Exemples de cartes gntiques

1
Exemples de cartes génétiques
2
The saturated linkage map of Prunus (TxE),
(Joobeur et al. 1998 )
G7
G8
G4
G5
G3
G2
G6
G1
0
AG2A
0
AC44
0
TSA4
0
AC55A
0
FG26A
0
MC013
0
CC127, MC028A, MC115
0
AC33A
CC135C
1
1
AG101A, AC52A
2
PC104A
2
2
AG43A, AC37A,
AG53
2
Idh-2, AG56
PLG26C
3
3
AG54, AG13, FG54A
AC31, AC10
4
Ext1
5
FG81A, FG83
5
PLG35
5
AC13
5
FG215, AG40, PLG59, CC11A
AC24, AG109
6
6
FG13
7
7
AG8B
AG112A
8
AC43B
PLG26B
9
9
CC47, AC41A
10
10
MC023B
AG102
AG7, Me-1
10
11
CC129
AG63B
12
12
Pij1
13
AG21B, AC9
LY29, FG230A
13
Mdl1
FG84A, MC003B
13
13
13
AG21A
14
14
AC55B
PC70, CC124
14
CC131B
15
CC131A
15
AC50, FG1A
AG51
15
15
15
AG32A
AC53A, AC49, AG114, AC53A
PLG17
16
PC78, CC23
16
18
AC22A
18
18
18
AG20A
18
PC12
AG116A
B4A9
AG35, AG107A
19
19
PLG39A
AG25A
20
20
20
20
CC116, LY5A
PC5
PC102
21
PLG39D
22
PC101
22
Tip1
FG220
22
23
AG4A, TubA2
23
CC63, MC225
PLG2
23
23
AG57A
PC9A, AG52A
23
24
PC14
25
25
Pyk1
PC26
25
25
CC2
AG104
6Pgd-1
26
26
AC27A, CC135B
26
AG6, FG205, MC030A
26
CC69, MC038A
AG32C
27
28
AC32
28
CC3A
29
AC8
29
AG110, CC12A
AC47, PC30
29
30
Sdh-1
30
CC59, AG62
MC007, AG1A
30
31
PC34A
31
AG29A
32
FG37
32
PC67A, CC8
AG26A, PC29A
33
B7A5A, PC13, Aco-2, AG50A, CC11B
MC004A
34
34
35
AG39B
CC6A
35
FG202, AG46
35
35
35
CC115, AC19, MC045, PC32B
AG60A
PC85, FG16,
36
AG106, 6Pgd-2
FG3
37
37
37
37
AG22A, AG36A
FG38
AC21B, Ole1
38
AC48A
38
FG9A, LY5B, MC044, FG28
39
FG22A, AG45, CC56
Aco-1, MC003A
CC133B
40
40
40
41
FG119A
Pgm-1
40
PLG39B, AC51
42
MC001, PC35A
FG201A
41
43
43
PC15
CC135A, AG8A, CC138
44
PC7
Met1
44
45
FG4
AC43A
46
46
TSA3
46
AG37
AC7A, AG113, FG5
47
AG49
47
CC133A
47
AG61A, AG108A
47
CC125
47
Pgm-2
48
Prp1, PC21
49
AG47, AG30
49
PC6A, FG6
50
50
AG33, MC011A
51
51
FG42
FG14
LY21
51
52
AC26
AG14A, Pru1, Adf1, MC043
54
PC1, CC52
54
FG27
AG105A
55
55
56
AG44
57
MC024A
AG63A
57
AG12B, AG16B
58
58
TSA2
59
PC36
AG17A
59
Lap-2
60
61
PC73
CC132
62
LY37, MC022
63
PC28A
65
Lap-1, LY16A
65
FG24
66
67
PC60, PC105A
69
FG228, FG36
almond x peach F2 N 80 247 loci 236
RFLPs 11 isozymes avg. density 2
cM/marker longest gap 12 cM
AC23, AC18
71
73
Pgl1
74
Ltp2
AG8C, PC32A
77
FG8A
78
79
PLG39C, FG209A
AG111A
80
81
TubA3, CC110, PLG26A
AG36B
85
3
TxE map with 94 SSRs
4
Pêcher
Etude dune descendance (F2) Ferjalou Jalousia
x Fantasia Cartographie génétique Détection
