GLOBAL BIODIVERSITY

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GLOBALBIODIVERSITY
INFORMATIONFACILITY
A tecnologia da Informação e o GBIF
Francisco Pando Data Digitalization
Workshop Braga, 5 a 7 de Julho, 2006
WWW.GBIF.ORG

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Sumario

• Objetivo y visión de GBIF
• Red de datos
• Esquemas de datos
• Puntos y nombres
• Protocolos
• Registro de bases de datos
• Portales
• Estrategias, opciones e implementaciones para
  compartir datos

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Objetivo de GBIF
GBIF se propone hacer accesible por Internet toda
la información disponible sobre los organismos
vivos conocidos a nivel mundial Otra manera de
verlo se propone cambiar la cultura de mi dato
es mio, mira mis resultados (en ciencia y en
gestión) datos de todos para todos
4
Modelo de datos redes centralizadas
5
Red de datos distribuidos
Figure 4. Diagram showing the complexity of
integrating data from biological collections
6
Los elementos de la red
Figure 5. GBIF Network major classes of
nodes GBIF is responsible for running the
network, establishing standards, and developing
tools. The portal is the hub for the development
of any service that must be centralized such as
the registry of metadata and for serving data
from the biodiversity data index to the end user.
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Más en detalle

• Protocol
• Provider
• Portal
• Registry

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Tecnologias usadas

• XML data exchange based on Providers, Services
  and Biodiversity Data Records
• UDDI registry for technical (access) metadata
• Descriptive metadata retrieved through service
  interfaces
• Specimen/observation exchange using DiGIR-Darwin
  Core or BioCASE-ABCD
• Taxonomic name data from Catalogue of Life
  (annual checklist for first release, moving to
  service-based approach as possible)
• Java (and JSP) components being developed
  centrally for GBIF Portal
• Current portal development using Tomcat, Xerces,
  Log4J, MySQL
• Components to be packaged for reuse as
  appropriate

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Mapeo de datos
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Esquemas datos

• Darwin Core
• Sencillo (50 elementos)
• La unidad es el registro
• 500 bases de datos www.gbif.net
• ABCD
• Contenido elaborado y detallado (500 elementos)
• La unidad es el archivo
• 170 bases de datos en www.gbif.net

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La base para el acceso unificado

• Perfil común
• Cada base de datos se traduce a un perfil
  común, que es una tabla con una lista
  estandarizada de campos que se pueden consultar
  de manara uniforme
• Estándares
• Darwin Core
• ABCD Schema
• www.tdwg.org

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Darwin Core, desarrollos en curso

• Soporte para imágenes

• Extensiones

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Darwin Core, extensiones
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Integración de nombres y especímenes
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Protocolos

• DIGIR para Darwin Core
• Biocase para ABCD

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Vida despues de DIGIR

• TAPIR
• http//www.gbif.org/News/NEWS1129877273
• http//ww3.bgbm.org/protocolwiki/
• Unificar protocolos de la red de datos de GBIF
• Expansión del registro (UDDI), soporte para redes
  temáticas, portales nacionales, extensiones de
  Darwin core
• Toolkit para portales de datos en desarrollo

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Registro

• A tener en cuenta
• Un nombre caracteristico
• Una descrición que oriente al usuario
• Condiciones de uso adicionales
• Como citar el uso de este recurso

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Portales de GBIF

• Portal actual (prototipo)
• Portal para nodos
• Nuevo portal (en desarrollo)

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Portal actual (prototipo)
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Portal actual (prototipo)
Occurrence Detail
Georeferenced records
Countries from which species is recorded
Download records
Data resources with specimens or observations
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Portal para Nodos

• En desarrollo
• Para que los nodos puedan servir
• Datos de las colecciones de su ámbito (país)
• Datos relevantes para su ámbito
• Adaptable a sus necesidades (idioma, nombres
  comunes,)
• Proporcionar una ayuda para que los nodos puedan
  servir a sus comunidades

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Nuevo portal

• Estilo www.biologybrowser.com
• Web services
• API interfaz
• Servicios añadidos de indexado y validación

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Portalarchitecture(new versionD. Hobern)
Clients
Mirrored access
Web applications
Synchronised data stores
Data despatcher
Interpretation and validation
Resource crawler
Data resources
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Más o menos claro?

• Protocol
• Provider
• Portal
• Registry

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Estandares para la integración de datos y la
iinteroperabilidad
http//www.tdwg.org/standrds.html
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• Turn-key package
• Basado en PHP y código del proyecto DiGIR
• Para Linux y Windows
• Registro con el UDDI del GBIF

• Apoyo técnico helpdesk_at_gbif.org

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De las bases de datos al acceso via Internet

• De quien son esos datos?
• Todo, todo?
• Como de limpio?
• Como?

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De quien son esos datos?
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Todo, todo?

• El proveedor de los datos retiene el control
  sobre lo que hace accesible
• Hace pruebas
• Decide diluir la precisión de registros de
  especies amenazadas o de datos de interés
  económico
• No hace pública los datos de investigaciones en
  curso

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Como de limpio?

• La perfección no existe
• El dato malo tampoco un dato no es bueno o malo
  intrínsicamente, sino que su bondad depende del
  uso
• Hacer los datos públicos ayuda a su mejoramiento
• Hay herramientas para mejorar los datos y GBIF
  estatrabajando en esto
• http//www.secretariat.gbif.net/datatester/index.j
  sp
• http//www.gbif.org/prog/digit/data_quality

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Como?
GBIFPortal
GBIFIndex
GBIFRegistry
Participant Portal B
Participant Portal A
Participant Portal C
Data Warehouse
Data Warehouse

• Distribuído
  Centralizado

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A vuestra disposición

• Francisco Pando
• Nodes Liaison Officer
• GBIF Secretariat
• Universitetsparken 15
• 2100 Kobenhavn, Dinamarca
• pando_at_gbif.org
• Tél. [phone]
• Fax [phone]

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(No Transcript)
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(No Transcript)
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