Polyphasic taxonomy

1
Hoofdstukken om te kennen (onderlijnd) en om te
lezen (cursief) cursief aangegeven hoofdstukken
worden beschouwd als reeds verworven kennis!
Inleiding
Brock 10 editie
Hoofdstuk 1,3 en 4 lezen is achtergrond kennis
voor de inleidingsles Hoofdstuk 5 I en
II III Oxidation-reduction and high energy
compounds 5.6 5.7-5.8 5.9 5.10-5.12
verondersteld gekend 5.13 5.14-5.15
verondersteld gekend appendix 1 verondersteld
gekend Hoofdstuk 6 microbiologie 1
(lezen?) Hoofdstuk 7 basisbegrippen zijn
verondersteld gekend Hoofdtuk 8 niet Hoofdstuk
9 niet Hoofdstuk 10 niet Hoofdstuk 11 zie
inleidingsles
2
Hoofdstuk 12 Prokaryotic diversity bacteria
I The phylogeny of the bacteria overzichtsfiguur
natuurlijk niet van buiten kennen
II Phylum 1 the Proteobacteria

• 12.2 Purple phototrophic bacteria
• 12.3 The nitrifying bacteria
• 12.4 Sulfur and iron oxidizing bacteria
• 12.5 Hydrogen-oxidizing bacteria
• 12.6 Methanotrophs and methylotrophs verschillen
  en algemeenheden
• 12.7 Pseudomonas and pseudomonads niet indeling
  van het boek
• 12.8 Acetic acid bacteria
• 12.9 Free-living nitrogen fixing bacteria enkel
  bestaan en de plaats in N-cyclus
• 12.10 niet
• 12.11 Enteric bacteria
• 12.12 niet
• 12.13 Rickettsias eventueel lezen
• 12.14 Spirilla eventueel lezen
• 12.15 Sheathed Proteobacteria niet
• 12.16 Budding en Prostecate bacteria niet
• 12.17 Gliding Myxobacteria

3
III Phylum 2 the gram positive bacteria

• 12.19 Nonsporulating, low GC, Gram Positive
  bacteria lactic acid bacteria and relatives
  fermentatieschemas met formules,
  biotechnologische toepassingen
• 12.20 Endosporeforming, low GC, Gram-positive
  bacteria Bacillus, clostridia and relatives,
  fermentatieschemas, biotechnologishe
  toepassingen
• 12.21 Mycoplasmas eventueel lezen
• 12.22 High GC, Gram-positive bacteria coryneform
  and propionic acid bacteria
• 12.23 High GC, Gram-positive bacteriaMycobacteriu
  m
• 12.23 Filamentous high GC, Gram-positive
  bacteria streptomyces and other actinmycetes

IV Phylum 3 Cyanobacteria

• 12.25 Cyanobacteria
• 12.26 Prochlorophytes and Chloroplasts niet

X Phylum 9 green sulfur bacteria

• 12.32 Chlorobium and other green sulfur bacteria

XIII Phylum 12 the green nonsulfur bacteria

• 12.35 Chloroflexus and Heliothrix

XIV Phylum 13 14 deeply branching,
hyperthermophilic bacteria
4
Hoofdstuk 13 the Archaea biochemische
verschillen met bacteria, beperkt aantal
voorbeelden
I Phylogeny and general metabolism

• 13.1 Phylogenetic overview of the Archaea (grote
  groepen)
• 13.2 Energy conservation and autotrophy in Archaea

II Phylum Euryarchaeota

• Lezen en grote indelingen en opvallende kenmerken

III Phylum Crenarchaeota

• Lezen en grote indelingen en opvallende kenmerken

II Phylum Euryarchaeota

• Lezen en opvallende kenmerken

5
Hoofdstuk 17 metabolische diversiteit
I Photosynthetic way of life

• 17.1 Photosynthesis (algmeenheden worden
  verondersteld gekend)
• 17.2 The role of chlorophyll and
  bacteriochlorophyll in photosynthesis (ook
  algemeen inzicht in de scheikundige structuur
• 17.3 Carotenoids and phycobilins hun rol,
  algemeen inzicht in de scheikundige structuur
  (niet kunnen opschrijven)
• 17.4 Anoxygenic photosynthesis (differences with
  oxygenic photosynthesis) thermodynamisch
  electronen donor, overgangen
• 17.5 Oxygenic photosynthesis
• 17.6 Autotrophic CO2 fixation (Calvin cycle)
  verondersteld gekend (principes totaal beeld)
• 17.7 Autotrophic CO2 fixation reverse citric
  Acid Cycle and the hydroxypropianate
• pathway

II Chemolitrophy energy from oxidation and
reduction of inorganic electron donors

• 17.8 Inorganic electron donors and energetics
• 17.9 Hydrogen oxidation
• 17.10 Oxidation of reduced sulfur compounds

6

• 17.11 Iron oxidation
• 17.12 Nitrification and anamox chemie

III The anaerobic way of life

• 17.13 Anaerobic respiration
• 17.14 Nitrate reduction and denitrification
  process
• 17.15 Sulfate reduction
• 17.16 Acetogenesis biochemie
• 17.17 Methanogenesis biochemie
• 17.18 Ferric iron, manganese, chlorate and
  organic electron acceptors
• 17.19 Fermentations energetics and redox
  considerations
• 17.20 Fermentation diversity biot toepassingen
• 17.20 Syntrophy

IV Hydroncarbon oxidation and the role of O2 in
the catabolism of organic compounds

