PB1: Differences in Mammalian Viruses Compared to Avian

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PB1 Differences in Mammalian Viruses Compared to
Avian
0 0 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 4 4 4
4 4 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 7 5 5 0 1 2 7 7 8 9 0 0
1 1 6 9 2 2 3 6 7 8 0 3 6 7 8 7 8 8 9 2 4 4 5 6 9
4 2 4 8 4 1 5 9 0 5 0 8 2 6 1 8 5 7 6 1 5 3 1 0
4 3 6 6 1 4 6 1 0 5 4 7 1 1 Avian K K L V K D M E
M V K L S S L I R V S N E A R D V R L E R P Q V V
S I K A 1918 - R - - - - - - - - - - - - - - - -
- S D - - - L I - - - - - M N - - - Early H1 -
R - - - N - - - - - - - - - - - - - S D - - - - -
- - - - - - I N - - T R I - - K G I R
I M N h r M M R
T Later H1 R R I - - - - V - - - - - I - - - -
- D - - - L I - - - - - M N R T
I K M I
S V Early H2 - - - I - - - - - - - -
- - - - - - - S - V K - - - - - - - - - - - - -
- i
v Later H2 - - - I
- - - - - - - - - N - - - - - S - V K - - - - - -
S - - - - T - - R Early H3 - - - - R -
- - - - - V - - - - K - - S - - - - - - - - - - -
- - - - - - m

t Later H3 - - - - - - I - - - - V - - - - K I R
S - - K - - K D Q R - - - - - S r
g Equine - - - - - N - - - -
- - - R - - - - - S D - K - - - - - - - K - - - -
- - Cl.Swine - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- S D - - - L - I D - - - - - N - - - R R
v g k i N g k n v l H
k T v T
New Swine - - - - - - - - - -
- - S - - - - - - S - - - - V - - - - - - - - - -
- - R r I i V G K I R
K K i D Q R S
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PB1-F2 Alignment
Predicted a-helical regions
Optimal MTS
1 0
2 0
3 0
4 0
5 0
6 0
7 0
8 0
9 0
Avian Eurasian consensus MEQEQDTPWTQSTEHINIQKRGNGQ
QTQRLEHPNSTRLMDHYLRIMSRVGMHKQIVYWKQWLSLKNPTQGSLKTR
VLKRWKLFSKQEWIN. Avian No. Am. consensus --R------
-------------------------L-Q----C--T----D----T-SL-
------S---E-------------N----T-.

K
1957 H2N2
consensus ----------------------S----RK--R--L-Q---
----T-NQ-D----TAS------------E-------------N----T-
. Late H2N2 viruses -G-------------T------s----RK-
-R--L-Q-------T-NQ-D----TAS---------H--E---I------
---N----T-. - G
T. 1968
H3N2 consensus --------------------K-S----RK--RP-L
-Q----------Q-D----TVS--------------------------N-
-G-TD. Late H3N2 viruses -----G---------T------S-R
-Q-K-G-S-RQ----------Q-D----T-S-RP-P----------R-H
A--Q---S---G-TD
-
F L - . 1918
PB1-F2 -G-------IL--G--ST---ED----P----H--------C
QKT-NQ-V-P------------RS--PV----------R----H--TS.
WSN/33 -G-------IL--G--ST--GED----PK---R------G-C
QKT-NQ-V-P---------P--R--ILV--RP------R----H--T. P
R/8/34/MS -G-------IL--G--ST---ED----PK---R------
G-CQKT-NQ-V-P------------R--ILVF---------R----H-.
FM/1/47 ---G-----IL--G--ST--GEG----PK---H--------
CQKT-NQ-V-P------------R--ILVF------RQ-R----H--T.
Beijing/56 -G-------IL--G--ST--GED----PK---HS----
-G-YQKT-NQ-V-P-----. Fiji/83 -G-------I---G--ST--
GED----PK---R------G-YQKT-NQ-V-P-----. Swine/Iowa/
1976/31 -G----I--IL-----ST---E-----LK---HN. Swine/
Tennessee/26/77 -G-------IL. Swine/Ontario/2/81 -G
-------IL. Swine/Colorado/1/77 -E-------T---------
-K-S-------GR----Q----------QAD--NRT-S------------
-F----A-----S-N--G-. Swine/Finistere/2899/82 -E-G-
----T-----------ES----------SL-------P-T-NQAD-----
-S-R-----------Y---H--RR------. Swine/Hong
Kong/126/82 -E-------T-----T-----ES----------SL---
----P-T-NQA-------S-RH----------------------N----
T. Swine/Cotes d'Armor/84 -E-------T-------T--GE--
---------SL-------P-T-NQAD------S-R---T-------Y---
---RR-------. Equine/London/73(H7N7) ---------IL-
---T-T---------L----H--IQS-GRC-KT-NQADTP----------
P--S-IP-----------RW--R---T Equine/Tenn/86(H3N8) -
--------IL----T-T---------L----H--IQS--RF-KT-NQA-T
P---------------IPE---I------RW--R---T