XVe Actualits du Pharo Arboviroses tropicales

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XVe Actualités du Pharo Arboviroses tropicales 

• Caractérisation génétique de souches selvatiques
  de dengue du sérotype 2 en Afrique de lOuest

Charlotte Renaudat1, Valérie Caro2, Ségolène
Brichler3, Tim Herrick4, Stéphane Jaureguiberry5,
Marie-Pascale Frenkiel1, Isabelle Moltini1,
Jean-Michel Thiberge2, Gérard-Antoine Denoyel6,
Philippe Marianneau7, Philippe Despres1, Marc
Grandadam1
1  CNR arbovirus, Institut Pasteur, Paris,
France 2 Génotypage des pathogènes et santé
publique, Institut Pasteur Paris, France 3
Laboratoire de bactériologie-virologie, Hôpital
Avicenne, Bobigny, France 4 ONG Nyeta Sabati,
Bamaco, Mali 5 GH Pitié-Salpétrière, Paris,
France 6 Laboratoire Biomnis, Lyon, France 7 CNR
des fièvres hémorragiques virales, Institut
Pasteur, Lyon, France
19 septembre 2009 Marseille
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Sérotypes de dengue Dengue selvatique

• 4 sérotypes urbains (endémiquesépidémiques)
  décrits en Afrique (sérotype 3 très récemment à
  Abidjan)
• Souches selvatiques considérées comme les
  progéniteurs des souches urbaines. Linéages
  ancestraux distincts en termes écologiques et
  dévolution, circulant en Asie du SE et en
  Afrique de lOuest
• Souches selvatiques DEN 1, 2 et 4 identifiées en
  Asie, seulement DEN 2 sel. en Afrique.
• DEN 2 Sel. identifiées en Afrique de lOuest
  Sénégal (1974-85 1999-2000), Burkina Faso (1980,
  1986), Nigeria (1964-68), Côte dIvoire (1980),
  Guinée (1981), Mali (1975)
• Très peu de souches Genbank 2181 souches
  urbaines DEN 2 / 31 souches selvatiques DEN 2
• Souches isolées surtout chez vecteurs et
  primates. Peu de cas humains décrits, souvent de
  façon isolée
• 3 souches (/10) collectées en 1966 au Nigéria,
  identifiées en 2008
• Jusque 2009 aucune forme sévère décrite. 1 cas
  isolé de DHF en 2008 en Malaisie

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Cycles de transmission

Vertical transmission
Vertical transmission
Ae.
Ae. furcifer Ae. vitattus Ae. taylori Ae.
tuteocephalus
4
Contexte Mali - Diagnostic

• Octobre 2008 Ville minière de Sadiola (région
  de Kaye) 70 cas de syndromes fébriles aigus non
  palustres (/- signes hémorragiques), dont 2
  décès
• gt Suspicion dépidémie de fièvre virale
  hémorragique
• gt Alerte internationale / GOARN
• Envoi prélèvements CCOMS IP Dakar et CDC Fort
  Collins
• IP Dakar Dengue , sérotype ?
• CDC Fort Collins pas de résultats rendus
• 30 prélèvements adressés au CNR/CCOMS des FHV (IP
  Lyon)
• Pas de marqueur dinfection par un agent viral de
  classe 4
• Ebola, Marburg, Lassa, CCHF
• Pas de marqueur dinfection FJ
• Ac anti FVR chez 3 malades 2 IgG isolés, 1
  IgM/IgG
• Transfert des prélèvement au CNR des Arbovirus
  (IP Paris)
• Sérologies Dengue (n30)
• RT-PCR temps réel, typage si positive
• Isolement AP61

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Photos Mark Harris et James Bowers
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Résultats
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Résultats
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Résultats
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Cas importés en France Novembre 2008

• Homme de 29 ans, hospitalisé du 10 au 18/11/2008
  au retour depuis 2 jours dun séjour à Dakar et
  en brousse au Sud-Est du Sénégal (région de
  Kédougou, 350 km Sud-Sud-Ouest de Sadiola, 4
  jours avant le retour en France)
• pour crise comitiale fébrile
• Sérologie Dengue négative, RT-PCR Dengue
  positive, typage DEN 2, souche isolée (souche n
  2009/00114)
• Evolution favorable avec disparition de la fièvre
  en 4 jours et absence de récidive dépisode
  épileptique.