de QTL Approche gènes candidats Clonage
positionnel du gène D (non acide)
5
Caractères mendéliens en ségrégation dans la
descendance
6
Ferjalou Jalousia
Fantasia
Pêche (G/g) Plate (S/s) Fruit non acide
(D/D) Noyau adhérent (f/f) Fertilité mâle
(Ps/ps) Fruits à maturité Ft
Nectarine (g/g) Ronde (s/s) Fruit acide
(d/d) Noyau libre (F/f) Fertilité mâle
(Ps/ps) Fruits à maturité Ft
X
Hybride F1 21
Héterozygote pour tous les caractères
7
Microsatellites codominants et codage pour la
matrice de données (J3, F1, H2)
Provenance des allèles inconnue
3 1 2
3 2 1 2 2 3 2 2 2 2 2 1
2 1 3 2 1 2 2 2 2 1 2 2
3 3 2 2 3 2 2 2 3 1
J F H
Inversion de phase
1 1 2 2 1 2 2 2 1 3
2 3 1 2 3 2 2 2 2 3 2 2
1 2 3 2 2 1 2 2 2 2 2 3
3 1 2
Allèle provenant de
J F H
2 3 2 2 1 2 2 2 2 1 2 3 1 2 1 3 2 2 2 3 2 2 3 3 1
2 2 3 2 2 2 2 2 1
?
Fantasia
?
Jalousia
8
Exemple de matrice de données pour une
descendance F2
Fantasia 1, Heterozygote2 Jalousia3
data type f2 intercross
208 72 83 symbols 1A 2H 3B 5C 4D
..
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
1
PacD51
3
4
3
4
4
-
4
3
4
4
4
3
4
4
3
4
4
4
4
4
4
1
CPPCT10a
3
2
3
2
1
2
2
3
1
2
2
3
3
2
3
2
2
2
2
2
2
1
UDP96018
3
2
3
2
1
2
2
3
1
2
2
3
3
2
3
2
2
2
2
2
2
1
CPSCT008
5
-
5
5
5
1
5
5
5
5
5
5
5
-
5
5
-
5
5
5
5
1
CPPCT24a
3
2
2
2
2
1
2
3
2
2
3
-
-
2
3
2
1
3
2
2
2
1
CPPCT32b
3
1
-
2
3
1
2
2
-
3
3
3
2
2
3
2
2
2
2
3
2
1
CPPCT10a
3
1
2
2
3
1
2
2
2
3
3
3
2
2
3
2
2
2
2
3
2
1
BPPCT21a
3
4
4
4
3
4
4
4
4
3
-
3
-
4
3
4
4
4
4
3
4
1
PaCITA18
3
1
2
2
3
1
2
2
2
3
3
3
-
2
-
2
2
2
2
3
-
1
BPPCT21b
4
4
4
4
3
3
4
4
3
3
3
3
-
4
4
4
4
4
4
4
4
1
pms67
2
2
2
1
3
3
2
2
3
2
3
3
3
2
1
1
1
2
3
2
1
1
UDP98022
2
1
2
1
2
2
2
2
3
2
2
3
3
2
2
2
1
2
3
2
3
1
BPPCT028
2
1
2
1
2
2
2
1
3
2
2
3
3
2
2
2
1
2
3
2
3
1
M15a
2
1
2
1
2
2
1
1
3
2
2
3
3
2
2
2
1
2
3
2
3
2
FG10
2
3
2
2
2
2
3
3
3
1
2
1
5
2
1
2
2
3
3
1
2
2
MA024a
2
3
2
2
3
2
5
3
3
1
2
2
2
2
1
2
3
3
3
2
1
2
PaCITA16
2
3
-
2
3
2
2
3
3
1
2
2
1
2
1
2
3
3
3
2
1
2
CPPCT005
5
5
5
5
5
5
5
5
-
5
5
-
1
5
5
5
5
5
5
5
1
2
AMPA93
2
3
2
2
3
-
2
3
3
2
2
2
1
2
3
2
3
3
3
2
1
3
AG56
3
1
3
2
2
2
2
2
2
-
1
2
1
2
-
2
3
1
2
2
2
3
PEPc
3
1
3
1
2
2
1
3
2
1
2
2
2
2
2
2
3
2
4
2
2
3
FG22
3
3
3
2
1
2
1
1
2
1
2
2
5
1
4
2
3
2
5
2
2
3
FG45
3
2
3
2
1
2
1
1
2
-
2
2
-
1
-
2
3
2
2
2
2
. . .
3
MA015a
3
2
3
2
1
2
1
1
2
1
2
2
2
2
3
2
3
2
2
2
1
9
Carte du pêcher Jalousia x Fantasia 208 ind
G1
G4
G3
G5
G2
G7
G6
CPSCT039
Ps

