Comparaison et analyse combinatoire de structures biologiques arborescentes

1
Comparaison et analyse combinatoire de structures
biologiques arborescentes

• P. Ferraro
• S. Dulucq
• J. Allali
• A. Ouangraoua

2
Comparaison darchitectures de plantes
Analyse de la plasticité architecturale
E. Costes
3
Comparaison de structures secondaires dARN

• Hypothèse lien entre les similarités
  structurelles et fonctionnelles des molécules
  dARN

• Approche comparative visant à inférer la fonction
  des ARN à partir de la comparaison structurelle

4
Représentation multi-échelles
Éléments structuraux
5
Représentation multi-échelles
6
 Transformation  darborescences à partir de
ces trois opérations dédition
7
Espace détat des méristèmes
Observed plant
Hypothèse déchelle
Identité structurelle quantifiée par une distance
entre arborescences Tx et Ty sont isomorphes
ssi D(Tx,Ty)0
8
Quantification du taux dauto-emboitement
Propriété T est auto-emboitée ssi son DAG est
 linéaire 
9
Application à une plante rélle
10
c.
R(T)
NEST
11
Coefficient dauto-similarité
A1
A3
A2
A5
A4
g
0.5
1.0
0.75
12
Croissance des graphes auto-similaires
An edge is transformed in a graph, (Körn, 2002)
13
Croissance des graphes auto-similaires
14
Croissance des graphes auto-similaires
15
Croissance des graphes auto-similaires
16
Croissance des graphes auto-similaires
17
Lychnis comme un exemple
18
Recherches en cours

• Définition et quantification du taux
  dauto-similarité dune plante
• Identification de répétitions dans des structures
  secondaires dARN
• Généralisation à dautres modèles arborescents
  (comparaison de musiques)

19
(No Transcript)