
????????? ?? ?????????? ?? 1 ??? ??????? runs.
?????? ?? ???????? ? ?????????? ??????????!
Compute ? Monte Carlo ? Playback ? Averages
Ep(ave) 14.13 ? 3.33 kcal/mol
Q1(ave) 57.7 ? 4.9 o
17????????????? ??????
- ????????? ???? 10.
- () ??????? ??-????????? ?? ??. ????????? ???????
????????? ?????, ?? ?? ??????????
???-?????????????? ???????????. - () ???????? ???-????????? ??????????? ?
?????????????? ??????. ???????? ????????? ? ????
?? ?. 2.