Title: Medic
1Medicínské klasifikacní systémya nomenklatury
- Jana Zvárová Petra Precková
2Klasifikace
- Vymezení, pojmenování a trídení lékarských pojmu
není optimální. - Pro jeden pojem existuje casto více než deset
synonym. - Se zavádením výpocetní techniky v lékarství se
tento problém prohloubil potreba jednoznacnosti
zadání dat, vymezení pojmu, jejich presné
pojmenování atd.
3Kódovací systémy
- Kódovací systémy omezují variabilitu vyjadrování.
- Lze používat pouze schválené termíny a jejich
spojení podle presne stanovených pravidel. - Obvykle jsou namísto schválených termínu
používány formální kódy. - Schválené termíny nejsou razeny, ale serazeny
jsou pojmy, které reprezentují. - Napríklad chirurgické zákroky jsou rozdeleny na
zákroky na nervovém systému, na streve, na hrudi
a dále podrobneji specifikovány pro operace
srdce, plic apod.
4Kódovací systémy (2)
- Vhodný kódovací systém rychle poskytne kód pro
libovolný medicínský poznatek v prípade, že je u
daného pacienta známý.
5Tesaurus
- V mnoha prípadech je užitecné,když kódovací
systém rovnež ukazuje neschválené termíny, které
jsou užívány jako synonyma pro schválené termíny.
- Napríklad neschválený termín Connuv syndrom muže
odkázat na schválený termín primární
hyperaldesteronismus a jeho kód 255.1 - Kódovací systém, který je vybaven ješte takovou
terminologickou informací se nazývá thesaurus.
6Klasifikacní systémy
- Klasifikacní systémy jsou takové kódovací
systémy, které jsou založeny na principu
vytvárení tríd trídy tvorí agregované pojmy,
které se shodují v alespon jednom klasifikacním
atributu. - Trídy klasifikace musí pokrývat úplne vymezenou
oblast a nesmí se prekrývat. - Tvorba klasifikacních systému a nomenklatur byla
motivována predevším jejich praktickým využitím v
evidenci, trídení a statistickém zpracování
lékarské informace. - Prvotním zájmem bylo evidovat výskyt nemocí a
príciny smrti.
7Klasifikacní systémy (2)
- Každý objekt musí být razen do práve jedné trídy.
Každé tríde je prirazen kód (nezávisle na
použitém jazyku). - Klasifikace jsou užitecné pro
- analýzu skupin pacientu,
- pro vyhledání všech pacientu, kterí jsou jsi v
jistém ohledu podobní. - Klasifikace predpokládají hodnoty atributu merené
na nominální stupnici.
8Klasifikacní systémy (3)
- Struktura klasifikacního systému muže být
rozdílná. Hierarchická klasifikace vyjadruje, že
podrízený pojem nebo trída je bud specifikací
nebo soucástí nadrízeného pojmu. - Monohiearchická klasifikace má práve jednu
nadrízenou trídu pro každou trídu (krome korene
hierarchie). Polyhierarchická klasifikace
umožnuje, že daná trída muže být podrízená více
než jedné tríde. - Multidimensionální klasifikace sestávají ze dvou
ci více dílcích klasifikací. Zde je zapotrebí
klasifikacní atribut pro každou dílcí
klasifikaci, která popisují objekt v ruzných
sémantických dimenzích. Objekt je potom
klasifikován v každé dílcí klasifikaci oddelene.
- Typické dimenze v multidimenzionální klasifikaci
jsou etiologie, topografie a patologie.
9Klasifikacní systémy (4)
- Príklad
- Monohierarchická a jednodimenzionální klasifikace
je napríklad - D1 Disorders of fat metabolism
- D11 Hyperlipidemia
- D12 Lipoproteinemia
- D121 Tanier Disease
- D122 A-Beta-lipoptoteinemia
- D123 Other lipoproteinemi
- D13 Other disorders of fat metabolism
- D2 Disorders of carbohydrate metabolism
- Další dimenze pro etiologii muže obsahovat trídy
- A1 nutritional
- A2 congenital
- A3 mixed or other etiology
- Spolecne s první dimenzí vytvárí
dvoudimenzionální klasifikaci. Tedy
Hyperlipidemie zpusobená stravovacími návyky je
kódována jako A1-D11.
