Peignage mol

1
Le peignage moléculaire de l'ADN génomique Un
nouveau test diagnostique de la Dystrophie
Facio-Scapulo-Humérale
Karine Nguyen, Pierre Walrafen, Charlène Chaix,
Catherine Vovan, Rafaelle Bernard, Shahram
Attarian, Jean Pouget, Nathalie Dufrane, Anne
Vannier, Aaron Bensimon, Nicolas Lévy Département
de Génétique Médicale /UMR Inserm U 910 Marseille
2
FSHD une maladie génétique complexe

• 3ème dystrophie musculaire en fréquence (1/10000
  à 1/20000)
• Autosomique dominante à pénétrance incomplète et
  expressivité variable
• 1/3 de cas sporadiques
• pénétrance incomplète
• mutations de novo
• mosaïques somatiques

3
FSHD une anomalie moléculaire complexe
Locus 4q35
normal 11 - gt100 répétitions (35 - gt300 Kb)
Homologie 10q26
FRG2
TUB4Q
FRG1
D4Z4
Telomere
DUX4C
FSHD 1 - 10 répétitions (lt 35 Kb)
D4Z4
Telomere
DUX4C
4qB
D4Z4
Telomere
DUX4C
normal
4qA
Telomere
D4Z4
DUX4C
FSHD
4
FSHD un diagnostic moléculaire complexe
Chr. 4
Chr. 10
2
3
E
E/B
E/B
E/B
E
E
PFGE
EcoRI
p13E11
BlnI
Southern blot sur ADN génomique
EcoRI
5
FSHD un diagnostic moléculaire complexe

• L'exploration des patients est incomplète
• Environ 20 de diagnostic ambigu
• Variants génomiques mal diagnostiqués
• Mosaiques somatiques fréquentes
• Translocations entre D4Z4 du chr4 et du chr10
• Délétions non canoniques (p13E11)

2 UR
E EB
E EB
E EB
6
La technologie le peignage moléculaire de l'ADN

• Analyse d'une molécule d'ADN génomique unique
• molécules d'ADN de haut poids moléculaire,
  individualisées, étirées, fixées, linéaires et
  parallèles
• Facteur d'étirement constant, conversion 1µm 2
  kb
• 100 génomes sur une lame, fibres de 100kb à 2 Mb
  de long

Bensimon et al., Science 1994
2.106
7
Le peignage moléculaire de l'ADNcouplé au Code
Barre Génomique
106
Répétitions
Distance
Longueur
Couleur
Cartographie physique de grandes régions
génomiques à la résolution de 1 kb et à l'échelle
d'une molécule d'ADN unique
8
Cartographie physique du locus FSHDdesign des
sondes
chr. 10
chr. 4
4 ?10
qA ? qB
9
FSHD résultats
Visualisation directe des 4 allèles chez un
patient
10 kb
10
FSHD résultats
4q
4q
10q
10q
11
FSHD mosaïque somatique
12
FSHD mosaïque somatique
4q
4q
10q
4q
10q
10 kb
13
FSHD résultats
50 kb
10 kb
20 kb
10q
D4Z4
Remaniements complexes
14
Le peignage moléculaire de l'ADN

• Le peignage comme nouveau test diagnostique de la
  FSHD
• Visualisation directe et simultanée des 4 allèles
  en 1 seule manip
• Détection des mosaïques, des remaniements
  complexes
• Test rapide, fiable, sensible et spécifique
• Supprime les inconvénients liés à la technique du
  SB
• Nouvel outil de recherche pour explorer la région