a/b strukturas

1
a/b strukturas

• Mucas, plaksnes un pakavi

2
Kopigas iezimes

• Paralelas b virknes ir izkartotas plaksnes vai
  mucas
• Individualas b virknes ir savienotas ar a
  spiralem
• b-a-b motivs ir galvena sastavdala

3
TIM muca
Pirmo reizi noverots enzima Triozes fosfata
Izomeraze
4
TIM mucas kodols

• Kodols ir piepakots ar hidrofobam aminoskabem
• Sanu kedes izkartotas 3 slanos

5
Iznemuma gadijums...

• Koenzima A mutazei ir hidrofila kabata mucas
  iekšpuse
• Koenzims A (zalš) piesaistas hidrofilaja kabata

6
TIM muca ka domens

• Daudzdomenu proteinos ar TIM mucu, enzimatiska
  funkcija vienmer lokalizejas TIM mucas domena

7
Aktiva centra novietojums TIM mucas enzimos

• Aktivais centrs ir novietots mucas augšpuse starp
  cilpam b virknu C-gala

8
Dubultas TIM mucas

• Fosforibozilantranilata (PRA) izomeraze un
  indoglicerolil fosfata (IGP) sintaze E.coli
• Enzims katalize divas reakcijas triptofana
  biosinteze

9
Citiem miroorganismiem medz but divi atseviški
enzimi, katrs sastav no vienas TIM mucas
1. mucas katalizeta reakcija
Vel citiem mikroorganismiem lidziga enzima ir
tris TIM mucas treša katalize nakošo reakciju
triptofana biosinteze
2. mucas katalizeta reakcija
10
TIM mucas enzimu evolucijas piemers

• Mutejot aminoskabes aktiva centra cilpas
  evolucijas gaita var rasties enzimi ar pilnigi
  jaunu funkciju
• Varetu but, ka visi TIM mucu saturošie enzimi ir
  evolucionari radniecigi

11
Abas reakcijas katalizejošie enzimi ir TIM mucas
ar 26 identitati
12
a/b-pakava folds
Parastais zirga pakavs

• a/b pakavs

13
a/b pakava hidrofobais kodols

• Atrodas starp b virknem un spirale, NEVIS pakava
  vidu
• Daudz leicinu

14
Leicina bagatie atkartojumi (LRR, leucine rich
repeats) a/b pakava proteinos

• a- alifatiska aminoskabe
• X- jebkura aminoskabe
• LRR sekvence ir pietiekoši konservativa, lai a/b
  pakava proteinus varetu atpazit tikai no
  aminoskabju sekvences

15
a/b atverta saverpta (open twisted) plaksne

• Paralela vai jaukta b plaksne ar a spiralem abas
  puses
• b virknu skaits var but no 4 lidz 10
• Saukts ari par Rosmana foldu

16
Topologija

• TIM mucu un LRR proteinos topologija ir fikseta
• a/b atvertaja saverptaja plaksne topologija var
  but loti dažada

TIM
2 piemeri a/b atvertajai saverptajai plaksnei
17
Aktiva centra novietojums a/b atvertaja
saverptaja plaksne

• Aktivais centrs atrodas to divu b-virknu C-galos,
  no kuram cilpas iet uz pretejam b plaksnes pusem

18
Sendvici....
Parastie sendvici
Proteinu strukturu sendvici
19
Proteinu strukturu senvici

• Daudzslanainas molekulas, katrs slanis ir veidots
  no a vai b strukturas
• Visbiežak sastopamie
• a-b dubultais sendvics
• a-b-a triskaršais sendvics
• b-a-b triskaršais sendvics
• b dubultais sendvics
• a/b atverta saverpta plaksne ir ...
• Pareizi, a-b-a triskaršais sendvics

20
Kas tas?

• TATA boksa piesaistišanas proteins (TBP) ir ...
  sendvics
• Pareizi, a-b dubultais

21
Vai ir ari citi a/b proteini?

• Pastav vel loti daudz a/b proteinu foldu
• Lielakajai dalai to tiem ir loti maz parstavju,
  tadel tie sikak netiks apskatiti