Title: Prote
1(No Transcript)
2 Unidad de Biotecnología
- Contribuir al desarrollo de proyectos
agrobiotecnológicos programáticos -a nivel de
INIA- e interinstitucionales -a nivel del Sistema
Nacional de Investigación- facilitando el acceso
a plataformas tecnológicas (infraestructura
científica, instrumental apropiado y recursos
humanos especializados) para la resolución de
problemas de interés sectorial dentro de un marco
de sostenibilidad ambiental, económica y social.
3Areas de trabajo
- Integración de información genómica estructural y
funcional para respuesta a estrés abiótico en
plantas y desarrollo de biotecnologías aplicadas
a la selección de cultivos y especies
forrajeras - Desarrollo de biotecnologías aplicadas a
diagnóstico, selección genómica aplicada en
calidad de carne, aspectos reproductivos y en
resistencia a enfermedades en bovinos y ovinos - Desarrollo de aplicaciones productivas para
compuestos bioactivos que contribuyan a la
prevención de enfermedades o que sean parte de
estrategias de control integrado de plagas y
enfermedades en el sector agropecuario.
4(No Transcript)
5Fenotipo
Genotipo
6DICIEMBRE 2008 Primera versión ensamblada
(draft) disponible del genoma de soja
http//www.phytozome.net/soybean
Punto de partida para diferentes estudios
fundamentales y base para el desarrollo de nuevos
productos biotecnológicos
Fuente DOE Joint Genome Institute
7 13 millones de fragmentos del genoma de soja
secuenciados y ensamblados 975 millones de
bases asignadas a 20 cromosomas
8cuántos genes ?
13 millones de fragmentos del genoma de soja
secuenciados y ensamblados 975 millones de
bases asignadas a 20 cromosomas
dónde están ?
9cuántos genes ?
13 millones de fragmentos del genoma de soja
secuenciados y ensamblados 975 millones de
bases asignadas a 20 cromosomas
dónde están ?
ANOTACION GENOMICA
10Qué es la Anotación Genómica?
Producir una base de datos sobre las
características del genoma, sus genes, las
funciones de estos, elementos regulatorios, etc
1 A nivel nucleotídico 1 a- Encontrar
secuencias repetidas 1 b- Encontrar genes
codificantes de ARNt y ARNr 1 c- Identificar
referencias para mapeo físico 1 d- Encontrar
los genes codificantes de proteínas 2-
Anotación a nivel de proteínas Encontramos
los genes. Bueno, ahora queremos saber que
proteínas codifican... 3- Anotación Funcional
Qué función cumplen? En que compartimentos
celulares se ubican sus productos?
11SoyBase and the Soybean Breeder's Toolbox
Integrating Genetics and Molecular Biology for
Soybean Researchers http//soybase.org/
ALINEAR secuencias respecto a EST, GSS y
CoreNucleotide (referencias) para las especies G.
max and G. soja VISUALIZAR estudios de expresión
génica estimados mediante miroarrays (
GeneChipV1, Affymetrix) ACCESO a información
sobre loci para características fenotípicas
mapeadas y marcadores moleculares CONEXION con
PHYTOZOME y acceso a genoma ensamblado
12gtGm1036457448..36462447 ATAATGTTTATTAGCCATTAAAGGA
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GAAATCAAAGTCCTAGAAATGGTTTCGCAACAATCACCAAATGCTCACAA
TATCATTCCCCACAAACAGCAGGGAAGAAGAATTTCTCTCTTTCATAGTT
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AAGCAAAAAAAAAAAACCCAAAAAAAAAGAACAAGAAAATGGAAAAAAAA
GCAACACTCGTCTCTGCTGTTTCTCTTATTCTCGTAGTGGGCGTTGCCCT
AGGCGTTGTTGCTTATGTCTCCACCAACAACAGCGGAAGCGACAACAGTG
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GTGTGCCAAAACTCCGACGACAAGAAGTTTTGCTCCGACACTTTAAGCTC
CGTCAACACCTCGGACCCAACGGCTTACGTTAAAACCGTTTTGAAAAAAA
CGATGGACGGCGTCATCAAAGCCTTCAACCTCAGCGACACACTCACCGTC
GAACACAGCAAGACCAACTCCTCCGTCAAGATGGCCCTGGAGGACTGCAA
