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1
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?????????????(lyubetsk_at_iitp.ru)

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  (http//www.iitp.ru)
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• (http//lab6.iitp.ru)

2
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3

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4

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8
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9
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Leader region 1
Leader region n
10
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11
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Lead. reg. n
12
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13
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14
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15
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Quality
Iteration
16
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Quality
Iteration
17
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• ??????????? ??????? ???????? ? ????? ???????????
  ????????
• ???????? ???? ?????????????????? ?? ?????
  ????????? ??????????? ? ??????? ?????????
  (????????? ?? ???-1000? ???, ?? 512 CPU)

18
Wavelike computation scheme
Using 2D queue of permutations (P,Q) instead of
straight one
P9(68) ? 184.2
P8(59) ? 218.7
P7(7) ? 207.7
P6(6) ? 197.6
P5(5) ? 198.8
P4(4) ? 211.7
P3(3) ? 260.6
P2(2) ? 201.6
P1(1) ? 206.0
P0(0) ? 175.8
260.6
P10(79) ? 214.2
?Q9,0(75) 260.7
?Q8,0(66) 207.7
?Q7,0(15) 227.7
?Q6,0(9) 267.2
?Q5,0(10) 276.1
?Q4,0(8) 189.7
?Q3,0(13) 211.6
?Q2,0(14) 244.9
?Q1,0(12) 242.1
?Q0,0(11) 226.6
?Q8,1(76) 204.5
?Q7,1(23) 191.0
?Q6,1(20) 287.0
?Q5,1(16) 274.0
?Q4,1(17) 213.3
?Q3,1(21) 217.8
?Q2,1(22) 212.5
?Q1,1(19) 250.1
?Q0,1(18) 178.6
250.1
287.0
?Q7,2(29) 204.5
?Q6,2(30) 254.5
?Q5,2(24) 273.6
?Q4,2(25) 195.5
?Q3,2(28) 202.8
?Q2,2(31) 195.7
?Q1,2(27) 239.1
?Q0,2(26) 190.3
n45, m201, l15,8 CPUs
?Q7,6(62) 190.0
?Q6,6(61) 275.1
?Q5,6(56) 287.9
?Q4,6(57) 196.2

?Q2,6(63) 266.0
?Q1,6(60) 249.6
?Q0,6(58) 292.0
292.0
?Q7,7(69) 198.0
?Q6,7(71) 274.0
?Q5,7(64) 279.2
?Q4,7(65) 206.5
?Q2,7(70) 267.6

?Q0,7(67) 274.0
?Q7,8(77) 193.0

?Q5,8(72) 264.4
?Q4,8(73) 184.4
?Q2,8(78) 234.2
?Q0,8(74) 202.7
19
???????????? ?????????? ????????????? ??????????
?????????? ????????????? ???????? ?????????????
??????? ? ?????? ???????
?????????????? ?????? ??????????
????????????? ????? ??????????? ?????????? ?????
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????????? ????????? ??????????? ???????.

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  MC3 ( Metropolis-Coupled Markov Chain
  Monte-Carlo)
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  ????????????
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  ?????????????? ?????????? ????????? ???????????
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20
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21
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22
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23
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24
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25
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26
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??????????????

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  (????????)

27
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28

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• ??? ???????? ??????????????????
• ?????????, ????, ????, ?????, ???????

29
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???????? ? ?????-??????????????
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VC Vibrio cholerae, VV Vibrio vulnificus, VP
Vibrio parahaemolyticus, AB Actinobacillus
actinomycetemcomitans, HI Haemophylus
influenzae, PQ Mannheimia haemolytica, VK
Pasterella multocida, YP Yersinia pestis, EO
Erwinia carotovora, TY Salmonella typhi , XCA
Xanthomonas campestris, EC Escherichia coli,
KP Klebsiella pneumoniae, SON Shewanella
oneidensis
30
???? ?????? ???????? ???????

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  ?????????. ?? ?????? ??? ???? ???????
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31
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32
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33
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34
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35
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  C, D, ??????-??? ???? ?????. ???? ??? ?????????
  ?????-??, ?? ????? ?? ?????????.