PacD51
FG42d
AG56
AMPA107
D

CPPCT10a
FG10
BPPCT09a
PaCITA6
UDP96018
FG42e
PEPc
CPPCT004
MA026a
AG36
FG68
(14.9)
BPPCT041
MA024a
UDP97402
AC24
(9.5)
CPPCT036
AC31
R65P18B8
FG22
UDP98407
PC137
AG8
(22.9)
PaCITA16
BPPCT015
FG83
(11.8)
B96D14B4
AG109
CPPCT005
UDP97401
AG106
MA027a
AMPA103
CPPCT022
CPSCT008
PC80
AG25a
CPPCT24a
AMPA93
UDP98408
FG45
AG21c
BPPCT023
BPPCT025
AG116
CPPCT32b
CPSCT033
AG25b
CPPCT24b
CPPCT10a
MA015a
UDP98021
PaCITA21
CC63
(43.8)
BPPCT21a
BPPCT017
BPPCT031
AG25c
PC172
LF7
(85.1)
CPPCT32a
CPSCT006
AG104
CPPCT10b
PaCITA18
BPPCT037
PC26
(48.4)
MA040
CPPCT033
BPPCT035
CC9
(49.8)
AG46
AC47
(52.5)
FG6
(66.3)
BPPCT038
BPPCT09b
S
AC32
(53.4)
PC128
CPSCT030
AG9
(57.3)
F
G

BPPCT21b
CPPCT017

MA014a
PC7
(83.1)
PC115
FG42b
pms67
F Noyau libre D fruit non acide Ps pollen
stérilité S Fruit plat
BPPCT018
pchgms10
FG34
pchgms12
CPACT022
Nfam
UDP98022

BPPCT028
Lodgt5
M15a
(125.4)
pchgms19
pchgms17
10
Détection de QTL
Acidité du fruit pH, acidité titrable
concentrations en ac malique, citrique,
quinique, succinique, fumarique,
isocitrique Sucres soluble-solids content
(SSC) saccharose, glucose, fructose, sorbitol,
raffinose concentrations Poids du
fruit Composés phénoliques
11
QTLs for pH , TA, SSC , organic acid and sugars
in peach JxF (208 F2)
R2 and (LOD) for adjust mean on two years
Glucose
G7
9.8 (3.0)
G5
Sorbitol
8.6 (2.2)
D
pH
76.1 (40.1)
2
G6
Malic ac.
71.2 (37.3)
MA026a
Sucrose

38.6 (15.3)

Ps

T. sugars
20.8 (7.3)
BPPCT041
TA
70.8 (40.6)
CPPCT004
Citric ac.
50.1 (28.0)
T. organic ac.
73.5 (42.1)
CPSCT039

22.7 (3.7)
Malic ac.
G4
22.0 (3.3)
PaCITA6
pH
Qunic ac.
46.2 (11.6)
UDP97402
Glucose
27.7 (7.9)
Fructose
BPPCT015
24.5 (7.1)
UDP98407
T. sugars
13.7 (3.3)
Sucrose 10.9 (2.4)
AMPA103
12
Sorbitol
71.3 (21.9)
BPPCT023
Sorbitol
20.3
(6.6)

SSC
14.7
(4.9)
CPPCT24b
Glucose
27.1
(9.4)
G (71.9)
BPPCT031
Fructose
30.0
(10.5)

CPPCT10b
BPPCT035
S
BPPCT09b
(8)
(10)
nfam
F
12
Caractéristiques de Regina et de Lapins
EX cartographie du cerisier
13
(No Transcript)
14
Les fruits des deux variétés Regina et Lapins
Lapins
Regina
15
Différences de croissance entre Lapins et
Regina
Lapins
Regina
16
printemps 2003

• Croisement entre deux variétés
• Regina et Lapins 2001
• obtention de 133 hybrides 2001
• plantation en pépinière de grossissement été 2002
• transfert en verger nov 2003
• obtention des fruits à partir de 2006