GGACTTGTTAGACTTCGCCATCGACGAATTGCAAGCCTCGCAAGTCCTAG
TCAAAGACAACAACGTCAACAACATCAACGACGGCGTCTCCGACCTCAAA
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CGACACCGACGCCGAGAAGGAGGTGCAGTCCAAGCTCCAAACCGGGGGCT
TGGACTCTATGGGGAAGCTAACCGCGTTAGCGCTGGACGTTATTTCCAGC
TTCGCAGAATTATTATCCGGTTTCAACTTGAACTTGACGACGTCGGTAAA
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ATCCATCTTGGATATCCATGCCTGATCGCAAGCTCTTGGCGGATGCCAAG
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13GTATGTTAACATCCTACACCTAAATTTTAAGACAGATATATAGACCGTCT
TCTTTGTTTAAAACCATTTTTTAGAGGATACTAGAGTCATTTAAGGTATT
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CAAGCGAAAACTAATTCGAGCTTGCGCTTGCCATATCATCCAAGCGAAAT
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ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAT
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GGAAGCACATGTACAAAATTTGATTATGGTGTGCTAGCTTGGGCAAGCAT
ATGCAAAAAGGTTTTGGGGGAAGGGGCTACGTAAATGACGGTGGGAAGGG
GAGAGGAGCGAGAAGCGTGAAATCTTTTATATTTAAACTAAATTACAATA
ATAACCTTAAGATAAATTAAATAAAAGATAATAT
microsatélite Satt_173 repeticiones de TTA en
cromosoma 13
14GTATGTTAACATCCTACACCTAAATTTTAAGACAGATATATAGACCGTCT
TCTTTGTTTAAAACCATTTTTTAGAGGATACTAGAGTCATTTAAGGTATT
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ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAT
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GAGAGGAGCGAGAAGCGTGAAATCTTTTATATTTAAACTAAATTACAATA
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15GTATGTTAACATCCTACACCTAAATTTTAAGACAGATATATAGACCGTCT
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GGAAGCACATGTACAAAATTTGATTATGGTGTGCTAGCTTGGGCAAGCAT
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GAGAGGAGCGAGAAGCGTGAAATCTTTTATATTTAAACTAAATTACAATA
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microsatélite Satt_173 repeticiones de TTA en
cromosoma 13
16GTATGTTAACATCCTACACCTAAATTTTAAGACAGATATATAGACCGTCT
TCTTTGTTTAAAACCATTTTTTAGAGGATACTAGAGTCATTTAAGGTATT
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CAAGCGAAAACTAATTCGAGCTTGCGCTTGCCATATCATCCAAGCGAAAT
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ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAT
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CAGAAAAGGAGGCTAAACATTGATGTGCGTGTACAGAAATATTGATGAAG
GGAAGCACATGTACAAAATTTGATTATGGTGTGCTAGCTTGGGCAAGCAT
ATGCAAAAAGGTTTTGGGGGAAGGGGCTACGTAAATGACGGTGGGAAGGG
GAGAGGAGCGAGAAGCGTGAAATCTTTTATATTTAAACTAAATTACAATA
ATAACCTTAAGATAAATTAAATAAAAGATAATAT
Alelo indicado en Gmax
( T T A ) 17 198 bases ( T T A ) 22
213 bases ( T T A ) 25 222
bases
Alelo cultivar X
Alelo cultivar Z
17Satt_173
Forward primer TGC GCC ATT TAT TCT TCA
Reverse primer AAG CGA AAT CAC CTC CTC T
Core motif (ATT)18
http//www.nature.com/scitable/nated/content/44802
/pierce_18_19_LARGE_2.jpg
18Satt_173
Marcadores moleculares del mapa genómico al
genotipo de una variedad...
Fuente Bommi, P Fergusson, D (2006),
Soy_Gen_Newsletter 8 - www.soygenetics.org
19DICIEMBRE 2008 Primera versión ensamblada
(draft) disponible para genoma de soja
http//www.phytozome.net/soybean
POSIBLES APLICACIONES BIOTECNOLOGICAS PARA
MEJORAMIENTO GENETICO DEL CULTIVO Selección
asistida
Fuente DOE Joint Genome Institute
20 Cómo integrar marcadores moleculares en
programas de mejoramiento ?
- Identificar asociaciones entre marcadores
- moleculares y genes de interés
21Asociación marcador gen
- Co-segregación de alelos para gen de interés y
alelos para diversos marcadores localizados en un
intervalo cromosómico
Q M
Par cromosómico
q m
Alelos del marcador (detectables en laboratorio)?
Alelos del gen de interés (detección compleja ó
imposible)?