36

• TTGACATGGCTATATAAGTCATGTTATACT Arabidop
• TTGACACGGGCATATAAGGCATGTTATACT...ASpinacia
• TTCACGATATATATAAGTCATACTATACT Cycas
• TTGACATACAGATATGTCTCATATTATACT Cryptomer
• TTGACATTGATACATGGATCATATTATACT Pinus
• TTGACTTTAATAAACCATTTCTGTTATACT Welwitsch
• TTGACACGGATAGGTTTTTGTGATATGCT Adiantum
• TTGACATCAATAGATAAGTTGTGTTATACT Angiopter
• TTGACATATATGGAAAGATCATGTTATACT Psilotum
• TTGACACAAAAAGAAAGATTGTGTAATATT Huperzia
• TTGACATACTAATGGGATATGTGTAATAAT Aneura
• TTGACATAATCATATGTTATGTGTAATACT Marchantia
• TTGACATAATAATACATTTTGTGTAATACT Physcomitr
• TTGACATTTTTATACTTTACATACTATAAT Chara
• TTGACATTAGTTATACGTTTGTGCAATACT Chaetospha
• TTGACAGCTTAAGGTTAATATGTAATAAT Staurastr
• TTGACAACAGCATTAACTATCTGTAATAAT Zygnema
• TTGACAAATAAACATCATTTTGGCATAAT Mesostig
• TTGATTAATATAAATTAATTAGTTATAAT Bigelowiel

37
(No Transcript)
38

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39
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40

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  ???, ?????????? ?? ??????? 24 ? 25. ??? ??
  ?????????? ?????? p(c) ????? ??? ????? ??????????
  ??????? ??? ???? ????????? ???????.

41
??? ????? ?????? ?? ???? ?????

• 1?) ??? ??????? ????????? ?????????
• Lyubetsky, Pirogov, Rubanov, Seliverstov, 2007,
  Journal of Bioinformatics and Computational
  Biology, vol 5, no 1, p. 155-180,
• 1b) ??? ??????? ????????
• ???????????, ???????, ????????, 2009, ??????????
  ???????? ???, ??? 56, ? 5 Seliverstov, Lyubetsky
  ???????????? ????????, ????????????
• 2) ?????? ???????? ???? ?????????, ?.?. ????????
  ???????? 1? ? 1b
• ????????, ??????, ???????, 2008, ???????????
  ?????? ? ?????? ???????? ????????????? ???????
  ?????????? ????, ???, ?4 ????????, ????????
  ??????, ????????????
• ?????? ????? ???????? ?? ??????? ?? ??????
  gorbunov_at_iitp.ru

42
???? ????????????? ?????????? (???? ?????????
?????, ??? ?????????? ?? ??????????)

• 1. ????????? ????????????? ???????????? ???????
  ????????????? ??????
• ????????? ??????? ?????? ? ??????????? ??
  ??????? ?????, ??????? ??????? ?????????????
  ?????????????? ?????????, ?????? ? ??????????
  ?????, ?????? ???????? ?????????? ????? ?
  ????????? ??????, ?????????????? ??????????????
  ???????????? ??????? ?? ???????? ?????? ????? ?
  ?? ??????????????? ???????, ???????????? ????????
  ?????????????? ????????? ?????? ?????????? ?
  ?????? ?????. In the book Bioinformatics of
  Genome Regulation and Structure II. Springer
  Science Business Media, Inc. 2005

43
2. ?????????? ????? ???? ????????? ??????????
????? 2.1 ????????? ?? ??????
??????????, ???????????-??? ?-??????, ????????,
???? ileS, ??????????? ?????????-???? ?????????,
? ??????????????. BMC Microbiology, 2005, 554
???????????? ????????, 2005, 39(6) 2.2
????????? ?? ?????? ?????????? ???????????
?????????????? ????????, ????????????? ????????
??????, ? ????????? ????????? ??? ??? ???? leuA,
??????????? 2-?????????????????????, ?
?????????????? (LEU-???????). BMC
Microbiology, 2005, 554 ???????????? ????????,
2005, 39(6)
44

• 2.3 ??????? ???? ???????????? ?????????????
  ????????? (????? ?????????????? ?? ?????????????
  ???????????), ????????, ? ??????????? ????? ?????
  ilvD ??? ???? ???????? ??? ??????????.
  ????????? ? ??????
• 2.4 ????????????? ????????? ????? cysK ???????
  ???????? ? ??????????????, ??????????? ??-?????
  ??? ?????????? ???????????? ????????,
  ????????????? ???????? ??????, ??????????? ????
  ?????????? ??-?????. BMC Microbiology, 2005,
  554
• 2.5 ????????? ???? leuA ? ?????-??????????????,
  ??????????? ??? ????????? ??????? ?
  ?????????????? ?????????? (LEU1-?????????).
  ????????? ? ??????