10Nomenklatura
- Nomenklatura je systematicky vytvárená množina
autorizovaných termínu (deskriptoru) pro danou
oblast. - Na rozdíl od klasifikace, cílem nomenklatury není
zaradit objekt do kategorie, ale popsat jej
jednoznacne a presne, aby se dal dále zpracovávat
(napríklad vybrat pacienty s danou kombinací
atributu, zpracovat informaci o pacientovi s
upozornením na kontraindikace).
11Indikátory kvality vyhledávání
- Merení kvality vyhledávacího procesu znamená
- zjistit, zda všechny relevantní prípady
(pacienti) byly vyhledány, - zda vyhledané prípady (pacienti) jsou relevantní.
- Indikátory kvality jsou potom
- Míra presnosti (Precision) Udává podíl vybraných
prípadu, které jsou relevantní položenému dotazu. - Míra úplnosti (Recall) Udává podíl vyhledaných
relevantních prípadu ze všech relevantních
prípadu.
12Indikátory kvality vyhledávání
Stav Vyhledané S Nevyhledané non S CELKEM
Relevantní R R, S R, non S ztráta R
Nerelevantní non R non R, S šum non R, non S (D-R)
Celkem S (D-S) D
Míra presnosti(R,S)/S
Míra úplnosti (R,S)/R
13(http//www.who.int/classifications/icd/en/)
ICD International Classification of Diseases
- Základy položil v roce 1855 William Farr.
- V roce 1948 prejata Svetovou zdravotnickou
organizací WHO (v této dobe již šlo o 6.
revizi). - Vyhovuje pro úcely statistiky diagnóz, vyplácení
výloh, nikoli však pro další kódování komplexní
lékarské informace chybí zde napr. pojmy pro
príznaky a terapii. - Snaha posledních revizí co nejpodrobnejší
klasifikace (místo první císlice je písmeno
latinské abecedy, další místa jsou císlice). - V soucasné dobe ICD-10
- Ceská verze - MKN Mezinárodní klasifikace nemocí
14(No Transcript)
15http//www.snomed.org/
SNOMED
- Systematized Nomenclature of Medicine
- Prvne publikován v roce 1965.
- Detailní klinická referencní terminologie.
- Založená na kódování.
- Obsahuje více než 300 000 pojmu vztahujících se
ke zdravotnictví - Umožnuje využívat zdravotnické informace kdykoli
a kdekoli je to potreba.
16SNOMED (2)
- Poskytuje spolecný jazyk, který umožnuje
konzistentní zpusob získávání, sdílení a
shromaždování zdravotnických dat od ruzných
klinických skupin, mezi které patrí
ošetrovatelství, medicína, laboratore, lékárny i
veterinární medicína - Používán ve více než 40 státech.
17SNOMED (3)
- Umožnuje popis jakékoli situace v medicíne pomocí
11 úrovní dimenzí topografie (T) morfologie
(M) funkce (F) živé organismy (L) fyzictí
cinitelé, aktivity a síly (A) chemikálie, léky a
biologické produkty (C) procedury (P)
zamestnání (J) sociální kontext (S)
nemoci/diagnózy (D) obecné (G). - Jednotlivé pojmy jsou oznacovány zkratkou dimenze
a 5-místným zvláštním kódem, kde je využíváno
císel 0-9. - Jednotlivá místa kódu smerem doprava stále
zpresnují obsah popisovaného pojmu.
18SNOMED (4)
19SNOMED (5)
20SNOMED (6)
21SNOMED (7)
22Srovnání SNOMED a ICD
- ICD systém kódu pouze pro diagnózy, nikoli však
pro príznaky, lécebné a diagnostické zákroky
apod. - SNOMED znacne rozpracovaná hierarchie
zjednodušuje práci pocítace s lékarskými pojmy. - Obsahuje úplný seznam synonym, který umožnuje
zakódování slova i v prípade volného vyjádrení v
lékarském jazyce.
23MeSH
http//www.nlm.nih.gov/mesh/
- Medical Subject Headings
- Slovník kontrolovaný NLM v USA.
- Tvorí ho skupina pojmu, které hierarchicky
pojmenovávají klícová slova a tato hierarchie
napomáhá pri vyhledávání na ruzných úrovních
specificnosti - Klícová slova jsou usporádána jak abecedne tak i
hierarchicky. - Na nejobecnejší úrovni hierarchické struktury
jsou široké pojmy jako napr. anatomie nebo
mentální onemocnení - Hierarchie je jedenáctistupnová.
