Bio-informatique Structurale

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Bio-informatique Structurale au Centre de
Biochimie Structurale (Montpellier)
http//www.cbs.cnrs.fr
22 Octobre 2003
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Programmes, serveurs Internet et bases de
données du CBS ViTO (Vincent Catherinot)
Optimisation visualisation LEA-3D (Dominique
Douguet) Conception rationnelle de
ligands RESCUE (Marc-André Delsuc)
Attribution RMN T.I.T.O. (Gilles Labesse)
Optimisation dalignements structuraux E.Q.M.
(Laetitia Martin) Analyse structurale Bioserv
(Dominique Douguet) modélisation
moléculaire Eval123D (Jean-Chrisophe Gely)
évaluation moléculaire Knottins (Laurent
Chiche) base de PPRPD DOMO 2 (Jerome Gracy)
base de domaines protéiques NMRb (Jean-Luc
Pons) base de spectres RMN
3
Bioserv
1D (Genpept, ...)
3D (PDB, MSD)
Reconnaissance de repliement
meta-server
alignements structuraux
T.I.T.O., ViTO
Sélection,Optimisation
alignement structural
Modélisation
SCWRL, MODELLER
modèles tridimensionnels
Evaluation
PROSA, Verify3D, ERRAT, ViTO, EvTREE
modèle tridimensionnel
LEA-3D, FlexX, ViTO, Fitter
RESCUE, Fireman
Criblage virtuel, conception rationnelle de
ligands
Validation expérimentale remplacement moléculaire
From molecular modelling to drug design.
Cohen-Gonsaud, Catherinot, Labesse, Douguet. In
Prog. Nucleic Acid Res. Applied
Bio-informatics, Ed. Bujnicki, (2003)
Springer-Verlag.
4
1cc8 Identity 37
1qup Identity 20
1afj Identity 22
1fxr Identity 12
5
Edition et Visualisation ViTO.
V. Catherinot G. Labesse, CBS
SH3
Nef
6
Applications de ViTO
CggR Identité 11 Effecteur naturel Declercq
et al., en préparation
Ssu72 Identité 15 (5ptp) inhibiteur 10
µM Ganem et al., EMBO J. (2003)
Cytokine bactérienne Identité 28 Activité
enzymatique Cohen-gonsaud et al., TiBS (2004)
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Criblage in silico

• Criblages effectués (40000 molécules)
• (TMPK, PknA, B D)
• 1 ligand micromolaire (TMPK)
• (7 molécules testées)

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BIOSERV http//bioserv.cbs.cnrs.fr
Fifth Community Wide Experiment on the Critical
Assessment of Techniques for Protein Structure
Prediction Asilomar Conference Center December
1 - 5th, 2002
60 protéines à modéliser avec 3 à 50
didentité de séquence avec des structures
connues
And the winners are ... the meta-servers !
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Le site KNOTTINES http//knottin.cbs.cnrs
.fr

• Les knottins
• Petites, stables, tolérantes aux variations de
  séquence, (inhibiteurs, toxines, antibactériens,
  hormones, )
• Plate-formes pour la conception dinhibiteurs
• Nomenclature et numérotation unique
• Base de données séquences/structures (PHP/MySQL)
• Recherches mots-clés, séquences (BLAST/HMMER),
  motifs structuraux
• Affichages tableaux ordonnés,alignements de
  séquences

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EvDTree apprentissage machine des relations
séquence-structure

• Classifications de structures locales par arbre
  de décision
• Matrices de substitutions et potentiels
  statistiques dépendants de la structure 3D

Eval123D un meta-serveur dévaluation de
structures de protéines

• Utilisation des méthodes les plus populaires
  (Verify3D, Eval2D, ProsaII, SFE) et une version
  préliminaire dEvDTree
• Métrique identique permettant la comparaison des
  différentes méthodes
• Disponible à ladresse http//bioserv.cbs.cnrs.f
  r/valid.html

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Support dévaluation des méthodes d'analyse
automatique en RMN La NMRb
J.-L. Pons M.-A. Delsuc, CBS
Base de spectres RMN . Spectres bruts . 14
laboratoires utilisateurs . Articulation avec PDB
/ BMRB http//nmrb.cbs.cnrs.fr
Rescue Fireman
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Publications 2001-2003

