Prospective RNG - RIO

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Prospective RNG - RIO ANR IBiSA - CPER
Derrière de nouveaux sigles, une même
philosophie
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Prospective1 - Un nouveau cadre national 2
Nouvelles plates-formes 3 Mutualisation
3
Prospective 1 - Un nouveau cadre national
un périmètre
élargi Précédemment génomique CNRG, réseau
des génopoles sciences du vivant coordination
des établissements
de recherche ( RIO )Désormais toutes
infrastructures en sciences du vivant - Appel à
projet ANR (2007) - GIS IBiSA, qui réunit le
Ministère de la Recherche et tous les
établissements de recherche et les universités.
Infrastructures pour la Biologie, la Santé,
lAgronomie
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Prospective 1 - Un nouveau cadre national
un périmètre
élargiLes 7 plates-formes RIO 2006 de
Toulouse(présentées aujourdhui)5
plates-formes GénopolePlate forme TRI CNRGV
projet RioQualiToul
5
Prospective 1 - Un nouveau cadre national
mais des principes
inchangés Charte des plates-formes ( RIO
)Ouverture Comité de plate-forme Gestion
financière autonome Contrôle de la
qualité Évolution technologique FormationPlate
s-formes vs Plateaux techniques
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Prospective 2 Nouvelles
plates-formes demandes de labellisation
IBiSA 2 PF génopole Génétique et
Société CLES Criblage de Ligands guidé par les
Structures2 PF cousines Métabolomique et
Fluxomique ICEO Ingénierie combinatoire et
Criblage à haut-débit dEnzymes Optimisées
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Plateforme sociétale Génétique et société
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1- Une réponse aux questions de valorisation
sociétale de la génomique

• Un monde de questions éthiques et sociétales
• Une volonté de réflexion et daction
  multidisciplinaire depuis la création de la
  génopole
• Une expérience dans des domaines et formes
  dactions variés
• Une expertise reconnue sur certains thèmes
• Des sollicitations
• Des partenariats

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2 - Les objectifs

• Aider les chercheurs à cerner les enjeux
  sociétaux de leur activité
• Répondre aux demandes dinteractions des publics
• Répondre aux demandes de partenaires
  institutionnels ou privés
• daide dans la mise en oeuvre de la réflexion, de
  la formation et des procédures en bioéthique
• danalyses dimpact sociétal de la génomique
• Etre un partenaire privilégié des axes Génétique
  et société européens et internationaux sur
  thèmes spécifiques

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3 - Les services proposés

• Assistance pour la prise de conscience et la mise
  en pratique des exigences de la bioéthique.
• Veille et expertise mise à disposition d'une
  actualisation documentaire, juridique et
  institutionnelle en bioéthique.
• Gestion et suivi des aspects éthiques de projets
  scientifiques (demandes d'autorisations, aide à
  la préparation du consentement) (Riset, CEPH,
  CNG)
• Animation et formation dans le domaine
  bioéthique.
• Mise en relation des citoyens avec la communauté
  scientifique

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3 - Les services - exemples

• Module écoles doctorales de biologie (5j/an)
• Forum sur les chercheurs en face des publics
  profanes (2005)
• Atelier de chercheurs annuel en 3 volets avec 2
  -3 intervenants invités par séance, production et
  diffusion dun document écrit
• Exemple danimation Conférence
• La connaissance de génome un instrument au
  service de l'humanité ?
• Prof. Bartha KnoppersUniversité de Montréal,
  Titulaire dune chaire dexcellence P de Fermat
  du Conseil Régional
• 3 décembre, 18h. Grand Amphi Fac Médecine, 37
  allées J Guesde

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4 - Les acteurs

• Des chercheurs reconnus
• Une approche pluridisciplinaire faisant
  intervenir philosophes, sociologues, juristes,
  pharmaciens, médecins, généticiens,
  statisticiens, biologistes, économistes.
• Un réseau de correspondants
• Anne Cambon-Thomsen
• Jean-Claude Flamant
• Joël Gellin
• Jacques Lefrançois
• Pierre Boistard
• Pascal Ducournau
• Emmanuelle Rial-Sebbag

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CLÉS Criblage de Ligands guidÉ par les
Structures
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CLÉS Criblage de Ligands guidÉ par les
Structures
Nouvelle cible protéique
Ligands de haute affinité
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CLÉS technologies et techniques utilisées

• Etude structurale par modélisation moléculaire,
  bio-RMN et bio-cristallographie
• Criblage virtuel pour identifier des ligands à
  partir des structures 3D
• Criblage par RMN et par cristallographie en vue
  didentifier/daméliorer des ligands
• Analyse du mode dinhibition