Été 2004
17
Exemple dun profil microsatellite
M S R L V St 1 2
3 4 5 6 7 8 9 10
11 12 13 14 15 16 17 18 19
150 pb
130 pb
M Marqueur de poids moléculaire (10 pb,
Invitrogene) S Schneider (parent de
Regina) R Regina L Lapins V Van
(parent de Lapins) St Stella (parent de
Lapins) 1-19 Hybrides issus du croisement R
X L
18
M1 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
11 12 13 14 15 16 17 18 19 21 22 23 25
26
M2 S R L V St 27 28 29 30 31 32 33
34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45
M3 46 47 48 49 50 51 53 54 55 56 57 58
59 60 61 62 63 64 65 66 68 69 70 71
M4 72 73 74 75 76 77 78 79 81 82 83
84 85 86 87 M1
LF11
M4 72 73 74 75 76 77 78 79 81 82 83 84
85 86 87 M1
M346 47 48 49 50 51 53 54 55 56 57 58
59 60 61 62 63 64 65 66 68 69 70 71
M2 S R L V St 27 28 29 30 31 32 33
34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45
M1 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
11 12 13 14 15 16 17 18 19 21 22 23 25
26
CPPCT022
M1 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
11 12 13 14 15 16 17 18 19 21 22 23 25
26
M2 S R L V St 27 28 29 30 31 32 33
34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45
M3 46 47 48 49 50 51 53 54 55 56 57 58
59 60 61 62 63 64 65 66 68 69 70 71
M4 72 73 74 75 76 77 78 79 81 82 83 84
85 86 87 M1
CPPCT013
M1 1 2 3 4 5 6 7 8 9
10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 21 22 23
25 26
M2 S R L V St 27 28 29 30 31 32 33
34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45
M3 46 47 48 49 50 51 53 54 55 56 57 58
59 60 61 62 63 64 65 66 68 69 70 71
M4 72 73 74 75 76 77 78 79 81 82 83 84 85
86 87 M1
100
MA007a
100
100
100
100
19
Création de la matrice de données Exemple
dun marqueur pont MA007
M2 S R L V St 27 28 29 30 31 32 33
34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45
M3 46 47 48 49 50 51 53 54 55 56 57 58
59 60 61 62 63 64 65 66 68 69 70 71
M4 72 73 74 75 76 77 78 79 81 82 83 84 85
86 87 M1
a3
1 0 1 1 - 1 0 1 0 0 1 0
1 0 0 0 0 1 0 1 0 1
0 0 1 0 1 1 0 0 1 0 1 0
0 0 0 0 0 0 1 1 0 0
1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1
0 0


100
100
27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38
39 40 41 42 43 44 45
a4
M3 46 47 48 49 50 51 53 54 55 56 57 58
59 60 61 62 63 64 65 66 68 69 70 71
a1
a2
1 0 1 1 - 1 0 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 0 1 1 1 1
0 0 1 0 1 1 0 1 0 1 1
1 0 0 1 0 1 0 0 0 0
0 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0
0 1 0


Carte Régina
Carte Lapins
27 28 29 30 31 32 33 34
35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47
48 49 50 51 52 53 54 55 56 MA007 1 0 1
1 0 - 0 1 0 0 1 0 1 0 0
0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1
1 0 0 1 MA007i 1 0 0 1 - 1
0 1 0 1 1 0 1 0 1 1 1
1 0 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0
1 1 0
27 28 29 30 31 32 33 34
35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47
48 49 50 51 MA007 1 0 1 1
- 1 0 1 1 0 0 0 1 1 1
1 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1
0 MA007i 0 1 0 0 - 0 1
0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0
0 0 1 1 0 1 0 0 1
20
Carte de liaisons génétiques de Regina
R7
R2
R3
R4
R5
R6
R1
ssrPaCITA11
UDP98411
(0)
CPPCT008
(0)
EMPA014
(0)
BPPCT026
(0)
PaCITA17
(0)
CPPCT016
(0)
LOD gt 4
CPPCT022
(3.7)
CPDCT045
(0)
PaCITA16
(11.6)
BPPCT002
(26.8)
CPPCT036
(15.9)
UDP96001
(19.8)
PacD51
(19.8)
UCD_CH18
(4.1)
CPPCT033
(27.4)
LOD gt 3
CPDCT025
(17.0)
EMPaS06
(9.6)
BPPCT034
(27.7)
pchcms4
(0)
CPPCT013
(35.3)
UCD_CH14
(32.1)
EMPaS01
(34.1)
PMS3
(17.9)
PS08e8
(48.3)
PaCITA10
(33.9)
EMPA15
(28.6)
MA005c
(43.0)
BPPCT037
(50.2)
EMPA001
(17.7)
LF11
(29.5)
EMPA4
(63.7)
MA039a
(50.0)
CPSCT039
(30.3)
PMS49
(46.2)
pchcms1
(62.3)
BPPCT010
(40.8)
PaCITA5
(30.3)
EMPaS12
(64.0)
CPSCT029
(63.7)
BPPCT005
(53.9)
MA007a
(60.4)
BPPCT014
(77.6)
LOD gt 3
PMS40
(54.9)
LODgt3
UCD_CH31
(40.3)
R8
BPPCT040
(62.0)