24MeSH (2)
- NLM využívá MeSH k indexování clánku ze 4600
svetových predních biomedicínských casopisu pro
databázi MEDLINE/PubMED. - Využívá se také pro databázi katalogizující
knihy, dokumenty a audiovizuální materiály. - Každý bibliografický odkaz je spojován se
skupinou termínu v MeSH. - Vyhledávací dotazy používají také slovní zásobu
z MeSH, aby našly clánky na požadované téma.
25MeSH (3)
- Specialisté vytvárející MeSH slovník prubežne
aktualizují a kontrolují sbírají nové pojmy,
které se zacínají objevovat ve vedecké literature
nebo ve vznikajících oblastech výzkumu, definují
tyto pojmy v rámci obsahu existujícího slovníku a
doporucují jejich pridání do slovníku MeSH. - Existuje ceský preklad MeSH.
26(No Transcript)
27LOINC
http//www.regenstrief.org/medinformatics/loinc/
- Logical Observations Identifiers, Names, Codes
- Klinická terminologie duležitá pro laboratorní
testy a laboratorní výsledky. - V roce 1999 prijato organizací HL7 jako
preferované kódování pro názvy laboratorních
testu a klinických pozorování. - Více než 30 000 ruzných termínu.
- Mapovací program Regenstrief LOINC Mapping
Assistant (RELMATM) pomáhá pri mapování
lokálních kódu ruzných testu na kódy LOINC.
28SNOMED Clinical Terms
http//www.snomed.org/snomedct/index.html
- SNOMED RT Clinical Terms Version 3 (Read Codes
CTV3) - SNOMED RT Systematized Nomenclature of Medicine
Reference Terminology College of American
Pathologists - slouží jako spolecná referencní terminologie pro
shromaždování a získávání zdravotnických dat
zaznamenaných organizacemi nebo jednotlivci.
- Clinical Terms Version 3 (Read Codes CTV3)
United Kingdoms National Health Service - 1980 mechanismus pro ukládání strukturovaných
informací o primární péci ve Velké Británii.
29SNOMED Clinical Terms (2)
- 1999 CAP a NHS spojily dve terminologie.
- SNOMED CT vysoce komplexní terminologie.
- Na vytvárení se podílí kolem 50 lékaru, sester,
asistentu, lékárníku, informatiku a dalších
zdravotnických odborníku z USA a Velké Británie. - Speciální terminologické skupiny pro specifické
terminologické oblasti ošetrovatelství,
farmacie, - Více než 770 000 klinických konceptu.
- Více než 900 000 sémantických vztahu.
30http//www.who.int/classifications/icd/adaptations
/oncology/en/
ICD-O
- Rozšírení ICD pro kódování onkologie.
- Poprvé publikována WHO v roce 1976.
- 4-dimenzionální topografie, morfologie, prubeh,
diferenciace. - Dimenze jsou urceny pro trídení morfologických
typu nádoru. - V soucasné dobe se používá její tretí verze
(ICD-O-3)
31TNM Classification of Malignant Tumours
http//www.uicc.org
- Klinická klasifikace maligních nádoru.
- Primary tumour (T)
- Regional lymph nodes (N)
- Distant metastasis (M)
- Pro úcely srovnávání terapeutických studií.
- Vychází z poznatku, že pro prognózu onemocnení je
zvlášte duležitá lokalizace a šírení tumoru. - V soucasné dobe 6. verze.
32DSM - Diagnostic and Statistical Manual of Mental
Disorders
http//dsmivtr.org/
- Psychiatrická nomenklatura.
- Obsahuje i definice jednotlivých pojmu.
- Velice propracovaná.