• 17.22 Molecular oxygen as reactant in biochemical
  processes ook anaërobe afbraak
• 17.23 Hydrocarbon oxidation
• 17.24 Methanotrophy and methylotrophy
• 17.25 verondersteld gekend-eventueel lezen
• 17.26 verondersteld gekend-eventueel lezen
• 17.27 verondersteld gekend-eventueel lezen

7
V Nitrogen fixation

• 17.28 Nitrogenase and the process of nitrogen
  fixation
• 17.29 Genetics and regulation of nitrogen
  fixationlezen

Hoofdstuk 19 microbial habitats
IV Carbon and oxygen cycles

• 19.9 The carbon cycle (carbon reservoirs,
  importance of photosynthesis
• Decompostion) -Inzicht hebben het functie van de
  bacteriën in C-cyclus

• 19.20 Synthrophy and methanogenesis

Indien verwezen wordt in het boek naar andere
hoofdstukken is het tenzeerste aangeraden
tenminste deze verwijzingen te lezen en het
essentiele ervan te begrijpen
V Other key nutrient cycles

• 19.12 The nitrogen cycle Inzicht hebben het
  functie van de bacteriën in N-cyclus
• 19.13 The sulfur cycleInzicht hebben het functie
  van de bacteriën in S-cyclus
• 19.14 The iron cycleInzicht hebben het functie
  van de bacteriën in Fe-cyclus

8
Brock, editie 9 in principe de overeenkomstige
hoofdstukken ed.10
Hoofdstuk 4 Nutrition and metabolism

• 4.1 4.13 worden in 1 les herhaald doch is
  basis kennis
• 4.6 Oxidation reduction met de redox toren
• 4.14 An overview of alternate mode of energy
  generation

Hoofdstuk 13 Prokaryotic diversity bacteria
Kingdom I Proteobacteria

• 13.1 Purple phototrophic bacteria
• 13.2 Nitrifying bacteria
• 13.3 Sulfur and iron oxidizing bacteria
• 13.4 Hydrogen oxidizing bacteria
• 13.5 Methanotrophs and methylotrophs verschillen
  en algemeenheden
• 13.6 Pseudomonas and pseudomonads andere
  indeling dan in het boek
• 13.7 Acetic acid bacteria
• 13.8 Free living aerobic nitrogen fixing bacteria
• 13.10 Enteric bacteria
• 13.16 Gliding myxobacteria

9
Kingdom II gram positive bacteria

• 13.18 Nonsporulating, low GC, Gram positive
  bacteria
• 13.19 Endospore-forming, low GC, Gram positive
  bacteria
• 13.20 Mycoplasmas eventueel lezen
• 13.21 High GC, Gram positive bacteria Coryneform
  and propionic acid bacteria
• 13.22 High GC, Gram-positive bacteria
  Mycobacterium
• 13.23 Filamentous, high GC, Gram-positive
  bacteria the actinomycetes

Kingdom III Cyanobacteria, Prochlorophytes and
chloroplastsS

• 13.24 Cyanobacteria
• 13.25 Prochlorophytes and chloroplasts

Kingdom VII Green sulfur bacteria

• 13.29 Chlorobium and other Green sulfur bacteria

Kingdom X Green nonsulfur bacteria

• 13.32 Chloroflexus and Heliothrix

10
Hoofdstuk 14 the Archaea
I Phylogeny and general metabolism

• 14.1 Phylogenetic overview of the Archaea (grote
  groepen)

Kingdom Euryarchaeota

• Lezen en grote indelingen

Kingdom Crenarchaeota

• Lezen en grote indelingen

Evolution and life at high temperatures

• Lezen

11
Hoofdstuk 15 metabolische diversiteit

• 15.1 15.6
• 15.7 Autotrophic CO2 fixation (Calvin cycle) is
  verondersteld gekend (principes)
• 15.8Autotrophic CO2 fixation reverse citric Acid
  Cycle and the hydroxypropiatate
• pathwayniet- kennen wel weten welke vormen van
  CO2 fixatie er nog zijn
• 15.9 Chemolytotrophy

• 15.10 Hydrogen oxidation
• 15.11 Oxidation of reduced sulfur compounds
• 15.12 Iron oxidation
• 15.13 Nitrification and anamox

• 15.15 Anaerobic respiration
• 15.16 Nitrate reduction and denitrification
  process
• 15.17 Sulfate reduction
• 15.18 Acetogenesis
• 15.19 Methanogenesis
• 15.20 Ferric iron, manganese, chlorate and
  organic electron acceptors
• 15.21 Fermentations energetics and redox
  considerations
• 15.22 Fermentation diversity
• 15.23 Syntrophy

12

• 15.24 verondersteld gekend-eventueel lezen
• 15.25 verondersteld gekend-eventueel lezen
• 17.26 verondersteld gekend-eventueel lezen
• 15.27 Molecular oxygen as reactant in biochemical
  processes
• 15.28 Hydrocarbon oxidation
• 15.29 Nitrogen fixation

Hoofdstuk 16 Het mineralisatieproces in de
natuur -16.13 The carbon cycle -16.14 Ecology
of synthrophy and methanogenesis -16.16 The
nitrogen cycle -16.17 The sulfur cycle -16.18
The Iron cycle
Indien verwezen wordt in het boek naar andere
hoofdstukken is het tenzeerste aangeraden
tenminste deze verwijzingen te lezen en het
essentiele ervan te begrijpen