UCD_CH11
(66.3)
CPDCT022
(89.4)
UDP98021
(0)
UDP97402
(71.5)
AMPA101
(0)
MA040a
(11.1)
CPPCT006
(0)
EMPaS10
(81.7)
MA019a
(5.4)
PaCITA18
(45.5)
CPSCT021
(82.9)
CPSCT022
EMPA018
(8.1)
LF7
(15.6)
(90.4)
M12A
(89.1)
AMPA121
(29.5)
PaCITA16
(91.8)
UCD_CH21
(89.7)
UDP96005
(65.8)
UDP97403
(26.1)
(99.1)
AMPA103
LODgt4
PceGA34
(105.6)
PS12a2
M4C
(86.0)
UDP98410
(106.6)
UDP96008
(48.8)

8 groupes de liaisons (assignés suivant la carte
de référence) Taille 711,2 cM 75 marqueurs
liés, un non lié PceGa25 En vert les
marqueurs microsatellites rajoutés à la
carte Marqueurs distordus, significatif s au
risque de 0,001 lt P lt 0,01 , P lt 0,001

PMS67
(107.9)
ECUPP8937
(134.9)
UDP98022
(145.4)
21
Carte de liaisons génétiques de Lapins
L1a
L2
L3
L4
L5
L6
L7
CPPCT022
(0)
PaCITA11
(0)
CPPCT016
(0)
PaCITA4
(0)
BPPCT037
(0)
UDP98-021
CPPCT029
(0)
LODgt3
EMPaS05
(4.7)
AMPA110
(7.6)
BPPCT002
(0)
(10.3)
CPDCT025
EMPaS11
(15.1)
PacD51
(10.2)
CPSCT029
(1.0)
PMS3
(13.9)
BPPCT034
(4.3)
(13.2)
CPSCT033
UCD_CH18
(16.3)
MA005c
(21.8)
(30.7)
CPPCT013
pchcms4
(34.8)

pchcms5
(27.9)
EMPaS06
(18.7)
UCD_CH11
(30.7)
(36.7)
CPDCT016
AMPA106
(46.8)
CPDCT045
(27.7)
MA007a
(33.1)

UDP98021
(36.7)
(31.3)
CPPCT033
CPSCT021
(41.9)
PMS40
(43.4)
(54.2)
CPDCT022
EMPA001
(48.6)
UCD_CH21
(47.5)
BPPCT040
(49.0)

MA040a
(56.9)
(56.0)
CPSCT022
CPSCT034
(49.1)
UDP97402
(60.8)
PaCITA18
(57.6)
PS08e8
(59.0)
UDP98410
(53.6)
BPPCT014
(68.9)
L1b
PceGA34
(59.0)
UCD_CH31
(60.1)
PMS67
(0)
pchgms1
(74.0)
PceGa59
(77.8)

ECUPP1169
(86.9)
M3B
(25.3)
9 groupes de liaisons (assignés suivant la carte
de référence) Taille 534,8 cM 60 marqueurs
liés, quatre non liés En vert les marqueurs
microsatellites rajoutés à la carte Marqueurs
distordus, significatif s au risque de P lt 0,001

M4C
(92.3)

L8
EMPA11
(34.4)
(0)
EMPA18
UDP96005
(116.8)

ECUPP8937
(44.8)
CPDCT034
(16.0)