• Femme de 23 ans, travaillant pour une ONG,
  hospitalisée du 14 au 17/11/2008
• au retour depuis 2 jours dun séjour de 3
  semaines à Bamako (900 km de Sadiola), naurait
  pas voyagé dans dautres provinces du Mali, pour
  fièvre, céphalées, myalgies, éruption cutané, et
  une thrombopénie.
• gtSérologie IgM et IgG anti-flavivirus positive,
  RT-PCR Dengue positive, typage DEN 2, séquençage
  gène Prot E sur pdt PCR
• Evolution favorable

Mali
Sénégal
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Génotypage des souches

• Objectif déterminer de la séquence de la
  protéine E puis du génome complet afin de
  comparer les souches de Kaye (Mali, autochtones),
  Bamako (Mali) et Sénégal (importées)
• A partir de lARN sérique ou surnageant de
  culture
• Séquençage avec amorces DEN 2 (souches
   urbaines ) pour 11 échantillons transmis gt
  tous négatifs
• Design damorces universelles (sur la base des 4
  sérotypes), 2 échantillons positifs en PCR et un
  échantillon avec quelques bases confirmant une
  dengue 2 mais fortement divergente par rapport
  aux souches  urbaines  de référence
• gt Hypothèse de souches de DEN 2 dorigine
  selvatique
• Nouvelles amorces déterminées par alignement de
  séquences de souches selvatiques de DEN 2
• Séquençage classique 1485 nt/E gt DEN 2
  selvatique
• Séquençage classique 10723 nt / génome viral
  complet
• gt 2 isolats avec génome complet, 7 isolats avec
  séquence Protéine E connue

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Analyse phylogénétique Génome complet
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Analyse phylogénétique Génome complet
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Analyse phylogénétique Génome complet
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Sérotype 2
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Analyse phylogénétique Génome complet
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Sérotype 2
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Analyse phylogénétique Génome complet
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Analyse phylogénétique Génome complet
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Analyse phylogénétique Génome complet
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Analyse phylogénétique Génome complet
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Analyse phylogénétique Génome complet
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100
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99.9 Id. nucléotidique
100
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Analyse phylogénétique protéine E
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Analyse phylogénétique protéine E
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Analyse phylogénétique protéine E
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98.8 id.nucléotidique avec souches du Sénégal
1999
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Analyse phylogénétique protéine E
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99.9 id.nucléotidique
100
100
100
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Discussion

• Investigation exceptionnelle
• Identification de souches selvatiques
• Importance du foyer épidémique de Kaye (n70),
  nombreuses formes hémorragiques
• Cas identifiés simultanément sur 3 sites
  géographiques distincts
• Pas de pb de diagnostique sérologique ou en PCR.
  Pas de pb de typage
• Sérotype 2 urbain peu retrouvé dans cette région
• Première description dun foyer épidémique dune
  telle ampleur
• Saison des pluies particulièrement abondante en
  2008
• Jusque là une hypothèse avancée pour expliquer la
  rareté des souches selvatiques était que lHomme
  nétait pas hôte amplificateur gt remise en
  question de cette hypothèse par limportance
  du foyer épidémique de Kaye

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Discussion 2

• Gravité clinique
• 5 formes hémorragiques investiguées au CNR, dont
  3 confirmées en sérologie et une en PCR culture
• pas dinvestigation bio des cas décédés, pas
  dinvestigation de terrain
• Majorité des patients avaient une dengue
  secondaire (8/12 cas confirmées par culture)
• Mais question de la virulence de cette souche à
  investiguer
• Identification dune même souche simultanément en
  3 zones géographiques éloignées
• Plusieurs foyers simultanés ou transmission
  étendue de cette souche selvatique?
• Les souches selvatiques auraient le même taux
  dévolution que les souches urbaines (Vasilakis
  2007) analyse phylogénétique en faveur de la
  diffusion dune même souche
• Investigation épidémio les patients du Sénégal
  et de Bamako ne se sont pas rendu ds la région de
  Kaye
• Axe routier Kédougou-Kaye et Kaye-Bamako
• Biotopes de Kédougou et Kaye favorables à
  lémergence dune souche selvatique
• Problématique du développement dun vaccin
  tétravalent Dengue uniquement prise en compte
  des souches urbaines gt vérification dune cross
  protection avec les souches selvatiques, surtout
  en Afrique de lOuest, car possibilité
  démergence de souches selvatiques?

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Bamako
Kédougou
Kaye
Merci pour votre attention