Méthode Débit (mol/j)
Criblage virtuel ? 104
RMN/ligand 102
RMN/protéine 102
Cristallographie des RX 100-101
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CLÉS forces et moyens mis en présence
Modélisation moléculaire et criblage virtuel M.
Erard, J. Czaplicki F. Daumas
Clusters linux (40 et 50 CPUs) Stations
graphiques, réseau haut/très haut débit, suites
logicielles
RMN biologique, structures 3D et criblage A. Milon
Robot dinjection pour couplage
Spectromètres RMN 600 et 700 MHz
Bio-cristallographie, structures 3D et
criblage L. Mourey
Robots de cristallisation et de visualisation
Diffractomètre RX
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METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE
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METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE ACTIVITES DE LA
PLATE-FORME
HPAEC
GC
Métabolomique globale
Identification/quantification de lensemble des
métabolites
GC-MS
ESI-Q-TRAP
Métabolomique ciblée
13C-Métabolomique
Identification de voies/réseaux métaboliques par
marquage isotopique
Lipidomique Métabolites intracellualires
Echantillons biofluides tissus extraits
HPLC
Fluxomique
Empreintes métaboliques
Mesure des flux métaboliques par marquage 13C
Phénotypage à haut débit Recherche de biomarqueurs
RMN 500
RMN 600
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METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE ORGANISATION DE
LA PLATE-FORME
Responsable scientifique JC Portais Responsable
technique S Massou
http//metasys.insa-toulouse.fr/plateforme_metabol
ome
Plate-forme de Métabolomique et
Fluxomique UMR5504 UMR792 CNRS, INRA, INSA Campus
INSA de Rangueil Contact Jean-Charles PORTAIS
Métabolites II végétaux G. Bécard, IFR40 (site en
cours de mise en place)
3 plateaux techniques de spécialité
Plateau de Lipidomique IFR30 Purpan Contact
Justine BERTRAND-MICHEL
Plateau de RMN Biomédicale UPS CNRS,
Rangueil Contact Myriam MALET-MARTINO
Plateau de Métabonomique INRA ENVT, St Martin
Contact Cécile CANLET
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METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE POSITIONNEMENT DE
LA PLATE-FORME DE TOULOUSE
Un outil de biologie intégrative dédié à
lanalyse du métabolisme à léchelle du système
biologique

• Orientations scientifiques
• Analyse fonctionnelle des réseaux métaboliques
• Chimiométrie pour le phénotypage haut-débit et la
  recherche de biomarqueurs

Principaux domaines dintervention

• 1. Santé
• Cancer
• Maladies cardio-vasculaires
• Diabète/obésité
• Toxicologie
• Microorganismes pathogènes

• 2. AgroBioSciences, Microbiologie
• Biologie intégrative des microorganismes
• Interactions hôtes-microorganismes (plantes,
  animal, homme)
• Biotechnologies microbiennes et végétales

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METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE PLACE DANS LE
CONTEXTE LOCAL
Métabolomique Fluxomique
Protéomique
Biopuces
Exploration fonctionnelle Bioinformatique
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ICEO Ingénierie combinatoire et Criblage à
haut-débit dEnzymes Optimisées
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ICEO
Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit
dEnzymes Optimisées

• Evolution moléculaire dirigée
• ? librairies de variants codant pour une protéine
  dintérêt
• ? miniaturisation et automatisation des étapes de
  
• criblage pour isoler les enzymes améliorées
• Objectifs
• - appliqués ? amélioration des
  performances denzymes dintérêt industriel
• - fondamentaux ? meilleure compréhension
  des relations structure / fonction

INSA, Laboratoire dIngénierie des Systèmes
Biologiques et des Procédés UMR INRA 792, UMR
CNRS 5504 Equipe Catalyse et Ingénierie
Moléculaire Enzymatiques, Prof. Magali
Remaud-Siméon
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ICEO
Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit
dEnzymes Optimisées
Activités - création de banques de variants de
protéines par ingénierie aléatoire - sélection
et/ou criblage à haut débit pour identifier les
variants recherchés (ingénierie combinatoire,
banques génomiques, banques métagénomiques,) Equ
ipements - automate de repiquage sélectif de
colonies - automate de transferts de liquides
en conditions stériles - module dagitation de
micro-plaques - station intégrée de transferts
de liquides et de micro-plaques - HPLC
haut-débit
Cadence de criblage jusquà 10 000 clones par
semaine
INSA, Laboratoire dIngénierie des Systèmes
Biologiques et des Procédés UMR INRA 792, UMR
CNRS 5504 Equipe Catalyse et Ingénierie
Moléculaire Enzymatiques, Prof. Magali
Remaud-Siméon
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ICEO
Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit
dEnzymes Optimisées
Mode de fonctionnement 1) Partenariat la
mise au point des protocoles et leur mise en
oeuvre sont effectuées conjointement avec le
partenaire, dans le cadre dune collaboration
scientifique 2) Prestation de service le
personnel de la plate-forme prend en charge
entièrement la mise au point et la mise en œuvre
des protocoles
Contacts Sophie Bozonnet sophie.bozonnet_at_insa-to
ulouse.fr 05.61.55.94.88
INSA, Laboratoire dIngénierie des Systèmes
Biologiques et des Procédés UMR INRA 792, UMR
CNRS 5504 Equipe Catalyse et Ingénierie
Moléculaire Enzymatiques, Prof. Magali
Remaud-Siméon
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Prospective 3 Mutualisation
un principe à pérenniser Des moyens garantis
(CPER, Cancéropôle) Une animation à développer
gt Veille scientifique et technologique gt
Animation méthodologique GIS GenoToul
une structure à soutenir !
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LA CONNAISSANCE DU GÉNOME Un instrument au
service de l'humanité? Lundi 3 décembre 2007 à
18 hGrand Amphithéâtre Faculté de médecine 37
Allées Jules Guesde Toulouse
Professeur Bartha Maria Knoppers Centre de
recherche en droit public, Université de
Montréal, Canada Titulaire dune chaire
dexcellence Pierre de Fermat du Conseil
Régional de Midi-Pyrénées Renseignements
Antonia Segura  tél  [phone]
19 courriel segura_at_cict.fr