- Uzavrený systém bez návaznosti na další obory
lékarství. - V soucasné dobe 4. verze DSM-IV
- 317 Mild Mental Retardation (mírná mentální
retardace) - 318.0 Moderate Mental Retardation (prumerná
mentální retardace) - 318.1 Severe Mental Retardation (vážná mentální
retardace) - 318.2 Profound Mental Retardation (hluboká
mentální retardace) - 319 Mental Retardation, Severity Unspecified
(mentální retardace, vážnost nespecifikována)
33Další
- AI/RHEUM
- Alternative Billing Concepts
- Alcohol and Other Drug Thesaurus
- Beth Israel Vocabulary
- Canonical Clinical Problem Statement System
- Clinical Classifications Software
- Current Dental Terminology 2005 (CDT-5), 5
- COSTAR
- Medical Entities Dictionary
- Physicians' Current Procedural Terminology
- International Classification of Primary Care
- McMaster University Epidemiology Terms
- CRISP Thesaurus
- COSTART
- Diseases Database
- DSM-III-R
- DSM-IV
- DXplain
- Gene Ontology
- HCPCS Version of Current Dental Terminology 2005
(CDT-5), 5 - Healthcare Common Procedure Coding System
- Home Health Care Classification
- Health Level Seven Vocabulary
- Master Drug Data Base
- Medical Dictionary for Regulatory Activities
Terminology (MedDRA) - MEDLINE
- Multum MediSource Lexicon
- NANDA nursing diagnoses definitions
classification - NCBI Taxonomy
34Konverzní nástroje
- Rostoucí pocet klasifikacních systému a
nomenklatur (gt100) si vyžádal vytvárení ruzných
konverzních nástroju pro prevod mezi hlavními
klasifikacními systémy a pro prenos informací
mezi ruznými datovými bázemi - Jsou vytváreny tzv. metatezaury zachycujía
propojují informace z ruzných heterogenních
zdroju - Nejrozsáhlejší projekt UMLS.
35http//www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/umls.html
UMLS
- Unified Medical Language System
- Vývoj zacal v roce 1986 v Národní lékarské
knihovne v USA jako Long-term RD project. - UMLS znalostní zdroje jsou univerzální nejsou
optimalizované pro jednotlivé aplikace. - Obsahuje více než 730 000 biomedicínských termínu
z více než 50 biomedicínských slovníku.
36UMLS (2)
- Inteligentní automatizovaný systém, který
rozumí biomedicínským termínum a jejich vztahum
a využívá tohoto porozumení ke ctení a
organizování informací ze strojove
zpracovatelných zdroju. - Cíl kompenzace terminologických a kódových
rozdílu techto nesourodých systému a soucasne i
jazykových variací uživatelu. - Vícejazycný slovník císelníku (MeSH, ICD, CPT,
DSM, SNOMED, ) na velkokapacitním médiu to
umožnuje prevod kódovaných termínu mezi ruznými
klasifikacními systémy.
37Znalostní zdroje UMLS
- Metathesaurus
- Semantic Network obsahuje informaceo
sémantických druzích a jejich vztazích. - SPECIALIST lexicon každé slovo nebo termín
zaznamenává syntaktické, morfologické a
ortografické informace.
38http//www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/umlsmeta.ht
ml
UMLS Metathesaurus
- Rozsáhlá, víceúcelová a vícejazycná lexikonová
databáze. - Zahrnuje informace o biomedicínských,
zdravotnických a jim príbuzným pojmech. - Obsahuje jejich ruzné názvy a vztahy mezi nimi.
39UMLS Metathesaurus (2)
- Vznikl z elektronických verzí mnoha ruzných
thesauru, klasifikací, souboru kódu - SNOMED International (Systematized Nomenclature
of
Medicine) - MeSH (Medical Suggested Headings)
- AOD (Alcohol and Other Drugs thesaurus)
- Read Codes
- ICD-10 (International Classification of
Diseases) -
40UMLS Metathesaurus (3)
- Hlavní cíl spojení alternativních názvu stejných
pojmu a identifikování užitecných vztahu mezi
ruznými pojmy. -
- Pokud ruzné slovníky používají stejný název pro
ruzné termíny,v Metatezauru se objeví oba
významy a ukáže se v nem, který význam je použit
v kterém slovníku. - Pokud se stejný termín objevuje v ruzných
slovnících v ruzných hierarchických kontextech,
v Metatezauru jsou zachyceny všechny tyto
hierarchie. - Metatezaurus nepodává jeden konzistentní pohled,
ale zachovává mnoho pohledu, které jsou obsaženy
ve zdrojových slovnících.
41UMLS Knowledge Source Server
http//umlsks.nlm.nih.gov/
- Pocítacová aplikace, která poskytuje internetový
prístup ke znalostním a príbuzným zdrojum. - Cíl zprístupnení UMLS dat uživatelum.
- Systémová architektura umožnuje vzdáleným
uživatelum poslat dotaz do NLM.
42UMLS Knowledge Source Server (UMLSKS)
43verze
vložit termín
44zadaný termín
Concept Unique Identifier
sémantický druh
definice
synonyma
45(No Transcript)