UDP98022
(59.2)
22
Comparaison des cartes de Regina et de Lapins.
G1
G2
G3
CPPCT016
CPPCT016
UDP98411
EMPA014
ssrPaCITA4
EMPaS05
PacD51
BPPCT002
CPDCT025
PacD51
ssrPaCITA16
G4
pchcms4
pchcms4
BPPCT034
CPDCT045
ssrPaCITA11
AMPA106
CPDCT025
EMPA001
UCD-CH18
AMPA110
MA005c
BPPCT002
EMPaS06
EMPA001
ssrPaCITA5
PMS3
BPPCT034
ssrPaCITA10
PMS3
PMS49
UCD-CH18
ssrPaCITA18
UCD-CH31
MA005c
EMPA15
EMPaS06
LF11
MA007a
MA039a
UCD-CH31
UCD-CH11
ssrPaCITA18
CPDCT045
CPSCT039
MA007a
PceGa59
UDP96005
UCD-CH11
PMS40
BPPCT010
EMPaS12
CPSCT021
BPPCT005
M4C
M4C
BPPCT040
AMPA101
CPSCT021
UCD-CH21
PMS40
UDP97402
UDP96005
PMS67
PMS67
CPSCT034
BPPCT040
UCD-CH21
UDP97403
UDP97402
ECU8PP937
UDP98410
M3B
PceGA34
EMPaS10
PceGA34
EMPA11
UDP98022
UDP96008
M12A
pchgms1
ECUPP8937
UDP98410
ssrPaCITA16
UDP98022
AMPA103
23
G5
G6
G7
CPPCT008
BPPCT026
ssrPaCITA17
CPPCT022
CPPCT022
CPPCT036
UDP96001
CPSCT033
CPPCT033
CPPCT013
BPPCT037
EMPaS01
UCD-CH14
EMPaS11
BPPCT037
CPPCT033
EMPA4
PS08e8
CPPCT013
pchcms1
CPPCT029
CPDCT016
CPSCT029
PS08e8
BPPCT014
CPSCT029
CPDCT022
UDP98021
CPDCT022
CPSCT022
pchcms5
ECUPP1169
CPSCT022
MA040a
G8
BPPCT014
UDP98021
CPDCT034
CPPCT006
LF7
MA019a
EMPA018
MA040a
EMPA18
AMPA121
24
Carte Prunier myrobolan (P.2175) et
amandier-pêcher (GN22)
G1
G4
G2
G3
P.2175
GN22
P.2175
GN22
P.2175
GN22
P.2175
GN22
ssrPaCITA6 (0)
RMiaNem (0)
CPSCT039 ((0)
MA034a (0)
CPPCT010c (0)
MA034a (0)
BPPCT006 (0)
AMPA93 (0)
CPPCT016 (7.3)
MA040a (7.4)
BPPCT010 (13.1)
ssrPaCITA27 (1.5)
LODgt4.7
ssrPaCITA27 (17.3)
BPPCT010 (0)
UDP96018 (8.5)
AMPA101 (7.4)
UDP97403 (6.5)
UDP98025 (15.2)
CPSCT039b (13.1)
STSOPA11 (30.7)
PacD51 (8.5)
AMPA110 (4.8)
UDP97403 (18.2)
CPSCT007c (15.5)
PacD51 (0)
MP117 (14.4)
AMPA115 (23.6)
MA024a (30.7)
CPPCT024 (17.6)
BPPCT007 (9.2)
BPPCT007 (18.2)
ssrPaCITA11 (11.2)
AMPA110 (14.4)
AMPA106 (38.7)
BPPCT019 (18.8)
Pms30 (19.6)
UDP98025 (32.1)
ssrPaCITA5 (45.3)
ssrPaCITA25 (11.2)
ssrPaCITA25(16.9)
CPSCT007a (23.4)
ssrPaCITA23 (9.2)
BPPCT039 (25.6)
BPPCT004 (47.2)
ssrPaCITA5 (21.8)
CPPCT010a (45.3)
Pms3 (18.2)
BPPCT004 (31.2)
CPPCT005 (11.2)
MA039a (42.4)
PceGA59 (56.0)
MA005c (60.9)
CPPCT005 (18.2)
BPPCT001 (35.5)
Pms30 (11.8)
CPPCT002 (47.3)
UDP96005 (62.2)
UDP98024 (12.6)
BPPCT034 (37.3)
BPPCT001 (62.2)
UDP98024 (18.2)
LODgt3.2
ssrPaCITA10 (49.4)
CPSCT036 (64.3)
CPPCT027 (25.5)
Pms3 (14.6)
BPPCT002 (42.7)
BPPCT039 (29.3)
BPPCT034 (65.6)
ssrPaCITA4 (51.4)
BPPCT022 (71.1)
Pchgms2 (22.3)
M1A (46.6)
MA015a (55.9)
M4C (72.3)
CPACT045 (30.8)
BPPCT002 (65.6)
CPACT045 (37.8)
UDP96013 (48.4)
ssrPaCITA10 (64.9)
CPPCT003 (72.3)
UDP96008 (60.5)
BPPCT040 (44.8)
PceGA59 (42.3)
BPPCT013 (69.0)
BPPCT040 (39.8)
BPPCT013 (51.1)
Pchgms3 (77.1)
CPSCT035 (65.8)
Pchgms5 (52.1)
UDP98411 (57.3)
UDP96013 (75.4)
CPPCT034 (82.4)
ssrPaCITA4 (66.4)