22Satt_173 del marcador a los genes
23Satt_173 del marcador a los genes
24Satt_173 del marcador a los genes
25Satt_173 del marcador a los genes
26Satt_173 del marcador a los genes
1 Mb 1.000.000 de bases (A, C, G, T) 1 Mb 2
Centimorgan Genoma de SOJA 1.100 Mb
27Integración de técnicas moleculares y
bioinformáticas para identificar marcadores
funcionales asociados con tolerancia a estrés
abiótico en cultivos implementación del sistema
ID_cultivar Investigadores UTBio Fabián
Capdevielle, Alicia Castillo, Victoria
Bonnecarrère
Tesistas (grado y postgrado Laura Lima,
Mariela Ibarra, Silvia Garaycochea
28(No Transcript)
29(No Transcript)
30(No Transcript)
31AAAGTCAAGGACAAGATCCA
32AAAGTCAAGGACAAGATCCA
Intervalo de 5 kb
Intervalo de 50 kb
33AAAGTCAAGGACAAGATCCA
Intervalo de 5 kb
KS-type dehydrin SLTI629
ANOTACION FUNCIONAL
Proceso Biológico Respuesta al agua
(GO0009415) Respuesta a estrés (GO0006950)
34(No Transcript)
35Integración de marcadores moleculares funcionales
en un sistema de identificación genética para
variedades de arroz y soja en Uruguay Tesis de
Maestría en Agronomía (UdelaR) Ing. Agr. Mariela
Ibarra
Hipótesis Es posible identificar un conjunto de
marcadores EST-SSR asociados a descriptores
fenotípicos de interés que presenten
polimorfismos aplicables en identificación de
cultivares en Uruguay.
36(No Transcript)
37(No Transcript)
38Valor agregado en la descripción de cultivares
vinculando descriptores y metabolismo
Marcadores como apoyo en identificación de
cultivares y líneas avanzadas
Genes asociados con descriptores varietales
39Utilizar mapas genéticos como base para
identificar loci candidatos para selección
asistida dentro de poblaciones segregantes y
colecciones de germoplasma
una herramienta aplicable al fitomejoramiento?
40SoyMap
41(No Transcript)
42(No Transcript)
43DICIEMBRE 2008 Primera versión ensamblada
(draft) disponible para genoma de soja
http//www.phytozome.net/soybean
POSIBLES APLICACIONES BIOTECNOLOGICAS PARA
MEJORAMIENTO GENETICO DEL CULTIVO Ingeniería
genómica
Fuente DOE Joint Genome Institute
44(No Transcript)
45(No Transcript)
46The effect of growth at elevated CO2 on the
abundance of 37,000 RNA transcripts encoding
metabolically active, regulatory and structural
proteins in soybean was tested
This principal response to elevated CO2
involved greater abundance of 90 transcripts
encoding many components of starch metabolism,
sugar metabolism, glycolysis, the tricarboxyclic
acid (TCA) cycle and mitochondrial electron
transport
University of Illinois Urbana-Champaign
47(No Transcript)
48(No Transcript)
49Oportunidades para utilizar sistemas para
hibridización de ácidos nucleicos a escala
masiva DNA microarrays
Evaluación de la expresión de múltiples genes
(miles) en respuesta a condiciones ambientales,
estados de desarrollo, interacciones con
patógenos, etc.)
50Fuente Thompson, J. Genetic engineering of
plants, EOLSS
Modificación de la expresión de genes reguladores
utilizando técnicas de ingeniería
genética molecular tailoring of
farnesylation... para aumentar sensibilidad al
ABA e incrementar tolerancia a sequía
51Gen At_FTA en orientación antisentido bajo
control del promotor 35S Aumento de
sensibilidad al ABA y promueve tolerancia a
sequía
52(No Transcript)
53Farnesyl-transferasa
Wang et al (2005) Molecular tailoring of
farnesylation for plant drought tolerance and
yield protection . The Plant Journal 43413-424
54E.I. du Pont de Nemours and Company (Wilmington,
DE, US) , Pioneer Hi-Bred International, Inc.
(Des Moines, IA, US) 2006 Title Plant
farnesyltransferases Patent ID US7348469 Issue
Date March 25, 2008Abstract This invention
relates to an isolated nucleic acid fragment
encoding a farnesyltransferase subunit. The
invention also relates to the construction of a
chimeric gene encoding all or a portion of the
farnesyltransferase subunit, in sense or
antisense orientation, wherein expression of the
chimeric gene results in production of altered
levels of the farnesyltransferase subunit in a
transformed host cell. In a normal plant ABA
levels increase in response to water deficits. An
increase ABA in leaf tissue triggers the closure
of leafstomata to decrease water loss via
transpiration (Pei et al. (1998) Science
282287-290). Plants with a decrease in
farnesyltransferase activity could confer
enhanced tolerance to drought stress in plants.
Thus, there is a great deal of interest
inidentifying the genes that encode
farnesyltransferase in plants. These genes may be
used in plant cells to control cell growth and
produce plants with improved water stress
tolerance.
55Integración a proyectos de alcance global
enfocados en adaptación de los cultivos a las
limitantes abióticas y bióticas asociadas con
cambio climático
Oportunidades para desarrollar proyectos
acordados entre sector público, academia y
empresas, con apoyo de plataformas regionales
para innovación en agrobiotecnologías
56www.BiotecSur.org
57Congreso DARWIN 200
Symposium X Adaptation of species - of
agricultural interest - to climate change
Peter Tiffin (University of Minnesota) Robert K.
Markelz (University of illinois)