• MOMP a divergent porin from Campylobacter jejuni
  cloning and primary structural characterization.
  Labesse, Garnotel, Bonnel, Dumas, Pagés Bolla,
  B.B.R.C. (2001) 280, 380-7.
• Thymidylate Kinase of Mycobacterium
  tuberculosis A chimera sharing properties common
  to Eucaryotic and bacterial enzymes.
  Munier-Lehmann, Chaffotte, Pochet Labesse.
  Prot. Science (2001) 10, 1195-205.
• - Easier threading through Web-based comparisons
  and cross-validations. Douguet and Labesse.
  Bioinformatics. (2001) 17, 752-3.
• - Biochemical characterization of the helper
  component of Cauliflower mosaic virus. Hébrard,
  Drucker, Leclerc, Hohn, Uzest, Froissart, Strub,
  Sanglier, Van Dorsselaer, Padilla, Labesse
  Blanc. Virology. (2001) 75, 8538-46.
• - From sequence to structure to function a case
  study. Douguet, Bolla, Munier-Lehmann and
  Labesse. Enzyme and Microbiology Tech. (2002) 30,
  289-294.
• - Nucleoside Analogs as Inhibitors of Thymidylate
  Kinases Possible Therapeutical Applications
  Pochet, Dugue, Douguet, Labesse Munier-Lehmann,
  Chem. Bio. Chem. (2002), 1, 108-10.
• - Biochemical and structural studies of the
  Mycobacterium tuberculosis MabA (FabG1) protein
  involved in the fatty acid elongation system,
  FAS-II. Marrakchi, Ducasse, Labesse, Margeat,
  Montrozier, Emorine, Charpentier, Lanéelle
  Quémard. Microbiology. (2002) 148, 951-60.
• - Diacylglyceride kinases, sphingosine kinases
  and NAD Kinases are related to 6-phosphofructokina
  ses. Labesse, Douguet, Assairi Gilles. TiBS.
  (2002) 27, 273-5.
• - Comparative modelling and immunochemical
  studies of Escherichia coli UMP kinase. Labesse,
  Bucurenci, Douguet, Sakamoto, Landais, Gagyi,
  Gilles Bârzu. B.B.R.C. (2002) 294, 173-9.
• - Crystal structure of MabA from Mycobacterium
  tuberculosis, a reductase involved in long-chain
  fatty acid biosynthesis. Cohen-Gonsaud, Ducasse,
  Hoh, Zerbib, Labesse Quémard. J. Mol. Biol.
  (2002) 320, 249-61.
• - Ligand binding in the GB2 subunit of the GABAB
  heteromeric receptor is not required for receptor
  activation and allosteric interaction between the
  subunits. Kniazeff, Galvez, Labesse Pin. J.
  Neurosci. (2002) 22, 7352-61.
• - Structural and Ligand Binding Properties of
  YajQ and YnaF, two Proteins from Escherichia coli
  with Unknown Biological Function Saveanu, Miron,
  Borza, Craescu, Labesse, Gagyi, Popescu,
  Schaeffer, Namane, Laurent-Winter, Bârzu
  Gilles. Protein Sci. (2002) 11, 2551-60.
• - Ssu72 is a phosphatase essential for
  transcription termination of snoRNAs and specific
  mRNAs in yeast. Ganem, Devaux, Torchet, Jacq,
  Quevillon-Cheruel, Labesse, Facca Faye. EMBO J.
  (2003), 22, 1588-98.
• - Comparative sequence analysis and predictions
  for the envelope glycoproteins of insect
  endogenous retroviruses. Misseri, Labesse,
  Bucheton Terzian. TiMS (2003). 11, 253-6.
• - Comparative study of purine and pyrimidine
  nucleoside analogues acting on the Mycobacterium
  tuberculosis and human thymidylate kinases
  Pochet, Dugue, Labesse, Delepierre
  Munier-Lehmann, Chem. Bio. Chem. (2003), 4,
  742-7.
• - UMP kinase from the gram-positive bacterium
  Bacillus subtilis is strongly dependent on GTP
  for optimal activity Gagyi, Sakamoto, Bucurenci,
  Labesse, Ionescu, Borza, Assairi, Laurent-Winter,
  Landais, Gounon, Rousselle, Danchin, Bârzu
  Gilles, Eur. J. Biochem. (2003), 270, 3196-204.
• - Molecular Recognition of Paxillin LD-motifs by
  the Focal Adhesion Targeting Domain. Hoellerer,
  Noble, Labesse, Werner, Campbell Arold.
  Structure (2003). Sous presse.
• Superposition of chemical shifts in NMR spectra
  can be overcome to determine automatically the
  structure of a protein Auguin, Catherinot,
  Malliavin, Pons, Delsuc (2003), Spectroscopy 17
  559-68.

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Centre de Biochimie Structurale http//www.cbs.cnr
s.fr
V. Catherinot (CDD INSERM) FITTER,ViTO L.
Chiche (DR CNRS) SFE, Knottins M.-A. Delsuc (DR
CNRS) GifA D. Douguet (CR INSERM) BIOSERV,
LEA-3D J.C. Gelly (Thèse) EVTREE J. Gracy
(IR CNRS) DOMO 2 G. Labesse (CR
CNRS) T.I.T.O. L. Martin (Thèse) E.Q.M. J.L.
Pons (IR CNRS) RESCUE, NMRb