SEQUENCING ITS REGIONS OF rDNA USING PRIMERS 18S

1
SEQUENCINGITS REGIONS OF rDNAUSINGPRIMERS
18S 26S KN58 KNRV
2
18S TTGATTACGTCCCTGCCCTTT 26S
TTTCACTCGCCGTTACTAAGG Vrain et al.
1992 KN58 GTATGTTTGGTTGAGGGTC
KNRVCACGCTCATACAACTGCTC
3
SEQUENCES OF 10 SPECIESS. bicornutum
18S - GTA.1016 bp.TTT - 26SS. carpocapsae
18S - GTA...987 bp.TTT - 26SS. feltiae
18S - GTA...980 bp.TTT - 26SS. glaseri
18S - GTA...988 bp.TTT - 26SS.
intermedium 18S - GTA..1061 bp....TTT - 26SS.
monticolum 18S - GTA.916 bp...TTT -
26SS.neocurtillae 18S - GTA.....968 bpTTT-
26SS. oregonense 18S - GTA ....973 bpTTT-
26SS. scapterisci 18S - GTA.959 bp....TTT-
26SS. sp 18S - GTA. .1022
bpTTT- 26S
4
LENGTH OF ITS1 5.8S ITS2 S.
bicornutum 281 157
329 S. carpocapsae 279
157 301 S. feltiae
275 157 298
S. glaseri 279
157 302 S. intermedium
302(-142) 157 349(-34)
S. monticolum 264 157
244(-139) S.neocurtillae
257 157 304 S.
oregonense 267 157
297 S. scapterisci
247(-217) 157 307 S. sp
301 158
313
C. elegans 464 154 383
5

Composition Species A C
G T AT S. bicornutum 26
17 23 34 60 S. carpocapsae
24 17 23 35 59 S.
feltiae 26 18 23
33 58 S. glaseri 24 22
27 27 51 S. intermedium 25
17 22 36 61 S. monticolum
27 17 24 32 59 S.
neocurtillae 28 15 20 37
65 S. oregonense 25 19 23
32 57 S. scapterisci 25
17 23 35 61 S. sp.
25 21 25 29 54

6
SIMILARITY RATIOS
L S. feltiae
849 S.oregonense
980 S. carpocapsae 558 S.
scapterisci 572 S. glaseri
1130 S. sp.
1000 S. intermedium 671 S. glaseri
1130
Similarity
90
89
80
58
7
S. feltiae 90 S.
oregonense S. glaseri
58 S. intermedium
8
S. bicornutum
769 µm
S. feltiae
100
849 µm
S. oregonense
980 µm
S. sp.
75
1000 µm
100
S. glaseri
1130 µm
S. carpocapsae
85
100
558 µm
S. scapterisci
66
572 µm
S.neocurtillae
100
885 µm
S. monticolum
706 µm
S. intermedium
671 µm