M12A (54.9)
AMPA119 (67.2)
MA007a (57.3)
M12A (61.6)
ssrPaCITA7 (89.3)
UDP98411 (80.5)
LODgt2.8
CPSCT007b (78.8)
Pchgms1 (65.7)
UDP96005 (47.6)
BPPCT020 (89.3)
CPPCT003b (63.3)
CPSCT035 (81.1)
MA007a (80.5)
BPPCT030 (78.4)
MA030a (90.4)
PS12a2 (78.8)
UDP96003 (66.6)
UDP98406 (81.6)
BPPCT024 (92.4)
BPPCT027 (90.4)
AMPA119 (85.2)
UDP97402 (72.3)
CPSCT021 (84.2)
Pms67 (90.4)
Pchgms1 (101.1)
CPPCT026 (81.6)
AMPA120 (79.2)
UDP98410 (85.4)
CPPCT026 (97.0)
BPPCT030 (102.2)
BPPCT016 (115.1)
CPSCT034 (95.5)
AMPA103 (85.5)
UDP98406 (109.8)
CPPCT019 (119.4)
BPPCT023 (89.7)
CPPCT019 (105.5)
M3B (119.4)
CPSCT021 (110.9)
PS12a2 (99.7)
CPPCT010b (120.8)
PceGA34 (112.4)
BPPCT031 (112.2)
AMPA109 (120.8)
SAM pour la résistance aux nématodes Rmi, Ma
CPSCT034 (117.7)
BPPCT028 (118.2)
BPPCT011 (122.8)
CPPCT029 (125.8)
BPPCT028 (131.6)
M15A (131.6)
25
G5
G6
G7
G8
P.2175
GN22
P.2175
GN22
P.2175
GN22
P.2175
GN22
CPPCT036 (0)
AMPA105 (0)
BPPCT008 (0)
CPSCT039a (0)
AMPA107 (0)
AMPA107 (0)
AMPA105 (5.1)
AMPA100 (6.8)
PacD30 (5.1)
SSR 96D14-B4 (12.4)
SSR13C23 (13.5)
BPPCT026 (5.1)
CPPCT008 (12.8)
UDP97401 (6.9)
SCARAL19 (12.4)
BPPCT026 (13.4)
CPPCT009 (18.3)
CPPCT022 (13.5)
UDP98407 (22.2)
UDP98416 (12.8)
Ma (12.4)
BPPCT017 (21.0)
CPPCT013 (24.9)
UDP96001 (22.1)
PceGA25 (24.9)
Pchgms6 (20.4)
SCAFLP2 (12.4)
CPSCT011 (25.7)
CPSCT006 (24.9)
BPPCT008 (40.9)
BPPCT037 (25.1)
SSR 81P4-B7 (12.4)
UDP98408 (26.8)
Pchgms4 (27.0)
MA027a (42.5)
UDP98407 (49.7)
LODgt4.1
CPACT016 (27.0)
Pchgms6 (16.2)
Pchcms1 (31.3)
CPPCT003d (52.9)
UDP98405 (33.1)
BPPCT038 (0.0)
BPPCT038 (31.3)
BPPCT032 (4.3)
CPSCT042 (50.2)
CPPCT025 (37.4)
MA006b (54.2)
CPSCT042 (55.8)
BPPCT014 (39.4)
Gr (55.3)
BPPCT025 (45.9)
BPPCT032 (48.9)
MA020a (57.4)
CPPCT033 (64.9)
CPSCT012 (55.3)
CPPCT033 (57.4)
BPPCT033 (57.3)
MA021a (58.9)
MA020a (66.0)
MA040a (65.0)
CPPCT24a (57.3)
PacD12 (58.9)
PacD12 (68.0)
CPPCT023 (59.5)
Pms2 (63.3)
Pchcms5 (60.6)
Pms2 (69.2)
Pchcms2 (67.3)
MA027a (68.2)
Pchcms2 (70.4)
CPPCT007 (82.6)
BPPCT025 (71.7)
CPPCT007 (75.5)
CPPCT001 (79.9)
LF11 (85.9)
PS8e8 (95.9)
UDP98412 (87.1)
BPPCT018 (96.7)
Clonage de Ma
LF7 (99.0)
AMPA121 (99.0)
CPPCT030 (102.5)
UDP98021 (131.1)
26
Conclusion Utilisation variée des cartes
génétiques
Identifier les régions du génome contrôlant un
caractère agronomique Marqueurs liés à un
caractère agronomique sélection assistée par
marqueurs (SAM) Cartographie fine clonage de
gènes Localiser des régions impliquées dans des
caractères complexes QTL Comparaison des
cartes étude de synténie Organisation des
génomes (ancêtre commun) Prédiction de
localisation de gènes
27
Localisation rapide de marqueurs parbin mapping
Selective Mapping A strategy for optimizing the
construction of high-density linkage maps Vision
et al, Genetics, 2000