45
2.6 ?????????, ?????????????? ????????? ???????
???????? ???, ?????, ?????????? ????????????
????????????? ???????? (mntH) ? ????????,
????????? ?? ???????? (??????-?????????
??????????? ? ??.), ? ???????. ?????????? ????
???? ????????? ? ????????? ???????? ???
????????????? ?????????? (?????????). ?????????,
? ??????2.7 ?????????????? ?????? ?
???????????? ??????? ???????? ? ???????
?????????????? ???????????? ?????????? ????????
??????? ??????? ??????????????? ? ????????????
???????? ?????? 3'-?????? ?????? ???????????????
????? (??????? ????) ??? ????? ???????????
????????? ???? ????? ??????. ?????????? ????
????? ?????? ? ?????? ???????????????? ??????????
??? ? ??? ?????????? ???????????? ?????
??????????? ?????-?????? ?? ???. ???????, 2007,
41(4)
46
3. ??????? ????? ?????? ????????? ????? ?????????
? ????????

• 3.1 ??????????? ?????-??????? ????????? ?? ??????
  ???????????? ? ????? ????????? ????? ???????
  ??????? ? ?????????????? ????? Pseudomonas ?
  Shewanella. ???????????? ????????, 2007, 41(3)
• 3.2 ??????????? ????? ??????? ?????-???????
  ?????????/?????????. ? ?????????, ???????????????
  GlpR-??????? (????????? ???????????
  ????????-3-???????). ???????????? ????????,
  2003, 37(5) ????????? ? ?.?. ? ???
  ????????????.

47
3.3 ???????? ???????????????? ????? ????????? ??
?????? ???????????? ??????????? ?-??????.
???????????? ????????, 2005, 39(6)3.4
??????????? ???????????? ????????????? ?????????
(a) ? ?????????????? (??????? ??????-?????????????
?) ? ? ????? ?? ??????????????? ?????
??????/?????????? ? ??????????? FEMS 2004, (b)
? ?????????????? BMC Microbiology, 2005, 554
48

• 3.5 ??????????? ????????? ?? ?????? ??????????
  ??????????? ??????????? ????????????????? ???
  ???? ykoE, ??????????? ??????????? ABC
  ???????????? ?????????? ???????????? ?????
  ?????????? ???????? ?????? ????? ????????
  ?????????????????, ? ?????? ??????????????
  ???????? ???
• ?????????? ??????? ????? ???? ??????????
  ????????? ? ????? ??????? ????? (????????
  ???????? ????? ?????????). ??????????????
  ????????, 2006, 6 (1)

49
4. ?????-??????? ????????? ? ?????????

• 4.1 ?????????? ?????????? ? ?????-???????
  ?????????? ?????????? ? ???????????? ???????? ?
  ??????????. Journal of Bioinformatics and
  Computational Biology, 2006, 4, 4, 783
  ?????????, 2006, 51, ???????????? ?????? 1
• 4.2 ????? ????????? ????????? ??? ?
  ??????????????? ????????????? ?????? ?
  ???????????? ? ???? ? ????????????. ?????????,
  2006, 51, ???????????? ?????? 1
• 4.3 ??????? ?????? ?????????????? ?????????
  ?????????? ????? psaA, psbA ? psbB (??? ????? ??
  ???????????) Journal of Bioinformatics and
  Computational Biology, 2006, 4(4).

50
4.4 ??????? ???????????? ?????????????? ?????????
???? ycf24 ?? ?????? ?????????? ? ?????????
??????? ?????????? ? ????????? ?? ???????
Apicomplexa (Eimeria tenella, Plasmodium spp.,
Toxoplasma gondii). ????? ????, ? T. gondii ???
????????? ?????????? ? ????? ?????? ?????,
??????? ??, ??????? ???????? ???-??????????
???? ??? ???????? ????? SufB, ??????????? ???
???????????? ?????????????????. ?????????? ????
??????? ? ????? ?????????? ?? ????????????
??????. ???. ????????, ? ??????
51
5. ????????? ?????????????? ???? ? ????????? ?
??????????????? ?? ?????-??????? ? ???????? ?
??????????

