FASTA

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FASTA
Introducción a la Bioinformática
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Semejansas y diferencias entre FASTA y BLAST

• Ambos programas no usan el mismo sistema de
  puntaje para alinear las secuencias de las bases
  de datos emparejadas con la secuencia query.

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• ktup. Tanto FASTA como BLAST usan una estrategia
  de búsqueda inicial basada en palabras cortas.
• ktup en FASTA es el parámetro que indica el
  tamaño de la palabra utilizada en esta búsqueda
  inicial. FASTA utiliza por default ktup2,
  mientras que BLAST utiliza ktup3.

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Matrices y scores
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• Homólogos distantes. Existe una opción en FASTA
  (-F) que les permite ignorar (i.e. que no
  aparezcan en el output) secuencias altamente
  similares al query. Esto es útil, por ejemplo,
  para focalizar una búsqueda en las secuencias más
  divergentes. No existe una opción similar en
  BLAST.

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• Filtrado de secuencias de baja complejidad. Por
  default, BLAST filtra secuencias de baja
  complejidad o repeticiones. FASTA no!.Esto puede
  afectar la capacidad de discriminar falsos
  positivos, aunque FASTA provee otro tipo de
  opciones para manejar este tipo de casos.

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• Muchas secuencias son altamente repetitivas. Si
  la secuencia query contiene regiones de baja
  complejidad o repeticiones, es posible que una
  búsqueda encuentre muchas secuencias no
  relacionadas, con altos scores (por ej hits
  contra colas de poly-A o regiones ricas en
  Prolina) o repeticiones como Alu.
• BLAST permite filtrar el primer tipo de casos,
  mediante la opción -F.
• FASTA en cambio no provee esta alternativa. Es el
  usuario el que tiene que filtrar el query antes
  de realizar una búsqueda.

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• Secuencias cortas. Si buscamos un primer o un
  péptido, al utilizar BLAST debemos tener en
  cuenta que BLAST no es muy útil al respecto. Esto
  es porque BLAST tiene un límite inferior sobre la
  longitud que puede tener una palabra (ktup). En
  el caso de nucleótidos, el límite inferior es 7
  (el default es 11).
• En este sentido FASTA es mejor, porque siempre
  pueden usar ktup1. Por otra parte, en el caso
  específico de péptidos, FASTA provee algunos
  algoritmos particulares de búsqueda (fastf3,
  fasts3 y tfasf3, tfasts3).

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Versiones de FASTA

• FASTA compara secuencia de una proteína o DNA
  Query / biblioteca de secuencias de proteínas o
  DNA.
• TFASTA compara secuencia de una proteína Query /
  biblioteca de secuencias de ADN
• FASTF/TFASTF y FASTS/TFASTS compara pequeños
  fragmentos de pépticos / base de datos de
  secuencias de proteína (FASTF/FASTS) o base de
  datos de secuencias de ADN (TFASTF/TFASTS).

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• FASTX y FASTY Traduce una secuencia de ADN en
  sus 3 regiones de marco de lectura forward y
  compara estos 3 marcos con una base de datos de
  proteínas.
• TFASTX y TFASTY compara una secuencia de
  proteínas con una base de datos de ADN
  traduciendo cada secuencia de ADN en sus 6
  posibles marcos de lectura.

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• GRACIAS

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• Ejemplo
• Realizaremos un FASTA de la secuencia de M. bovis
• MBOVIS(MrWr)
• MRALIIVDVQNDFCEGGSLAVTGGAALARAISDYLAEAADYHHVVATKD
  FHIDPGDDFSGTPDYSSSWPPHCVSGTPGADFHPSLDTSAIEAVFYKGAY
  TGAYSGFEGVDENGTPLLNWLRQRGVDEVDVVGIATDHCVRQTAEDAVRN
  GLATRVLVDLTAGVSADTTVAALEEMRTASVELVCSPDGTA

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