• utilisation dune carte génétique saturée
  (Texas x Earlygold),
• choisir quelques individus de la population (6),
• fragmenter le génome en petites portions ou
  bins (61),
• test des nouveaux marqueurs sur les 6 individus
  choisis,
• déduction des bins, localisation approximative
  des marqueurs,
• choix des marqueurs à cartographier sur dautres
  cartes génétiques
• Regina Lapins.

• baliser un autre génome avec des marqueurs de
  façon ciblée,
• relier des groupes de liaisons au sein dun même
  chromosome
• complèter les études de synténie.

28
plantes F2 TxE
left boundary
right boundary
interval
5
12
23
30
34
83
BIN
B
H
B
H
H
H
1
0,0
15,0
15,0
H
H
B
H
H
H
2
15,0
16,3
1,3
A
H
B
H
H
H
3
16,3
28,9
12,6
A
H
B
H
H
B
4
28,9
30,2
1,3
Groupe 1
A
A
B
H
H
B
5
30,2
37,5
7,4
A
A
B
H
B
B
6
37,5
57,5
20,0
A
A
B
H
B
H
7
57,5
58,9
1,3
A
H
B
H
B
H
8
58,9
63,1
4,2
A
B
B
H
B
H
9
63,1
72,9
9,9
A
B
B
H
H
H
10
72,9
78,0
5,1
H
B
B
H
H
H
11
78,0
83,5
5,5
83,5
A
B
H
A
A
H
12
0,0
2,4
2,4
A
H
H
A
A
H
13
2,4
9,4
7,0
H
H
H
A
A
H
14
9,4
15,4
6,0
Groupe 2
H
H
A
A
A
H
15
15,4
20,3
4,9
B
H
A
A
A
H
16
20,3
25,3
5,1
B
H
A
A
H
H
17
25,3
30,4
5,1
B
H
A
H
H
B
18
30,4
38,1
7,7
B
H
H
H
H
B
19
38,1
45,0
6,9
B
H
H
H
H
H
20
45,0
49,3
4,3
A homozygote Texas
H heterozygote
B homozygote Early gold
29
Construction des bins sur la carte Texas x
Earlygold
G1
G7
G5
G6
G4
G3
G2
G8
48
54
28
41
33
1
12
21
Bins
40
27
61
47
53
20
32
11
30
Bin 33 G5
Bin 28 G4
Bin 55 G8
Bin 48 G7
Bin 47 G6
Bin 40 G5
31
Puissance de la stratégie Bin mapping
R1 (2003)
Bin
R1 (2004)
1 1 3 5 6 9 11
(0)
CPPCT016
CPPCT016
(0)
PacD51
(19.8)
LOD gt 3
(19.8)
pchcms4
(0)
PacD51
pchcms4
(0)
EMPA001
(17.7)
PaCITA5
(30.3)
PaCITA5
(19.3)
UCD_CH31
(40.3)
(49.1)
PaCITA18
(45.5)
UDP96005
UDP96005
(65.8)
M4C
(76.0)
M4C
(86.0)
ECUPP8937

PMS67
(107.9)
Bin mapping'
Pms67
(105.2)
ECUPP8937
(134.9)
AGGca158
(0)
UDP98022
(145.4)
UDP98022