• 5.1 ??????? ??????? ???????? ?????????? ?????
  ????? ndhF, ??? ???????????? ? ??????? ????
  (Arabidopsis thaliana) ??????????? ??????? ??
  ?????-??????????? Sig4. ?????????? ????????, ?
  ??????.
• 5.2 ???????????, ??? ?????????? ? ????
  ?????-??????????? Sig4 ???-??????????
  ?????????????? ???? ???????????? ??? ? ??????
  ?????? ?????????? ???????? ? ? ???? ?? ??????
  Sig4-????????? ????????
• ??????????????? ???? sig4 ??????? ?? ???? EST ?
  ????????? Vitis vinifera ? ???? ????? ?????????
  Citrus clementina ? C. sinensis (? ?????????? ???
  ?????????). ????? ???????? ????????? sig4 ?
  ?????? Populus trichocarpa. ? Sig4-?????????
  ????????? ??????????? ? ???????????? ? ???? ?????
  ?? ??????? Eurosids II (??????? ?????????????,
  ???????? ? ??????), ? ????? ? ?????????? ???????
  ?????????????? ?????????? ?????????, ????????? ?
  ???????.

52
5.3 ??????????? Sig3-????????? ????????? ?????
????? psbN ? ???????? ???????? ? ???????? ?????!
??? ???? ??????????? ???????? ????????????
??????? ??????? ????? ????????? ?? ??????
????????? ????????.
53

• 5.4 ??????? ?????? ?????????????? ?????????????
  ????????? ?????????????? ???? ????? ?????? rbcL,
  psaA, psbA, psbB, psbE ? ??????????? ????? ??
  Streptophyta.
• ????? ????, ???????? ????? ????? psbA, ??????????
  ????? D1 ?????? ???????????, ???????? ?
  Streptophyta, ??????? ???? ???????????? ????
  Mesostigma ? Chlorocybus, ? ? ??????????
  ????????? Bigelowiella natans ?? ???????
  Cercozoa.

54
5.5 ??????? ????????? ????? ????? rps20 ?
??????????? ????? ?????????? ?????????????????
??????? ( ???????? NtcA) ? ???????????? ???????
? ????????????? ??????????. ??? ???? ???? ???
NtcA ?????? ????? ? ?????? ?????, ?????
??????????? ????????????? ??? glnB. ?
????????????? ??? ????? NtcA ? GlnB ????????? ?
????????? ????? ??????????? ????? ? ?? ????????
????????? ???????? (? ?????????, NtcA ??????????
???????????? glnB). ?? ???? ?????????
??????????? ????????? ? ???????????? ?? ?????????
??????????? ???-?????????, ???????????????? ????
?? ??????????????? ????? ???, ?????? ?????
?????????? ????????? ???????????? glnB.
55
6. ??????? ????? ?????-??????? ?????????
?????????? ??????? ?????, ?????????? ???????????
? ??????, ??????????????? ????? ?? ????????, ?
?????????? ????????? Thalassiosira pseudonana ?
? ????????? ????? Theileria ? Babesia
56
??? ???? ???????? ?????????? ??????????? ? ?????
???????? ? ????? ?????????????? ?? ???????
??????????. ?????? ?? ??????? ?????? ??????
??????????. ??????? ????? ???????????? ????? ????
????????? ? ??????????. ?????????, ??? ??????
?????? ????????? ? ???????????? ????????,
?????????? ?????? ?? ????????? ????????, ?
?????????, ?? ????????.???????? ? ??????????
?????????? ? ????????? Apicomplexa ??????, ?
??????? ?????? ??????????? ???????????. ? ??????
???????, ? ????????????? ?????????? ???????????
?????????? ? ???????????, ?.?. ???????????????
?????? ? ??????????. ??????? ????? ????????????,
??? ??? ????? ??????? ???????????? ?????????
??????? ? ?????????? ???????.