IDEF 1X Concept AND ERwin Operation

1
??? ??????
???? ? ??????
???? ??????
2

Charles Darwin (1809-1882)
3
(No Transcript)
4
(No Transcript)
5
(No Transcript)
6
??? ??????????

• ????
• ????(phylogeny)????????????
• ?????(phylogenetics)???????????
• ?????(phylogenetic tree)????,??????????

7
(No Transcript)
8
Willi Hennig (1913-1976) ?????(???)???
9

• ???????
• ??????????
• ???????????????
• ???????
• ???????????????????
• ????????????????
• ??????????
• ???DNA
• ????????????????

10
?????????
???? (?????)
11

• ???????
• (1)????????,???????????????????????????????????
  ?
• (2)??????????????,??????????
• (3)?????????????????????????????

12

• ??????????,????????????,????????????
• ?????????
• ????????

13
3?????????

• (1)????
• (2)??????
• (3)???????
• (4)???????

14

• ????????
• ?S(i,j)???i???j??????????

?????? ??Sr(i,j)???i?j??????????????,Smax(i,
j)??????? ?Sr(i,j)0 ???????????????,????
?????????
15

• ????
• ??
• ????
• ?????????
• ??????DNA???????????????
• ????????????????A?T?G?C

16

• ???????????????
• ?????????
• ???????
• ?????
• Fitch-Margoliash?
• ??????
• ???????????
• ?????
• ?????
• ?????
• ?????

17

• ???????????????????,?????????????????3??
• (1)??????
• ?????????,?????????????????
• (2)??????
• ???????????????????????,??????,?????
• (3)?????????
• ?????????????????????,???????

18
??? ??????????????

• ?????
• ?????????????,????????????????,??????????????????
  ???

19
10??????????
20

• ?,???????,???????
• dab 0.08
  dac
  0.45
• dbc 0.43

??????,?? ??6.2???????
21
1??????

• ????????T,??????????,?????????????????,??????
• ??,Dij???i?j???????(??????????),dij???i?j????
  ??T ????,Wij????i?j??????SSQ(T)??T????????????????
  ????Wij???1,?
• Wij 1/
  Dij2

22
2???????

• ???????????
• ??????????,????????(??????????)
• ???????????????????

????? d(x,u)min(d(y,u),d(z,u)) ??????
d(x,u)max(d(y,u),d(z,u)) ??????
d(x,u)1/2(d(y,u)d(z,u)) ??x??y?z???,u?????????
23
(No Transcript)
24
3?????????(Unweighted Pair Group Method with
Arithmetic mean, UPGMA)

• ??????????,?????????????????????????
• ?????????????,????????????????????????,????????
  ?,??????????????
• ??????????,??????????????????????????????????????
  ?

25
UPGMA????????? (1) ????????????,???n???,??????n?
?,???????1,???n????????? (2)?????? l  ????????D
ij????i?j????????(ij) l  ??i?j?????
(ij),????????,?i ?j ???(ij),??????Dij/2 l  ??????
??????    ??ni?nj?(ninj)???i??j??(ij)?????? l  
   ??????????i??j??????,??(ij)???????
????,??????????
26
(No Transcript)
27
4??????

• ????
• ????????,?????????????,?????????????????
• ??????????????????,??????????????,???????????????
  ????,?????????????,????????????
• ???????, ??????????

28
????????,???????????????????i,????????ui
??????? ui ?k?i(Dik/(n-2)) ??Dik???i???
k????? ??Dij-ui-uj???????i ???j ????
29
(No Transcript)
30

• ????
• (1)???(?UPGMA??)
• (2)??
• ?????????i,??ui ?k?I (Dik/(n-2))
• ????????i ?j ,?Dij-ui-uj??
• ?i?j?????? (ij),???????????,????????,???i?j???
  ??????
• di,(ij) 1/2Di,j 1/2(ui-uj), dj,(ij)
  1/2Di,j 1/2(uj-ui)
• ???????????
• D(ij),k 1/2(Di,k Dj,k - Di,j)
• ????i?j,???? (ij)
• ????????????,?????????????Di,j??????????? ?

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(No Transcript)
32
?6.7 ????????????????
33
(No Transcript)
34
??? ??????????????

• ????
• ??n???
• m??????????
• ???????????
• ??????????,???????????

35

• ?????nm?????M
• ??????????????????,?????????????????
• ??,?????????,???????????,?????

36
1??????
?? ??????????????????????? ???????????? ???????
??????????????????????????
37
(No Transcript)
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?????????? (1)????????,???????????????????????,??
???????,?????????DNA??????? (2)??????,?????????,?
???????????? (3)???????????(???????????),????????
??,?????????????????,?????????
39
?????????T ????????V(T)??, ????E(T),
?uj?vj??????u?v??j???, ??T????
40
???Fitch?? ????????????,???????v,??vc????????????
?????? (1) ?????v??????Sv??v???? ,?Sv
vc??v?????,??u?w?????,??Su?Sw ??,?Sv
Su?Sw?? S(v)Su?Sw ????????????,????????????????
,????????????????? (2)????Sv,???????v???c???vc???v
??????u??uc?Sv,??uc??vc,??????t?Sv??vc????????????
????????,??????,???????,??????????????????????????
??
41
(No Transcript)
42
2??????

• ??????????????????????????????
• ?????????,?????????M(M???)
• ? ?????,??P(MT)??,

43
(No Transcript)
44
3??????
?????????????????(compatibility),?????????????? ??
?,??????????? ??????????????????,??????????????,??
???????
45
?S???????? T???S?????? ???????????????????,????T??
????,???????????T?????
46
(No Transcript)
47

• ?????????
• ???????????,????????????????????
• ??
• ??????????(??)????????
• ????????????????????????????????
• ????
• ????

48
(No Transcript)
49
(No Transcript)
50

• ??????????????
• ?????
• ???????
• ?????,?????
• ???????????
• ????????????
• ?????????
• ????????????
• ?????????
• ??????????????
• ??????(pathway)???

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(No Transcript)
52
(No Transcript)
53
??????????

• (1) PHYLIP
• (2) PAUP
• (3) TREE-PUZZLE
• (4) MEGA
• (5) PAML
• (6) TreeView
• (7) VOSTORG
• (8) Fitch programs
• (9) Phylo_win
• (10) ARB
• (11) DAMBE
• (12) PAL
• (13) Bionumerics
• ?????
• http//evolution.genetics.washington.edu/phylip/so
  ftware.html

54
????????

• ?????
• 13?????????????
• (1)??????
• (2)???????

55
(No Transcript)
56

• ?????????????????,???????????????????????????????

57
(No Transcript)
58

• SARS?????????
• SARS??????????????????
• ?????
• RNA?????(???1a, 1b)
• S??(spike protein)
• E??(membrane protein)
• N??(nucleocapsid protein)??
• ???????

59
SARS?????????????????,?????????????
60
(No Transcript)
61
THE END