Biosynthse de la pseudouridine y

1
Biosynthèse de la pseudouridine (y)
2
Résidus Y dans les ARNs chez S.cerevisiae
Combien denzymes sont nécessaires pour modifier
tous ces sites?
3
Complication additionnelle résidus Y dans les
ARNt cytoplasmiques et mitochondriaux
ARNt mitochondriaux
position
4
ARNpseudouridine synthases chez E.coli
Les ARN ribosomiqueset les ARNt sontmodifiés
par ARNY-synthases site- (ou région-)
spécifiques
5
Les motifs caractéristiques dans les familles
des ARNY-synthases
Motif I
Motif II
Motif III
Famille RluA
Famille RsuA
Famille TruB
6
Stratégie du travail identification des
ARN?-synthases chez S.cerevisiae
Le gène codant une ARNY-synthase potentielle
chez S. cerevisiae est identifié par homologie
de séquence avec une enzyme de chez E. coli
S.cerevisiae
Gène
Gène sauvage
Gène délété
ARNY-synthasemutée dansle site actif
S.cerevisiaesouche délétée
Analyse des modifications de lARN in vivo
7
Modifications des résidues U et Y par CMCT
OH-

instable à pH 10,4
Retour à luridinenon modifiée
1
1
OH-
Pseudouridine reste modifiée en position 1
stable à pH 10,4
8
Analyse de lARN modifié par la transcriptase
inverse
Piste control (-/-)
9
LARNY-synthase Pus1 est une enzyme à
spécificité multisite
Spécificité multisite
Pus1
10
LARNpseudouridine synthase Pus3 est une enzyme
région-spécifique
11
Deux protéines chez S. cerevisiae sont homologues
à TruB dE. coli
12
LARNtpseudouridine synthase Ynl292 (Pus4) est
une enzyme site-spécifique
13
Familles dARNpseudouridine synthases
E.coli
S.cerevisiae
TruA
Pus1
tRNA (Y38-40)
tRNA (Y26-28, 34-36, 65, 67)/U2 snRNA (Y44)
Pus2
?
Pus3
tRNA cyto/mito (Y38-39)
TruB
Pus4
tRNA (Y55)
tRNA cyto/mito (Y55)
Cbf5
18S and 26S rRNA via snoRNA-guides
Pus5
RluA
tRNA (Y32)/23S rRNA (Y746)
RluC
Pus6
23S rRNA (Y955, 2504, 2580)
RluD
Pus7
23S rRNA (Y1911, 1915, 1917)
Pus8
TruC
tRNA (Y65)
RsuA
16S rRNA (Y516)
RluB B.subtilis
23S rRNA (Y2633)
--
RluE
23S rRNA (Y2457)
RluF
23S rRNA (Y2604)
14
La délétion de lORF YLR165 conduite à labsence
de Y2819 dans lARNr 21S
WT
DYLR165
p413TEF/YLR165
D71
D71-gtA
CMCT
-

-

time (min)
20 1 10 20 10 20
20 1 10 20 10 20
OH
-
-
U G C A
1 2 3 4 5 6
7 8 9 10 11 12
Y

2819
Ansmant et al. (2000) Nucl. Acid Res., 28, 1941.
15
Pus6 est une enzyme site-spécifique
E.coli tRNA
S. cerevisiae tRNA
Cytoplasme
Mitochondrie
RluA
Pus6
ARNt en position 32 et ARNr 23S en position 746
ARNt en position 31
Ansmant et al. (2001) J. Biol. Chem., 276, 34934.
16
Familles dARNpseudouridine synthases
E.coli
S.cerevisiae
TruA
Pus1
tRNA (Y38-40)
tRNA (Y26-28, 34-36, 65, 67)/U2 snRNA (Y44)
Pus2
Pus3
tRNA cyto/mito (Y38-39)
TruB
Pus4
tRNA (Y55)
tRNA cyto/mito (Y55)
Cbf5
18S and 26S rRNA via snoRNA-guides
Pus5
RluA
tRNA (Y32)/23S rRNA (Y746)
21S mitochondrial rRNA (Y2819)
RluC
Pus6
23S rRNA (Y955, 2504, 2580)
tRNA cyto/mito (Y31)
RluD
Pus7
23S rRNA (Y1911, 1915, 1917)
Pus8
TruC
tRNA (Y65)
RsuA
16S rRNA (Y516)
RluB B.subtilis
23S rRNA (Y2633)
--
RluE
23S rRNA (Y2457)
RluF
23S rRNA (Y2604)
17
Formation des résidus Y chez S.cerevisiae
18
Sites de pseudouridylation orphelins chez S.
cerevisiae
U1 snRNA Y5, Y6
U2 snRNA Y35, Y42
U5 snRNA Y99
19
Identification dune nouvelle ARNpseudouridine
synthase Pus9
Test fonctionnelà grande échelle
Yi-Tao YU, University of Rochester, USA
20
Remerciements
Maturation des ARN et Enzymologie Moléculaire,
UMR 7567, Université Nancy I, FRANCE
Isabelle ANSMANT
Yuri MOTORIN
Séverine MASSENET
Christiane BRANLANT
Laboratoire dEnzymologie et Biochimie
Structurales, CNRS, Gif-sur-Yvette, FRANCE
Henri GROSJEAN
Collaborations
G. Simos/E. Hurt (Univ. Heidelberg, Allemagne)
G. Keith, M. Sissler/C. Florentz (IBMC,
Strasbourg, France)
R. Planta (Univ. Amsterdam, Pays-Bas)
H. Becker, F. Lecointe (LEBS, Gif-sur-Yvette,
France)